老师,请问串联重复基因由cds blast得到,而共线性分析由mcscan比对pep序列得到,请问一下这两个什么区别,为什么共线性分析我的基因家族(180个基因)只有一半染色体有共线性,是不是哪里分析出错了

mcscan分析蛋白序列得到
attachments-2020-04-fTKIMASG5e85e07aea532.pngcircose blast得到串联重复基因

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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

串联重复和大片段复制是不一样的,基因家族复制概念要弄清:https://www.omicsclass.com/article/730

mcscanX通过共线性分析查找大片段复制基因和串联重复基因,blast方法只能找到串联重复的基因;


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  • super曼 提出于 2020-04-02 21:00

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