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问题 maxquant蛋白组数据搜库报错

...aused the program to stop working correctly, Windows wil close the program and notify you if a solution is available,不知为何,希望老师可以赐教,先谢过您。 另外想请教下您。maxquant可以用服务器搜库吗

问题 基因家族分析 kaks分析

...hecking Epal2nal.pl: [NA] Please make sure Epal2nal.pl is executable (+X) and put into the global directoryy. l total 118M 运行ParaAT批量比对脚本后,显示以上内容。

文章 nomogram_multi_cox.r 多因素cox分析构建模型并绘制列线图nomogram

...onoptional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i data, --data data  input data file path[required]  -t time, --time time  set suvival time column name [required]  -e event, --event event                        set event column name must 0 or 1 ...

文章 Linux批量修改文件名

对于在Linux中修改文件名的方式一般我们会用mv命令进行修改,但是mv命令是无法处理大量文件修改名称。 在处理大量文件的时候该如何进行批量修改呢? 方法一:mv配合for循环方式进行修改 $ for name in `ls *.html`;do echo $name ${na...

文章 GOrilla-一个在线GO富集分析的网站

...以Gene Symbol表示,两两之间Enter分隔,此外还可以接受gene and protein RefSeq, Uniprot, Unigene and Ensembl等表示方式。注意:可以通过提交文件非方式进行,文件格式的要求一致。如果提交背景基因集,按照相同方式处理。 4、选择富集...

问题 Bioconductor包安装时出现警告,导致最后出来的图片部分缺失

... /gene_name\s\"(\S+)"\;/) { $name = $1; }; }; if ($id && $name) {print "$id\t$name\n";} if ($_=~/gene_id\s\"(ERCC\S+)\"/){print "$1\t$1\n";}' /var/data/work/refs/chr22_with_ERCC92.gtf | sort | uniq > ENSG_ID2Name.txt head ENSG_ID2Name.txt Rscript /var/data/demo/script/edgeR_deg.R /var/da...

文章 Orthofinder-构建物种系统发育树(Phylogenetic tree)

在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍,这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树(Phylogenetic tree)。 在Orthofinder结果文件中有一个MultipleSequenceAlignments文件夹,里面有一个...

文章 gwas课程中 建树

Error: Insufficient values in manual scale. 22 needed but only 19 provided.

文章 hclust_analysis.r 转录组数据层次聚类分析

...                  [-H number] [-W number]Hierarchical Clustering andplot:https://clincancerres.aacrjournals.org/content/25/16/5002optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i filepath, --input filepath                        input the ...

文章 bioperl同时读取双端的fastq文件

...取两个文件,方法如下: while ( my $obj1=$fq1->next_seq() and my $obj2=$fq2->next_seq() ) {     my ($id1,$id2)=($obj1->id,$obj2->id);     .... } 这样就可以同时读取read1、read2中的对应序列。 更多perl语言知识可学习 Perl语言高级编程 ...

问题 mcscanx计算kaks问题

...kaks报错如下: manager@bl8vbox[downstream_analyses] sudo perl add_ka_and_ks_to_collinearity.pl -i /home/manager/Desktop/share/mcscanx_kaks_shili/at.collinearity -d /home/manager/Desktop/share/mcscanx_kaks_shili/at.cds -o at.collinearity.kaks [sudo] password for manager:  rm: cannot remove ...

问题 用Tassel转vcf为hapmap格式文件

...1B  Pos:711831      Name:S1B_711831 Variants:C/T    MAF:NaN Ref:C and Position      Chr:7A  Pos:736691630   Name:S7A_736691630  Variants:T/C     MAF:NaN Ref:T out of order.

文章 Linux Shell 编程基础 简化自己的工作批量运行命令

生物信息入门到精通必修基础课:linux系统使用、生信基础课合集推荐、linux命令处理生物大数据、 Shell是什么? shell本身是一个命令解释器,介于操作系统的内核(kernel)态和用户态之间,可以执行系统调用及系统命令等,让...

文章 python 读取kegg绘图配置文件中的kgml文件内容

...需要我们读取里面的内容,分享python代码如下: # -*- coding: utf-8 -*-  ''''''import sys, os, argparse, glob, os.path,timereload(sys)sys.setdefaultencoding('utf8')from pyh import *import numpy as npimport mathimport reimport xml.dom.minidom from xml.dom.minidom import  parseStr...

文章 人工智能(AI)在微生物组中的应用-随机森林分类与回归预测

...南昌大学徐振江) mSystems——[IF:6.519]   Human Skin, Oral, and Gut Microbiomes Predict Chronological Age 02-12, doi: 10.1128/mSystems.00630-19 作者结合公开数据,用随机森林建立预测模型,评价粪便、唾液及皮肤(手和前额)样本微生物组预测成...