文章 JGI-IMG微生物功能基因组数据库介绍

IMG（Integrated Microbial Genomes，https://https://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi/m/main.cgi）由美国能源部联合基因组研究中心（Joint GenomeInstitute，JGI）于2005年创立，是综合的微生物基因组数据库及比较分析系统。IMG收录了细菌、古菌、质粒、...

文章 这本SCI期刊的录用率高达100%！！真相是......

...姐姐居然发现了一本100%录用率的期刊!!就是这个：Journal of Molecular Histology对的，你没有看错，就是100%！数据来源于LetPub，What，这是本来者不拒的杂志吗???该不会是野鸡期刊吧？仔细一看，影响因子居然有2.937分!妥妥的正规SCI期...

问题 你好，我安装gwas的镜像报错failed to register layer: ApplyLayer exit status 1 stdout: stderr: lchown /biosoft/emmax-beta-07Mar2010: invalid argument。docker是最新版本10.14，安装其他镜像如转录组的和重测序的都没有问题 。

文章 转录组中Count, TPM,FPKM如何计算

...，是如何计算成TPM和FPKM的呢？参考《What the FPKM? A review of RNA-Seq expression units》这篇博客， 1. TPM 公式如下： 2. FPKM 公式如下： 3. TPM与FPKM的关系 对应的R 代码如下： countToTpm <- function(counts, effLen) { rate <- log(counts) - ...

文章 docker 工具高级用法

...方法：不进入容器直接使用里面的命令就好了，例如：samtools 镜像，使用命令如下： > docker search samtools #搜索第三方镜像 NAME DESCRIPTION STARS OFFICIAL AUTOMATED bi...

问题 老师，请问sample type出现这种情况怎么解决，麻烦老师解惑一下，谢谢啦。

....type) :   Primary solid Tumor was not found. Please select a difinition from the table above 

问题 R语言分析GEO数据，您好老师，19年参加培训的时候就是用的R3.6.1，自己运行出现如下报错

...HuRSTA-2a520709 Library - package hursta2a520709cdf not installed Bioconductor - hursta2a520709cdf not available > options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") > > if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)){ + install.packages("BiocManager") + }>...

文章 甲基化水平计算

...和） 参考文献：‘Leveling’ the playing field for analyses of single-base resolution DNA methylomes

问题 bam文件排序时出错

....2676215835069172723.tmp.  Try setting TMP_DIR to a file system with lots of space.         at htsjdk.samtools.util.SortingCollection.spillToDisk(SortingCollection.java:260)         at htsjdk.samtools.util.SortingCollection.add(SortingCollection.java:182)         at htsjdk.samtools.S...

问题 单细胞测序数据分析时，修改seurat对象的Idents，并添加细胞类型信息到metadata中，并增加mycelltype列时，增加不上

...加不上，Rscript $scripts/seurat_add_celltype.r -i $workdir/04.seurat_integrate/pbmc.rds \   -c celltype.tsv  -p pbmc.added.celltype   -n mycelltype，tsv文件的两列分别为cluster和celltype，是否需要将cluster改为RNA_snn_res.0.5？麻烦老师解答，谢谢老师。

文章 解决基因组当中蛋白质序列ID和gff中ID不一致的问题

...种拉丁名，并运行species=Zea_maysgenome=Zea_mays.B73_RefGen_v4.dna.toplevel.fagff=Zea_mays.B73_RefGen_v4.44.gff3 #以下代码不用修改，可直接运行 #保留蛋白编码基因agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff  $gff --attribute biotype --value protein_coding -t '!' -o...

文章 蛋白质的理化性质除了用Expasy网站还能用TBtools等分析

... 相对分子质量 (KDa)、等电点(PI)、负电荷残基（Total number of negatively charged residues）、正电荷残基（Total number of positively charged residues）、不稳定系数(Instability index)、总平均亲水性(Grand average of hydropathicity-简写GRAVY)、脂肪指数(Alipha...

问题 isoseq3 cluster 跑不出unpolished.bam

...                                            Convert to reads         : 2s 248ms                                            Sort Reads               : 110ms 126us                                         Aligning Linear  ...

文章 eQTplot包绘图报错解决：“Caused by error in `db_collect()`”

...装的dbplyrremove.packages("dbplyr")#重新安装指定版本的dbplyrdevtools::install_version("dbplyr", version = "2.3.4") 问题解决:） https://stackoverflow.com/questions/77370659/error-failed-to-collect-lazy-table-caused-by-error-in-db-collect-using

文章 根据GFF文件提取基因组中基因的蛋白，CDS，CDNA序列

...提供该脚本： /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 genome.final.gff3  --fasta ../genome.fa --seqType  cDNA >cdna.fa/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  genome.final.gff3 --fasta ../genome.fa  --seqType CD...