Perl方法对文档全文进行字符串对应替换

举个例子:从数据库中下载基因组数据,基因组.gff文件中染色体ID较为复杂(第一列) 从全基因组序列.genome.fa文件中找到染色体ID对应简写 想将gff文档中染色体ID全部替换成第二列LC*命名...

举个例子:从数据库中下载基因组数据,基因组.gff文件中染色体ID较为复杂(第一列)

attachments-2022-10-SD3hYmAf63562fc2a0fcb.png

从全基因组序列.genome.fa文件中找到染色体ID对应简写

attachments-2022-10-cZanm4Hz635630672c3d1.png想将gff文档中染色体ID全部替换成第二列LC*命名

use Data::Dumper;
use Getopt::Long;
use strict;
use Cwd qw(abs_path getcwd);
my %opts;
GetOptions (\%opts,"idlist=s","gff=s","out=s");
if(!defined($opts{idlist})||!defined($opts{gff})||!defined($opts{out})){
    &USAGE;
}

######################get gff##############################
my $gff;
open(IN,"$opts{gff}")||die "open gff failed\n";
    {
    local $/=undef;
    $gff=<IN>;
    close(IN);
}

#####################get idlist for changing###############

open(IN,"$opts{idlist}")|| die "open ID file failed\n";
while(<IN>){
    chomp;
    my($newID,$gene)=split(/\s+/,$_);
    if($gff=~/$gene/){
       $gff=~ s/$gene/$newID/g;
    }
}
close(IN);

#####################print out new gff#######################

open(OUT, ">$opts{out}")||die "open new gff failed\n";
print OUT $gff;
close(OUT);
sub USAGE{
    print "usage:perl gffID.pl -idlist idlist.txt -gff genome.gff -out rename.gff \n";
    exit;
}
  • 发表于 2022-10-24 14:38
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  • 分类:perl

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