5 isoseq3 cluster 跑不出unpolished.bam

下面使用isoseq3 最新更新的版本的命令:第一步到第三步都整成输出,但是做第四步时,一直运行,且得不到结果,本地日志文件也没有报错信息,cluster.log没有信息。
1.ccs m062922.subreads.bam movie.ccs.bam --noPolish --minPasses 1 -j 24
2.lima movie.ccs.bam primers.fasta movie.fl.bam --isoseq --no-pbi -j 24
3.isoseq3 refine movie.fl.primer_5p--primer_3p.bam primers.fasta movie.flnc.bam
4.isoseq3 cluster movie.flnc.bam unpolished.bam --verbose -j 24 --verbose --num-threads 24 --log-file cluster.log
本地的日志文件是:
Read BAM                 : (398156) 11s 226ms                                                                                                                                                
Convert to reads         : 2s 248ms                                            
Sort Reads               : 110ms 126us                                         
Aligning Linear          : (1000) 138us 339ns  (998) 270ms 310us  (396156) 309ms 728us 
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2 个回答

microRNA
擅长:癌症,转录组,数据挖掘

从这个信息看不出问题在哪。

但是一般第二步容易出错,你看看是不是引物序列有问题。

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尹子期

你好,请问iso-seq3第二步,引物序列应该用什么序列呢?不同的测序数据用的序列不一样吗,还是都是一样的?(我的是植物)

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