问题 老师，请问一下通过psRNATarget这个网站，预测出来的miRNA对Expect和UPE这两个值的要求是怎么样的呢，是Expect越大UPE越小预测的准确度才越好呢，还是反过来的呀？望老师不吝赐教呢

文章 比较3种差别表达方法对TCGA转录组数据的分析

...软件的分析结果，差别还是有的，其中DESeq2和edgeR的结果比较相近。所以在差异表达分析时，如果差异结果不满意，可以换一个软件试试。 如果您对TCGA数据分析感兴趣，可以学习我的TCGA系列课程：《TCGA-生存分析》《TCGA-基...

文章 ggalluvial 展示ceRNA调控关系

...DEmRNA来建立ceRNA网络。此外，作者计算了每个基因的拓扑系数以说明其在ceRNA网络中的重要性。HCC中ceRNA网络的Sankey图如图二所示，其中每个矩形代表一个基因，并且基于矩形的大小可视化每个基因的连接程度。 参考文献 Co...

问题 请问一下你们在动植物比较基因组中准备数据中使用的代码脚本运用到哪个软件，具体操作是什么？？

问题 请问大神们同一“目”（Order，分类学定义）下物种的基因组相似性大不大，想做比较基因组。

...拟以拟南芥为参照对于一些该“目”下测过序的物种进行比较基因组学的分析，分析某一家族的基因功能，并且可能通过延伸实验的方式在物种"A"中加以验证，请问以上想法靠谱吗？ 注：问题的关键在于从分类学层面来说，同...

问题 求教各位老师，做大麦基因家族分析构建系统进化树时，拟南芥家族成员分到了单独一支，和大麦成员没法做比较。这种情况怎么解决呀

现在大麦鉴定出的成员和拟南芥没法做比较，拟南芥和拟南芥在一起，大麦和大麦分到了一起

问题 各位老师，请教个问题，二代测序获得的病毒数据库中存在部分细菌序列污染，请问这个细菌污染序列怎么去除比较好？

文章 内参基因的筛选

...量PCR 3.    分析这些内参基因的表达稳定性以及变异系数等 4.    确定最优内参基因进行后续实验  

问题 老师您好，麻烦问一下如果做十个基因组的比较基因组，一般是研究些什么，流程是什么样的

问题 请问老师，用多个物种的转录组pep数据可以进行比较组学中基因家族聚类、扩张收缩等的分析么？

问题 老师我在做比较基因组物种进化树构建的时候出现这种报错请问是什么原因，是电脑性能不够吗

文章 plotrix包画扇形图

...（https://www.omicsclass.com/article/376） 饼图由各扇形组成，如何将各扇形进行叠加绘制成 组合重叠的扇形图呢？可以借助plotrxi包中的fan.plot函数 以dat数据为例： > dat  type Num1    A  902    B  343    C  564    D  995    E  15 ...

文章 生成OTU方法如何选择，OTU/ASV?

...) 2Deblur Amir等人在16年出的不聚类OUT分析方法，文中作者比较了Deblur与DADA2、UNOISE2的效果。结果表明，与DADA2相似，Deblur同样可以获得稳定的OTUs (图2A)。两种方法得到的序列与NCBI中的nr/nt数据库进行比对，DEblur方法的误配更少，...

问题 lncRNA分析结果中，和参考基因组的比对效率比较低，那么我在发文章过程中，审稿人会有异议么？

问题 比较基因组学分析共线性中 No module named jcvi.compara

我是下载安装的课程中的LINUX 一个报错：manager@bl8vbox[mcscan_between_genome] /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog ATH Pp --cscore=0.7 /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python: No module named jcvi.compara 之后我去看了根目录下是否...