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文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...45_gene.gff3.gz GFF转BED: $ python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Vvinifera_145_gene.gff3.gz -o grape.bed$ python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Ppersica_139_gene.gff3.gz -o peach.bed 如果参考基因组没有cds的序列文件,可下...

文章 Treemix 软件:群体基因交流分析的得力工具

...al rearrangements after adding all populations  -tf [file of nwk]  Read the tree topology from a file  -m [int] 基因流次数 -root [string]  -se 权重标准误 -bootstrap -noss 关闭亚群个体的矫正,当你的亚群中仅存在一个个体的时候可以使用 # 假设各群体...

文章 这本SCI期刊的录用率高达100%!!真相是......

...r Histology对的,你没有看错,就是100%!数据来源于LetPub,What,这是本来者不拒的杂志吗???该不会是野鸡期刊吧?仔细一看,影响因子居然有2.937分!妥妥的正规SCI期刊,Springer Nature旗下的一本细胞生物学期刊,在190种细胞生物学...

文章 最新基因家族分析文献详解-冬枣扩展蛋白基因家族分析-11月8日接收

...Genome‑wide identifcation, characterization, and expression analysis of the expansin gene family in Chinese jujube (Ziziphus jujuba Mill.) 的冬枣中扩展蛋白家族(expansin gene family)分析文章,一起来看一看,基因家族需要做哪些分析就能发2区的期刊!原文献...

问题 在做叶绿体组装时,出现了如下错误,该如何解决呢

...//github.com/Kinggerm/GetOrganelle/wiki/FAQ      66 Secondly, check if there are open/closed issues related at https://githu      67 If your problem was still not solved,      68   please open an issue at https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle/issue      69   please provide the...

文章 Dsuite软件安装时编译报错

...amp;)':Dsuite_common.cpp:124:45: error: 'istream_iterator' is not a member of 'std'  124 |         VCFlineCount = (int)std::count(std::istream_iterator<char>(*vcfFile),std::istream_iterator<char>(),'\n');      |                                             ...

文章 IF=11.8| 钟花樱的端粒到端粒基因组揭示了樱花亚属的基因组进化

2025年2月 GigaScience杂志发表了一篇题为“The telomere-to-telomere genome of flowering cherry (Prunus campanulata) reveals genomic evolution of the subgenus Cerasus”的基因组组装文章。 研究背景 Prunus campanulata(钟花樱桃)是一种具有重要观赏和遗传价值...

文章 一文教你绘制GO富集分析弦图,简单又好看

... transparency = 0.5, directional = 1, direction.type = "arrows", link.arr.type = "big.arrow", annotationTrack = "grid", # 只显示网格 annotationTrackHeight = mm_h(5)) # 添加标签 circos.track(track.index = 1, panel.fun = fun...

文章 pfam数据库介绍及使用

...ed, yet are either shown or predicted to contain bias sequence composition and/or are intrinsically disordered (non-globular). 2. clan 对多个family进行相似性分析,将具有相似的三维结构或者相同motif的family归为一个clan, 可以看做是superfamily的概念,每个clan...

问题 BSR-SEQ

您好老师~我在做BSR-seq数据分析的时候,总是出现Insert size out of range。我用的hasit2比对,samtools sort,然后再用java picard 来reoder,sort……。就出现了这个问题

文章 基因编辑iPSCS敲除技术原理与潜在的治疗应用

... et al. Using CRISPR-Cas9 to Generate Gene-Corrected Autologous iPSCs for the Treatment of Inherited Retinal Degeneration[J]. Molecular Therapy, 2017, 25(9): 1999-2013. Xu H, Wang B, Ono M, et al. Targeted Disruption of HLA Genes via CRISPR-Cas9 Generates iPSCs with Enhanced Immune Compatibili...

文章 转录组测序分析数据库介绍

...研究所(EBI)共同协作维护,目前以合并到UniProt数据库中 (The Universal Protein Resource,http://www.uniprot.org/),最新更新的氨基酸序列有558,898条,Swiss-Prot能提供详细的蛋白质序列、功能信息,如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修...

问题 GWAS分析排序后出现sortPositions: false keepDepth: false的报错并且没有结果输出是什么原因

... Jensen SE, Johnson LC, Miller ZR, Monier B, Romay MC, Song B, Buckler ES. The Practical Haplotype Graph, a platform for storing and using pangenomes for imputation. Bioinformatics. 2022 Aug 2;38(15):3698-3702. doi: 10.1093/bioinformatics/btac410. PMID: 35748708; PMCID: PMC9344836. [main] INFO net....

文章 bam文件转换fastq

...eating paired FASTQ.        -tags   Create FASTQ based on the mate info                in the BAM R2 and Q2 tags.Tips:        If you want to create a single, interleaved FASTQ file        for paired-end data, you can just write...

文章 BLINK(C版本) 进行 GWAS分析的教程

...,会如下显示; 如果没有关联位点,会显示" Number of all the candidate QTNs is 0 The signal from LM is to weak!" 如果有很多表型,可以用for循环运行,这里1..20代表从第一个表型到20个表型 for i in {1..20} ;doblink_linux --gwas --file myData --vcf --...