问题 genome-annotation的docker转singularity的容器后，rmblast使用报错。

...候出现总线吐核错误。这种情况该怎么办？ 其实运行Ltr-Retrieve脚本也有这样的问题，它首先进行测试各个依赖软件的，也是在这块挂掉。后来修改了一下脚本欺骗了一下才通过的。 New DB name:   /share/work/biosoft/RepeatMasker/RepeatMas...

问题 检查数据是否正确时 出现以下错误：> exprSize = checkSets(multiExpr) Error in checkSets(multiExpr) : data does not appear to have the correct format. Consider using fixDataStructureor setting checkStructure = TRUE when calling this function.

...微信 18289816802 Error in multiExpr[[1]]$data : $ operator is invalid for atomic vectors Error in checkSets(multiExpr) : data does not appear to have the correct format. Consider using fixDataStructureor setting checkStructure = TRUE when calling this function.

文章 cactus 软件：从基因组比到泛基因组分析​

...测使用： source venv-cactus-v2.9.9/bin/activate# 看看能不能找到which cactus# 看看版本编号cactus --version 03 使用方法 1. 输入准备： 1.1 基因组文件：每个样本的FASTA文件（如sample1.fa, sample2.fa）。 1.2 进化树文件（tree.txt）：即使同物种也...

文章 python代码到pubmed上搜索关键字，统计每年发文章数量

...l" def search_pubmed(keyword, retmax=10000): print(f"Searching PubMed for '{keyword}'...") handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term=keyword, retmax=retmax, datetype="pdat") record = Entrez.read(handle) id_list = record["IdList"] print(f"Found {len(id_list)} articles.") retu...

文章 lasso_cox.r lasso_cox 模型优化分析

...iate ...], --variate variate [variate ...] variate for cox analysis [required] -s seed, --seed seed set random seed [default 2021] -l lambda, --lambda lambda set lambda cut off [default NULL] -P predict.time, --predict.time predict.time ...

文章 Infercnv|单细胞转录组拷贝数分析

... [-t type] -g group [group ...] [--platform platform] [--hmm] [-o path] single cell trajectory analysis : http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle- release/docs/#constructing-single-cell-trajectories optional arguments: -h, --help show this help m...

文章 单拷贝直系同源基因构建系统发育树以及分歧时间

...ed by MAFFT v7.158b [74] software, and were combined into a long sequence for each species. Then, the conserved block regions of the alignment were picked out by Gblocks 0.91b with default parameters [75] of the software, and the final alignment length was 193323 aa. With the input of this align...

文章 clusterProfiler做非模式物种的功能注释

... rdatadateadded, preparerclass, tags, rdatapath, sourceurl, sourcetype # retrieve records with, e.g., 'object[["AH10561"]]' title AH10561 | hom.Oryza_sativa.inp8.sqlite AH59059 | org.Oryza_sativa_Japonica_Group.eg.sqlite 需要注...

问题 老师好，我想问一下，RSEM、FPKM和TPM是一个什么样的关系呢？reads count又有怎样的用途，与前面三个有关系吗？有一篇paper中说，The RNA-Seq by Expectation–Maximization (RSEM) expression values were used for statistical analysis.这是说统计学分析需要用RSEM标准化处理后才能进行吗？

问题 基因家族分析时，提取cds与pep序列报错

...错如下，数据来源：ncbi的参考基因组注释文件。 /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3 $species.longest_isoform.gff3 --fasta $genome --seqType CDS >$species.cds.fa#提取pep序列/share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_p...

问题 不能使用scripts中的vcf2map.pl脚本

...-Md 10 -o pop.genotype.gz该命令运行后显示Can't open perl script "/work/scripts//vcf2map.pl": No such file or directory 切换到scripts中授权chmod a+x vcf2map.pl后再回到01.PrepareData运行上述命令还是不行 使用绝对路径 perl /work/scripts//vcf2map.pl -i ../00.DataQC/al...

文章 echo输出不换行

...echo命令的-n选项，作用是输出是不追加换行。 #!/bin/bash/for i in `cat sample.txt`do        echo -n "cat ">> run.sh        for j in `cat primerid.txt`        do                echo -n " $i/${i}_$j.fa">> run.sh        done        echo  "> $...

问题 ALLHIC1挂载出现问题

...ools view -bS sample.bwa_aln.sam -o sample.bwa_aln.bam       2 /share/work/biosoft/ALLHiC/ALLHiC/scripts/PreprocessSAMs.pl sample.bwa_aln.sam draft.asm.fasta DPNII       3       4 Wed Jul 23 16:18:33 2025: PreprocessSAMs.pl: /share/work/biosoft/ALLHiC/ALLHiC/scripts/make_bed_around_RE_si...

文章 boxplot绘图中的离群值Outliers 如何去除

...boxplot完成： 得到离群值的索引： OutVals = boxplot(x)$out which(x %in% OutVals) 如果想删除离群值： x[! x %in% OutVals] 不想绘图，只想得到结果可以这样： OutVals = boxplot(x, plot=FALSE)$out 生物信息入门到精通必修基础课：linux系统...

问题 tophat2建立索引报错：Error: gtf_to_fasta returned an error.

...--------------------------------------------[2019-04-28 05:49:42] Checking for Bowtie                  Bowtie version:        2.2.7.0[2019-04-28 05:49:44] Checking for Bowtie index files (genome)..        Found both Bowtie1 and Bowtie2 indexes.[2019-04-28 05:49:44] Checking for refe...