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文章 R 包 osqp安装报错

...directory in directory /tmp/RtmpcLds4H/R.INSTALL113b0185bd284/osqp/src/osqp_sources/lin_sys/direct/pardiso CMake Error in CMakeLists.txt:   Found relative path while evaluating include directories of "osqpstatic":     "R_INCLUDE_DIRS-NOTFOUND" CMake Error in lin_sys/direct/CMakeList...

问题 泛基因家族分析执行循环时报错

 cat ../id.txt|while read ind;do > hmmsearch --domtblout ./${ind}.2_hmmerOut.txt --cut_tc ./2.hmm ./${ind}.gene.pep.fasta

文章 R语言输出pdf图片，如果有中文出现乱码解决办法

...SimSun");text(2,8,"黑体",family="SimHei");text(2,6,"楷体",family="KaiTi_GB2312");text(2,4,"隶书",family="LiSu");text(2,2,"幼圆",family="YouYuan");text(6,10,"Arial",family="Arial");text(6,8,"Times New Roman",family="Times New Roman");text(6,6,"Courier New",family="Courier New");text(6,4,"Cons...

问题 老师，你好。在做有参转录组分析，准备的文件有基因组注释文件gtf,cds,pep(其中cds,pep都是fasta格式的序列文件），命令如下。其中第一个截图是参考pep文件，比对率为0，；第二个结果是参考cds文件，比对率为57.81%，比较低，这是哪里出了问题吗。另外所以准备的文件应该是cds文件而不是pep文件是吗

# 对基因组构建HISAT indexecho "Step1: build reference index "hisat2_extract_splice_sites.py /bioData/run_data/lixp/work/GZ_yangtao2/refs/Yangtao2.coding.gene.V1.0.20190227.gtf > /bioData/run_data/lixp/work/GZ_yangtao2/refs/splicesites.tsvhisat2_extract_exons.py /bioData/run_data/lixp/work/G...

文章 微生物多样性分类柱状图按照分组进行排序脚本升级；tax_bar_plot.r

...)parser <- ArgumentParser(description='plot otu tax bar plot')parser$add_argument( "-i", "--input", type="character",required=T,help="input the abuance of tax in each sample,[required]",metavar="filepath")parser$add_argument( "-a", "--xlab", type="character",required=F, default="sample",help="inp...

问题 LD绘图

...nVCF  $workdir/00.filter/Europe-snp-2.vcf.gz \         -SubPop  ${i}_popid.txt -MaxDist 100 -OutStat ${i}.stat     Plot_OnePop.pl -inFile ${i}.stat.gz -output ${i}.ld 数据是50k的山羊SNP芯片，位点有43000个snp,做出来的图如下：感觉这个图不太正常，是哪个参...

文章 pheatmap绘制热图详解

...olor =  colorRampPalette(c(“navy”, “white”, “red”))(100)kmeans_k绘制热图的行聚类数，如果是NA，那么行不会聚类。breaks设置mat数值范围的数字序列border_color表示热图上单元格边框的颜色，如果不绘制边框，则使用NAcellwidth表示每个单...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-BCC 基底细胞癌（GSE123813）

...23nnn/GSE123813/suppl/GSE123813%5Fbcc%5Fall%5Fmetadata.txt.gz" -O GSE123813_bcc_all_metadata.txt.gz wget -c "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE123nnn/GSE123813/suppl/GSE123813%5Fbcc%5FscRNA%5Fcounts.txt.gz" -O GSE123813_bcc_scRNA_counts.txt.gz​ 观察数据： metadata数据： cell.i...

问题 你好，刚才那个问题写的乱了，Univar

Error in parse(text = x, keep.source = FALSE) :    <text>:1:9: unexpected input 1: mysurv~1_             ^  这是怎么回事，怎么纠正

文章 将fasta序列多行变单行——使用 awk 或 seqkit 或 python

... 将多行序列转换为一行序列 seqkit seq test.fa -w 0 > test_w.fa 指定每行输出的碱基数 seqtk seq -l 50 test.fa > test50.fa 只输出序列 seqkit seq test.fa -s -w 0 > test_seq.fa 将只输出的序列的，指定每行输出的碱基数 seqkit seq test_seq.fa ...

文章 微生物生态研究中常用数据库简介--转载

...数据库更新速度较慢，目前更新停留在2013年5月更新的gg_13_5版本（可在该网址下载：http://greengenes.secondgenome.com/downloads/database/13_5），目前较常用于16S rRNA基因高通量测序后进行嵌合体去除的参比数据库。目前，比较火的一个分析...

文章 GEO数据库挖掘—WGCNA鉴定骨肉瘤转移相关基因

...骨肉瘤转移和未转移这一分类信息。共获得四个数据集：GSE14359、GSE21257、 GSE32981、GSE14827。 数据分析 1.数据预处理 从GEO数据库下载四个数据集对应的芯片平台不同，将按照不同的方法进行处理。GSE14359和GSE14827对应的原始数据...

问题 t2t基因组，转录组数据注释

...4.RepeatMasker/genome.fa.masked ./genome.softmasked.fa fq1=$datadir/rnaseq_1.fq.gzfq2=$datadir/rnaseq_2.fq.gzcontig=genome.softmasked.fathreads=10   gffread ../16.GeMoMa/Arabidopsis_thaliana.protein_coding.gff3  -g /work/data/Ath.fasta  -x  ara.cds.faest=ara.cds.fa  #该物种完整的est 基...

问题 关于候选基因gene id的转换

老师您好! 做了选择清除分析后，得到了候选基因。 候选基因的gene id是这种格式：MA_10437256g0010。 这属于什么格式呢，我要怎么把这种格式转换成gene name、symbol（比如：ACOX1式）呢？

问题 RepeatModeler注释时显示FastaDB:报错

repeatmodeler显示FastaDB::compact - Error could not locate file/home/Repeat/RM_2358092.ThuMar281748232024/round-4/sampleDB-4.fa!请问老师这是什么原因导致的啊，要怎么解决这个问题。文件路径没问题，第四轮生成的sampleDB-4.fa是空的。