文章 全面解读第四代基因测序技术

...变剪切区分开来。而利用MinION测序仪产生的长read，可以更好地解决这个问题。研究人员利用果蝇的Dscam1基因为例，其存在18，612种可变剪切形式，利用MinION测序仪可以检测到超过7，000种可变剪切形式，而这样的结果利用NGS的短...

问题 不好啥意思打扰了，我在服务器上用ClustalW对2000个基因进行比对，想看一下基因多态性，但是比对了很久，显示第5次跑数据了，是出了什么问题吗？比对完成后如何把非此基因的冗余序列去除，并进行可视化呢

问题 老师们好，这是我的基因定位在染色体上的位置，总共的scaffold数有3864个，但是七鳃鳗里面染色体有72条，所以这里怎么转换我不明白，我这个里面它好像默认了scaffold就是染色体一样，我不知道怎么去转换

文章 2区SCI赏析—木麻黄中MYB基因家族鉴定及其在盐胁迫中的响应

...隐马可夫模型，通过HMM软件鉴定MYB家族基因，共鉴定出182个MYB家族基因，命名为CeqMYB1— CeqMYB182；分析了序列长度、等电点及表达部位等信息。 2. 木麻黄MYB家族基因进化及分类分析 作者根据MYB保守结构域数量将该家族分为3个...

文章 tsne_analysis.r 表达聚类分析

使用说明： $ Rscript $scriptdir/tsne_analysis.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/tsne_analysis.r [-h] -i filepath -m metadata [-d dims] [-p perplexity] [--theta theta] ...

文章 封装型分面facet_wrap()

ggplot2 关于分面 包括两类，一类是网格型分面facet_grid，一类是封装型分面facet_wrap 网格型分面 是生成一个2维面板，面板的行与列通过变量来定义  使用可以参考：https://www.omicsclass.com/article/103，https://www.omicsclass.com/article/353。 ...

问题 如何将TCGA中下载的CNV数据：GDC_Aliquot转为Hugo_Symbol, Segment_Mean转变为拷贝数变异的5个离散值（0：无变化 1：拷贝数增加 2：高水平扩增 -2：纯合性缺失 -1：半合子缺失）。如下图所示

将上图转变为

问题 单倍型分析中最后一步失败，麻烦老师

Rscript $scriptsdir/hap_analysis.r -v site.recode.vcf -g $datadir/Chr6.gff3 -p $datadir/trait.txt -G $datadir/group.txt -c Chr6 -s 281569 -e 533955 WARNING: ignoring environment value of R_HOME --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R begin...

文章 ssgsea_enrich_diff.r GSVA富集分析

使用方法: Rscript ../scripts/ssgsea_enrich_diff.r -h usage: ../scripts/ssgsea_enrich_diff.r [-h] -g GMTFILE -i EXPR -m META [-n GROUP_NAME] [--log2] [-t method] [-k kcdf] [--group1 GROUP1] ...

问题 老师，我发现同一物种在不同的网站下载的cds,pep,gff文件信息有些不同，比如有个转录本信息在NCBI下载的cds文件中就可以找到，在jgi下载的cds文件中就没有。这样鉴定的成员数目是不是就不对呢

问题 老师您好，我利用Fst、π和Tajima's D方法对2个种群的重测序数据进行了选择清楚分析，获得了候选基因，我想请问一下筛选到的基因就是受到正选择的吗？需要怎样判断哪些基因受到正选择，哪些基因受到负选择？谢谢老师！

问题 老师您好，我利用Fst、π和Tajima's D方法对2个种群的重测序数据进行了选择清楚分析，获得了候选基因，我想请问一下筛选到的基因就是受到正选择的吗？需要怎样判断哪些基因受到正选择，哪些基因受到负选择？谢谢老师！

文章 TCGA和GEO套路文章解说

...有好的思路，才能有精彩的故事。很多时候，我们想找一个好点子，比如性状，疾病相关的关键分子，需要设计实验，做大量的分子筛选的工作，对于土豪实验室可以可以大把的花钱做芯片或者高通量测序做前期的筛选工作。但...

问题 16S扩增子分析中聚类分析出现问题。

...解答： ## 热图展示物种丰度：选择相对丰度最高的前35个物种进行展示 #heatmap plot  Phylum, Class, Order, Family, Genus, Species Rscript $scriptdir/abundance_heatmap.r --outdir abundance_heatmap_plot -T 35 -i ../05.export_data/taxa_summary/relative_abundance/feature_tabl...

文章 全基因组加倍/复制介绍（whole genome duplication, WGD）

...。与植物相比，动物的多倍化现象相对稀少，但仍有上百个已知的昆虫和脊椎动物为多倍体，且多倍体化的脊椎动物主要为两栖动物、鱼类和昆虫。全基因组复制使基因组内的所有序列都发生重复，重复为生物进化提供了原始的...