找到约 15 条结果

文章 绘制生存曲线图

... # 表达信息和生存数据整合到 exprSet, 其格式如下: bcr_patient_barcode time status LINC01587 XXbac_B461K10.4 1 TCGA-2W-A8YY 148 0 3.981761 23.89057 2 TCGA-4J-AA1J 226 0 37.491171 19.63823 3 TCGA-BI-A0VR 1505 0 10.891560 ...

问题 bioconductor常用包 安装

...tps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/bin/windows/contrib/3.6/BiocManager_1.30.10.zip'Content type 'application/zip' length 100430 bytes (98 KB)downloaded 98 KBpackage ‘BiocManager’ successfully unpacked and MD5 sums checkedThe downloaded binary packages are inC:\Users\Lenovo\AppData\Local\Tem...

文章 GWAS根据遗传率和QTL的数量产出模拟表型数据

...sed to simulate a trait, having Heritability=60% and number of QTLs=20 (H60_Q20), using the marker data of 31,260 SNPs for 346 soybean accessions. #Read Soybean Genotype data fileD<-read.big.matrix("GN.txt", type="char", sep="\t",head = TRUE)dim(D)D=D[,2:31261]D1=as.data.frame(as.matrix(D))D2=...

问题 我的hmmsearch结果第一列(target neme)不是geneid 也不是转录本id

...列等信息,请问应该怎么处理? 是否可以修改脚本select_redundant_mRNA.pl里面某些信息使它提取*_domain_new_out_selected.txt  文件里面transcript一列的内容?? demo步骤如下: #去除重复的hmmer搜索的转录本ID,多个转录本ID保留一个作...

问题 在用gemma分析gwas时,调用perl脚本中的sort_trait.pl,发生报错,请老师帮忙解答,谢谢老师。

perl $scriptdir/sort_trait.pl snp_var.fam \$workdir/05.trait/Thousand_Grain_Weight_2020.txt  |cut -d " " -f 1-5,7 >snp_var.fam1 mv -f snp_var.fam1 snp_var.fam readline() on closed filehandle IN at /home/sdl/trial/5.23gwas/scripts/sort_trait.pl line 11.

问题 perl脚本去除fa文件中ID重复的序列

...ced parameter:-fa  C:/Users/Administrator/Desktop/comammoxfungene/comammox_fungene.fa      -fq -fq1-fq2-f -od C:/Users/Administrator/Desktop/comammoxfungene/-n  C:/Users/Administrator/Desktop/comammoxfungene/Other parameter:-h           Help documentUsage End.exit;}if($opts{f} eq "fa" ...

文章 从Windows粘贴到linux的内容行尾会有东西?

...们就不会在遇到最后的特殊符号了。 cut -f 1 chr.txt > chr_1.txt

文章 R语言基础入门—函数

...语言的函数。R 语言的函数定义的基本语法如下: function_name <- function(arg_1, arg_2, ...) {   Function body  函数组件 函数的不同部分 : 函数名称 -这是函数的实际名称。它作为具有此名称的对象存储在 R 环境中。参数 -参...

问题 在建立索引时出错,输出文件都是0KB

...public/home/majieyu/perl5/gwas-sif/reseq.sif sh $scriptdir/index.sh elepant_grass_genome.fa elepant_grass_genomenew.gff INFO:    Converting SIF file to temporary sandbox... REF: elepant_grass_genome.fa GFF: elepant_grass_genomenew.gff GTF: mv: cannot stat ‘elepant_grass_genomenew.gff’: No...

文章 微生物多样性扩增子(16S/18S/ITS)课程更新v2.0

...)物种分类注释数据库更新到最新,silva(138),greengene(2022_10),ITS(ver9)物种差异比较新增数十种方法:ALDEx2 , DESeq2, edgeR ,limma.voom,metagenomeSeq,LinDA,Maaslin2,Lefser,t.test,ANNOVA等方法,总有一款适合你的数据扩增子分析镜像版本升级,使用...

文章 vim显示行号、跳转到指定行或列

...列 正常模式下输入命令Ctrl+g 参考:https://blog.csdn.net/qq_38789531/article/details/119996230

文章 TCGA数据库挖掘-肾细胞癌相关biomiarker筛选案例解析

...数据,同时得到临床性状。同时利用GEO数据库下载数据(GSE15641)后期筛选和验证分析。 数据分析 1.数据处理与差异分析 从TCGA数据库获取的表达谱数据,利用R包“DEseq2”进行差异表达分析,进而筛选差异基因。最终以adj.P.val...

文章 Perl方法对文档全文进行字符串对应替换

...LC*命名 use Data::Dumper; use Getopt::Long; use strict; use Cwd qw(abs_path getcwd); my %opts; GetOptions (\%opts,"idlist=s","gff=s","out=s"); if(!defined($opts{idlist})||!defined($opts{gff})||!defined($opts{out})){ &USAGE; } ######################get gff############################## my...

文章 BIOM 微生物数据格式及文件转换

...换经典表格为HDF5或JSON格式 biom convert -i table.txt -o table.from_txt_json.biom --table-type="OTU table" --to-json biom convert -i table.txt -o table.from_txt_hdf5.biom --table-type="OTU table" --to-hdf5 转换biom为经典格式 biom convert -i table.biom -o table.from_biom.txt --to-tsv ...

问题 老师,我在做泛基因家族成员存在缺失分析时,做统计各个样本家族成员数量,及根据数量对基因组进行排序时候,由于我原始得到的maize.WRKYgene.list文件里的基因名称,和ID.txt文件里的基因组名称无法链接,有很多基因组无法识别出成员数量,(也就是因为这一步,我才把我上一个问题提的把基因名称及ID名称改掉了),请问怎么修改指令?

...列表: 我的ID.txt是C01对应的原始GFF文件里基因名就是C1_00G000006,xiaomi对应的基因名是Si9g11260,Yugu1_T2T.genome对应的基因名是Seita.9G123000_Yugu1_T2T.genome。   (我要修改ID.txt文件吗?)