在基因家族比较时候，准备bed文件和CDS文件问题时，由于水稻的基因ID和转录本ID不一样，所以看了课程的最后一节课，此时有了OS.bed，然后去使用getgeneid_mrnaid的脚本，想得到基因ID和MRNA ID文件，可是在使用时出现这个报错。 ...
...芥当中的MADS-box家族基因（下图黑色基因）。 麦MADS-box比较基因组分析基因组分布 MADS-box基因家族成员在拟南芥和水稻中的成员数量分别是43和45个，拟南芥和水稻的基因组大小相差很大但是家族成员数量相差不大，说明MADS-box...
老师好，在做基因家族分析课时20 比较基因组学分析最后一步生成图片时出现这个错误，无法生成图片，求解，谢谢输入文件
...丰度最高的序列为中心。所有的partition都和中心序列进行比较，计算丰度的p-value。p-value定量了一条序列被判定为扩增错误的可能性。如果最小的p-value低于设定的阈值，就会得到一个新的partition。所有的序列再与新的partition比较...
...DEmRNA来建立ceRNA网络。此外，作者计算了每个基因的拓扑系数以说明其在ceRNA网络中的重要性。HCC中ceRNA网络的Sankey图如图二所示，其中每个矩形代表一个基因，并且基于矩形的大小可视化每个基因的连接程度。 参考文献 Co...
...的截距交点往往不是原点：譬如下图y轴就不是起始于0 调整坐标起始位点可以利用scale_y_continuous(expand = c(0, 0))或者scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) expand的解释如下 expandA numeric vector of length two giving multiplicative and additive expansion con...
动植物比较基因组分析实操中使用物种基因组的版本信息是什么？？论文写作的时候，需要提供这些版本信息和引用发表的论文。1.Vitis_vinifera， 2.Theobroma_cacao，3.Solanum_lycopersicum， 4.Papaver_somniferum，5.Oryza_sativa，6.Nelumbo_nucifera，7....
...单因素呢？ 这就要采用一些降维的方法，选择单因素中比较重要的一些单因素进行下游分析。方法有很多了，其中采用R包rbsurv进行分析比较多见。 具体操作如下： # 先看看操作的数据框的结构 > head(exprSet)[0:6, 0:6] bcr_patie...
...是每个人的共识，项目进度虽时有延误但相对容易衡量也比较可控，而项目质量则属于非常重要但却最容易被忽视的要素。项目管理协会给质量的定义是“满足需求，符合适用性”。从这个定义来看，质量就是能够明确定义和满...