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文章 GWAS模型描述方法

... naive: y= x + e, fixed: y = x + q + e, kinship: y=x+z+e (Pariseaux and Bernardo, 2004), QK: y = x + q + z + e (Yu et al., 2006), eigenstrat: y = x + q + e (Price et al., 2006; Malosetti et al., 2007).   参考: https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-04-07/web/packages/lmem.g...

问题 重测序分析

...r $tmpdir  -R $REF --batch-size 5  \ #   --reader-threads 5 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 5 \ #   --genomicsdb-workspace-path db -V p1.g.vcf.gz -V p2.g.vcf.gz -V pool1.g.vcf.gz -V pool2.g.vcf.gz #样本太多,可以输入列表 cd $workdir/4.snp_indel/GATK #生成列表 ls *g...

文章 感兴趣的蛋白,如何研究它的结构-Phyre2工具使用介绍

...本次任务(Job)命名,再粘入蛋白序列,建模方法一般默认Modelling mode,最后一项任务用途默认other即可,最后点击Pryre Search开始预测任务。 一般情况下建模比较耗费时间,一般需要30min-2小时不等,不过此时,我们可以关闭此页面...

问题 补充细节: 运行WGCNA代码后,12_Network heatmap plot_all gene.pdf 这个文件总显示文件大小为0

...感谢 老师,我刚重新运行后,看到错误提示是:Error in dev.off(): internal read in PDF_endpage   请问该怎么解决呢?

文章 linux中查找包含指定内容的文件

...扩展名为.log的文本文件,并找出包含”ERROR”的行  find / -type f -name “*.log” | xargs grep “ERROR”  例子:从当前目录开始查找所有扩展名为.in的文本文件,并找出包含”thermcontact”的行 find . -name “*.in” | xargs grep “thermcontac...

问题 NGS数据分析时,使用ANNOVAR的table_annovar.pl报错。

...]$ perl ../tessDSS/annovar/annotate_variation.pl -geneanno -buildver HP ./bin/M5-31.avinput HPdb/NOTICE: Output files are written to ./bin/M5-31.avinput.variant_function, ./bin/M5-31.avinput.exonic_variant_functionNOTICE: Reading gene annotation from HPdb/HP_refGene.txt ... Done with 1609 transcript...

文章 简单科普:2019诺贝尔生理学或医学奖为啥颁给“细胞感受氧气”?

...ult in science is the one you were hoping for, because you declare victory and get lazy.” ——科学中最危险的结果就是你所希望的结果,因为你会宣布胜利并变得懒惰。 大佬们永远不会止步于当前的胜利,也不会就此停住脚步,他们都在致力于...

文章 cox模型评估-决策曲线分析(DCA)

...shed 2019 Oct 4.3. Van Calster B, Wynants L, Verbeek JFM, et al. Reporting and Interpreting Decision Curve Analysis: A Guide for Investigators.Eur Urol. 2018;74(6):796-804.4. Yan P, Li JW, Mo LG, Huang QR. A nomogram combining inflammatory markers and clinical factors predicts survival in patients w...

问题 请教GEMMA安装报错怎么解决?

...://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases/tag/v0.98.5/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64.gz --2023-09-13 09:57:03--  https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases/tag/v0.98.5/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64.gz Resolving github.com (github.com)... 20.205.243.166 Connecting to github.c...

文章 rainbow函数取色

...参数start和 end进行设置: With rainbow, the parameters start and end can be used to specify particular subranges of hues. The following values can be used when generating such a subrange: red = 0, yellow = 1/6, green = 2/6, cyan = 3/6, blue = 4/6 and magenta = 5/6. 譬如取色...

问题 为什么找不到如下路径呢??CAFE软件如何安装?

为什么组学服务器上找不到如下路径呢??/share/work/biosoft/CAFE/CAFE5/tutorial/clade_and_size_filter.py CAFE软件如何安装? 谢谢

文章 ggplot2控制坐标轴截距交点位置(原点)

...是起始于0 调整坐标起始位点可以利用scale_y_continuous(expand = c(0, 0))或者scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) expand的解释如下 expandA numeric vector of length two giving multiplicative and additive expansion constants. These constants ensure that the data is placed som...

文章 MFP - Molecular Functional Portrait

....com/BostonGene/MFP # Python3.7import pandas as pdfrom portraits.clustering import clustering_profile_metrics, clustering_profile_metrics_plotfrom portraits.utils import read_gene_sets, ssgsea_formula, median_scale# Example script# Read signaturesgmt = read_gene_sets('signatures.gmt')  # GMT for...

文章 GFF中提取所有转录本的位置信息,以及对应的基因ID信息;

...,以及转录本对应的基因的ID: perl代码如下: #!/usr/bin/perl -wuse strict;use Cwd qw(abs_path getcwd);use Getopt::Long;use Data::Dumper;die "perl $0 <gff> <outfile>" unless(@ARGV==2);my$gff=$ARGV[0];my%gene=();my%gene_region=();my%mRNA2Gene=();open IN,"$gff" or die "...

文章 遗传图谱中各种作图群体介绍

...nt Breeding: Novel Powerful Next-Generation Resources for Genetic Analysis and Selection of Recombinant Elite Material. Biology 2020, 9, 229. https://doi.org/10.3390/biology9080229 更多生信课程: