...本教程可以让你独立完成全面、系统的微生物多样性分析工作。是全网最优质的微生物多样性数据分析实操课程之一。本课程基于docker系统，使用组学大讲堂提供的镜像即可进行分析，所有代码及软件均已封装，解决了软件安装...
...验质量评估，采用RSeQC 对bam 文件进行质控分析时，用inner_distance.py报错。 报错信息： manager@bl8vbox[QC] inner_distance.py -i /home/manager/rnaseq/work/3.alignments/hisat2/UHR.bam -r stringtie_merged.bed -o UHR_inner_size Traceback (most recent call last): F...
...于分组。 注1：默认情况下，正则表达式的匹配工作在贪婪模式下，也就是说它会尽可能长地去匹配，比如某一行有字符串 abacb，如果搜索内容为 "a.*b" 那么会直接匹配 abacb这个串，而不会只匹配ab或acb。注2：所有的正...
...络或连接到 Internet。例如，你可以从家庭计算机使用你的工作计算机的所有程序、文件和网络资源，就像你在工作时坐在计算机前一样。 若要连接到远程计算机，该计算机必须为打开状态，必须具有网络连接，“远程桌面”...
...可完成一键式分析，极大方便了没有编程基础的生物科研工作者。 操作Metascape的使用非常简单，只需要在对应的位置输入基因或者蛋白列表（见下图），可以直接粘贴也可以导入列表文件，并且网站页面给出了各种案例文件的...
...文件的第一行 输入 G 跳转光标到当前文件的最后一行 2.在命令模式下输入行号 :n 即可跳转到第n行； 3.打开文件即跳转到指定行，行号n vim +n FileName 三、跳转到当前行的指定列 1.正常模式下输入命令 0 或 | 可跳转光...
... F, getGPL = F) save(eSet,file='GSE112093_eSet.Rdata')}load('GSE112093_eSet.Rdata')b = eSet[[1]]raw_exprSet=exprs(b) phe=pData(b)library(stringr)group_list= str_split(as.character(phe$title),' ',simplify = T)[,1]save(raw_exprSet,group_list, file='GSE112093_r...
...方使用说明：http://resources.qiagenbioinformatics.com/tech-notes/HGMD_Tech_Note.pdf 但是我们需要转换一下，使ANNOVAR能够支持vcf批量注释，转换perl脚本如下： perl ./prepare_hgmd.pl HGMD_PRO_2016.4_hg19.vcf hg19_HGMD_PRO_2016.4.txt my ($dbfile) = $ARGV[0];my ($outf...
在BSA分析结果中，对候选区域文件quantile99_SNPs_in_region_gene_anno的SNP位点进行查看并与all_sample_snp.vcf对比发现在这个候选区域中，有些位点没有，这是什么原因？ 候选区域及候选区域基因注释的文件中，如snp位点142198是一个在父母...
...e", "Start_Position", "End_Position", "Reference_Allele", "Tumor_Seq_Allele2", "Variant_Classification", "Variant_Type" , "Tumor_Sample_Barcode")maftools_df=maf.data[,selcol]write.table(data.frame(maftools_df,check.names = F), file = paste0(opt$outdir,"/",opt$project,'_maftools_df.maf'), sep="\t",ro...
...数据，后续还有数据慢慢给大家分享： 数据介绍：GSE192575 来自谷歌翻译： 基于顺铂的化疗是不可切除膀胱癌最常见的治疗方法，并且也越来越多地用作手术和放疗之前或之后的新辅助治疗。不幸的是，尽管许多患者对治疗有...
NW_011935983 下 既预测了XP_011438324 也预测XP_011438325 建树时我该怎么取舍 尤其是两者序列不一样的时候
...SD值。 老师您好，预测的模型我下载完了，文件名是model_01。我咋下载模版啊？我根据课件中的公式align model_011, pdb6ir8, cycles=0, transform=0 调整为 align model_01, 7exf.1.A, cycles=0, transform=0 报错。
...出现存在两种可能性，1.默认@INC路径下没有安装该模块；2.包含该模块的路径没有存储在@INC中，此时需要我们通过cpan下载相关模块(如果已有不用重新下载)，并将路径添加到环境变量中： 首先，通过perl -V指令查看@INC的内容： ...