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文章 CGVIEW：微生物基因组和质粒圈图绘制分析软件

... 'feature' 基因类别 (CDS, rRNA, tRNA, other) or 或者 COG 分类 (J for example).  'start' 和'end' 起始终止位置 'strand' 正负连 3）  blast结果文件（demo） 这些列必须得有数据：query_id, %_identity, q_start, q_end,alignment_length, evalue，其他可空。 2....

文章 GWAS模型介绍

...选择对应的bin大小），进而利用左侧的GLM以BIC（Bayesianinformation criterion）策略进行QTNs准确性检测，排除假设错误的部分，保留真实的QTNs，不断循环这一过程，直到检测到所有关联SNP（即QTNs）。 其他模型：Kang等通过减少需要...

问题 老师，您好。我初次接触网络图。目前遇到一些问题还望得到您的帮助。在R中生成gml文件时先运行pattern

LS.txt 下面是前面运行的代码： Abu=read.table('ES.txt',header=T)Abu<-as.matrix(Abu)table<-Abutable[table>0]<-1table.generalist<-Abu[which(rowSums(table)>=1),]  Abu<-table.generalist

文章 基因家族进化分析 发10分文章

..., Evolutionary strategies drive a balance of the interacting gene products for the CBL and CIPK gene families. New Phytol, 226: 1506-1516. https://doi.org/10.1111/nph.164453. Yong-Chao Xu, Xiao-Min Niu, Xin-Xin Li, Wenrong He, Jia-Fu Chen, Yu-Pan Zou, Qiong Wu, Yong E. Zhang, Wolfgang Busch, Ya...

文章 python中列表、字符串和数组之间的互相转换

...法1 str1 = ''.join(arr) print(str1) #方法2 str2 = ''.join(str(i) for i in arr) print(str2) （4）字符串转数组，str 转 array str_x = 'avfg' #方法1 st_list = list(str_x) #使用list() print(st_list) #方法2 list_str = [] list_str.extend(str_x) print(list_str) #...

文章 Minimap2安装与使用

...考数据库进行比对。 典型用例包括： 1、将 PacBio 或 Oxford Nanopore 基因组读数映射到基因组 2、发现长读(long reads)之间的重叠，错误率高达~15% 3、PacBio Iso-Seq / Nanopore cDNA / Direct RNA reads与参考基因组的剪接感知比对(long reads) ...

问题 BWA比对报错

[E::bwa_set_rg] the read group line is not started with @RG

文章 At core/community/optimal_modularity.c:87 : GLPK is not available, Unimplemented function call

...drl_parse.o eigen.o embedding.o fast_community.o feedback_arc_set.o flow.o foreign-dl-lexer.o foreign-dl-parser.o foreign-gml-lexer.o foreign-gml-parser.o foreign-graphml.o foreign-lgl-lexer.o foreign-lgl-parser.o foreign-ncol-lexer.o foreign-ncol-parser.o foreign-pajek-lexer.o foreign-pajek-parser....

问题 运行eggnog_stat.r报错

...unction (classes, fdef, mtable)  :   unable to find an inherited method for function ‘select’ for signature ‘"tbl_df"’ Calls: %>% -> select -> <Anonymous> 停止执行 向老师们求助

文章 Science：美国P4实验室“没过安全检查”，暂停使用......

... P4实验室的全称是生物安全四级实验室。 “P”是英文Protect(保护)的缩写。 世界上将生物实验室分为4个等级，简称P1、P2、P3、P4，按照安全系数分级，数字越大安全系数越高。 第四级即P4实验室是生物安全最高等级，可有效...

问题 affy包的函数处理dataframe时，要求dataframe是什么样的呢？

...ction (classes, fdef, mtable)  :    unable to find an inherited method for function ‘probeNames’ for signature ‘"data.frame"’ data是一个生成的数据框，有行号和列号，数据都是numeric格式的。

问题 单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因

...are()`: ! Must group by variables found in `.data`. • Column `cluster` is not found. Backtrace:     ▆  1. ├─obj.markers %>% group_by(cluster) %>% ...  2. ├─dplyr::top_n(., n = opt$top_n, wt = avg_log2FC)  3. │ └─dplyr::filter(...)  4. ├─dplyr::group_by(., cl...

文章 苹果系统安装docker MacOS

... 使用 Homebrew 安装： Homebrew 的 Cask 已经支持 Docker Desktop for Mac，因此可以很方便的使用 Homebrew Cask 来进行安装： $ brew cask install docker 安装方法2： 手动下载安装： 如果需要手动下载，请点击以下链接下载 Stable 或 Edge ...

问题 tassel导入表型数据和Q文件，一直报错格式有误

.../GWAS/intersection_data/sorted_shared.corrected.Q.   Error: Unrecognized format for a phenotype. [pool-2-thread-2] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Problem loading file: /home/liuyunxiu/GWAS/intersection_data/FE.phenotype.fixed.txt.   Error: Unrecognized format for a phenotype...

问题 tassel导入表型数据和Q文件，一直报错格式有误

.../GWAS/intersection_data/sorted_shared.corrected.Q.   Error: Unrecognized format for a phenotype. [pool-2-thread-2] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Problem loading file: /home/liuyunxiu/GWAS/intersection_data/FE.phenotype.fixed.txt.   Error: Unrecognized format for a phenotype...