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问题 BSR-SEQ

您好老师~我在做BSR-seq数据分析的时候,总是出现Insert size out of range。我用的hasit2比对,samtools sort,然后再用java picard 来reoder,sort……。就出现了这个问题

文章 基因编辑iPSCS敲除技术原理与潜在的治疗应用

... et al. Using CRISPR-Cas9 to Generate Gene-Corrected Autologous iPSCs for the Treatment of Inherited Retinal Degeneration[J]. Molecular Therapy, 2017, 25(9): 1999-2013. Xu H, Wang B, Ono M, et al. Targeted Disruption of HLA Genes via CRISPR-Cas9 Generates iPSCs with Enhanced Immune Compatibili...

问题 GWAS分析排序后出现sortPositions: false keepDepth: false的报错并且没有结果输出是什么原因

... Jensen SE, Johnson LC, Miller ZR, Monier B, Romay MC, Song B, Buckler ES. The Practical Haplotype Graph, a platform for storing and using pangenomes for imputation. Bioinformatics. 2022 Aug 2;38(15):3698-3702. doi: 10.1093/bioinformatics/btac410. PMID: 35748708; PMCID: PMC9344836. [main] INFO net....

文章 转录组测序分析数据库介绍

...研究所(EBI)共同协作维护,目前以合并到UniProt数据库中 (The Universal Protein Resource,http://www.uniprot.org/),最新更新的氨基酸序列有558,898条,Swiss-Prot能提供详细的蛋白质序列、功能信息,如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修...

文章 bam文件转换fastq

...eating paired FASTQ.        -tags   Create FASTQ based on the mate info                in the BAM R2 and Q2 tags.Tips:        If you want to create a single, interleaved FASTQ file        for paired-end data, you can just write...

文章 BLINK(C版本) 进行 GWAS分析的教程

...,会如下显示; 如果没有关联位点,会显示" Number of all the candidate QTNs is 0 The signal from LM is to weak!" 如果有很多表型,可以用for循环运行,这里1..20代表从第一个表型到20个表型 for i in {1..20} ;doblink_linux --gwas --file myData --vcf --...

文章 Uniprot蛋白数据库介绍及使用详解!

...息,整合了包括EBI( European Bioinformatics Institute)、SIB(the Swiss Institute of Bioinformatics)、PIR(Protein Information Resource)三大数据库的资源。 EBI( European Bioinformatics Institute): 欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)是欧洲生命科学旗...

文章 R语言“had non-zero exit status”安装报错

... 或者从本地安装: install.packages("path/package",repos = NULL, type="source") 当然,还有的情况需要换几个repos才能安装成功 这里推荐一个常用的repos repos='http://cran.rstudio.com/'install.packages('packages', repos='http://cran.rstudio.com/') 或者使用p...

文章 群体遗传进化分析用MEGA

...分钟做一张让人羡慕的系统进化树图!)。 第四步:other 除以上几个分析之外,MEGA还涉及其他很多种分析,例如核苷酸序列和蛋白质序列相互转换,在线blast等等,相关的使用说明可以在MEGA官方网站获得,目前MEGA版本已经...

问题 duplicate_gene_classifier没有生成gene_type文件

duplicate_gene_classifier没有生成gene_type文件

文章 TCGA 数据的多组学WGCNA联合分析

...分析,比如lncRNA, mRNA, miRNA 等,而文章《identifying mirna and gene modules of colon cancer associated with pathological stage by weighted gene co-expression network analysis》则结合Gene,miRNA 分别进行WGCNA的分析,获得性状相关的Hub Gene和 Hub miRNA, 再基于miRNA...

文章 转录组后续实验怎么做?

...献:Characterization of the Asiatic Acid Glucosyltransferase, UGT73AH1, Involved in Asiaticoside Biosynthesis in Centella asiatica(L.) Urban. Int. J. Mol. Sci. 2017, 18, 2630    日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不...

文章 外源插入位置查找好方法

...o probe cell wall regulation in Cryptococcus neoformans. Fungal genetics and biology : FG & B. 2015;82:9-21. doi:10.1016/j.fgb.2015.06.003.

问题 duplicate_gene_classifier没有生成gene_type文件

老师您好:    我跑完duplicate_gene_classifier只显示了每个复制类型的统计信息,没有生成gene_type文件。请问要怎么解决。   

文章 怎样才能选到靠谱的抗体?挑选抗体的4大秘诀分享

... 标题:Gut-derived endotoxin stimulates factor VIII secretion from endothelial cells. Implications for hypercoagulability in cirrhosis 期刊:Journal of Hepatology IF:12.486 产品名称:RAB27A Polyclonal Antibody 产品货号:E-AB-60509 标题:The arginine methyltransferase CAR...