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文章 blastall 参数详细说明

...的参数,但是一般使用的参数如:-p、-i、-d、-o、-e等几。 -p: 执行的程序名称-d: 搜索的数据库名称-i : 要查询的序列文件名(Query File)-e:(数学)期望值(Expectation value),E值是统计阈值,缺省值10, 意指比对结果中由于随机偶然性...

文章 enrichKEGG_pip.r KEGG 富集分析

使用说明: $Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.r -husage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichKEGG_pip.r [-h] -g gene.list                                                   [-d ann.db] [-t idtype]                                                   [...

文章 Plant Communications | 浙大团队解析比克氏棉全基因组进化规律及其色素腺体和棉酚形成机制

...最近,其次是A基因组,与D基因组最远。此外还鉴定出多G基因组和比克氏棉基因组特有的染色体结构变异,包括G基因组5号和13号染色体上特有的两易位片段,以及比克氏棉与澳洲棉12号和13号染色体间特有的两倒位片段。...

问题 SNPcalling的方式有samtools结合bcftools,或者bcftools,或者gatk,三者之间有什么区别,那种方式更好一些

问题 我现在有公共数据库其中500+种子,自己测了这种品种的一些表型,要做GWAS分析的话,请问老师,是通过下载fastq文件,自己组装拼接,然后比对到参考基因组上,然后获得这500品种的VCF文件,然后进行GWAS分析吗?

文章 GOChord_plot.r GOplot包绘制GO弦图

使用方法: $Rscript $scriptdir/GOChord_plot.r -h usage: /share/nas1/fangs/test/Ferroptosis-Related/TCGA-ESCC/scripts/GOChord_plot.r [-h] -g GO_DATA -d DEG_DATA [--no_logFC] [--gene GENE] [--GO GO] [-z GENE_SIZE] [-S GENE_SPACE] [-s GO_SPACE] [-t TITLE] [-o OUTDIR] [-p PREFIX...

文章 实验室linux生物信息服务器搭建CentOS7

...等)与普通电脑上的硬件还是有区别的:也就是要求性能更好更稳定,自然价格也就更贵一些。例如,一块普通的4T硬盘与一块4T的服务器硬盘价格就相差3倍以上: 由于服务器24小时开机且高强度不间断运行,硬件一旦崩溃,...

问题 老师,请问串联重复基因由cds blast得到,而共线性分析由mcscan比对pep序列得到,请问一下这两什么区别,为什么共线性分析我的基因家族(180基因)只有一半染色体有共线性,是不是哪里分析出错了

mcscan分析蛋白序列得到circose blast得到串联重复基因

问题 circos问题

MADS.txt中的基因数是94,为什么显示的图里只有41

文章 perl 多线程

1、并行系列一 线程是一单一的执行流程,它是所有程序执行过程中最小的控制单位,即能被 CPU 所调度的最小任务单元。线程与进程之间既有联系,又完全不同。简单地说,一线程必然属于某一进程,而一进程包含...

文章 exFAT格式的硬盘挂载问题

...式,这里是exfat 那如何挂载?最简单的就是用 umask、uid 和 gid 选项来控制文件权限 sudo mount -t exfat -o uid=$(id -u),gid=$(id -g),umask=000 /dev/sdb2 /export/data2 uid=$(id -u):将当前用户设置为挂载设备的所有者。 gid=$(id -g):将当前用户组设...

文章 简单的蛋白质组实验怎么炼成4分文章

...象是弓形虫(Toxoplasma gondii),研究者选取了弓形虫的三发育时期的样品:T-速殖子(tachyzoite)、C-包囊期(bradyzoites-containing cyst)以及O-卵囊期(sporulated oocyst),每时期两生物学重复。 02/研究方法 本文没有高深的实...

文章 软件fastsimcoal2输入文件说明

...用Fastsimcoal2.7利用SFS模拟种群动态历史,一般是使用第二功能,需要三输入文件,这三文件的前缀必须相同: .tpl 模版文件(参数文件):用来指定历史事件、migration、样本大小、突变率重组率等等。注意,这里的突变...

文章 启动子序列提取-EPD真核生物启动子数据库!

...的上游。 2. 转录组起始点(TSS):是指与新生RNA链第一核苷酸相对应的DNA链上的碱基,通常为一嘌呤(A 或G),即5’UTR的上游第一碱基;注意转录起始点和起始密码子的区别。 3. 起始密码子和终止密码子:mRNA的开放阅...

文章 全面解读第四代基因测序技术

...变剪切区分开来。而利用MinION测序仪产生的长read,可以更好地解决这问题。研究人员利用果蝇的Dscam1基因为例,其存在18,612种可变剪切形式,利用MinION测序仪可以检测到超过7,000种可变剪切形式,而这样的结果利用NGS的短...