找到约 15 条结果

文章 科研小白：生物实验做不出来是种什么体验？

...早在前几年，Nature期刊发表了一篇名为“1500 scientists lift the lid on reproducibility”的文章， 文章中公布的一项数据让学霸姐姐“豁然开朗”： 超过70%的科研工作者，在尝试重复另一位科学家的实验时以失败告终; 超过50%的研究人...

文章 IF=4.2 | 不同西瓜品种果实品质的转录组代谢组联合分析

...了一篇题为“Combined transcriptome and metabolome analysis reveals the mechanism of fruit quality formation in different watermelon (Citrullus lanatus) cultivars”的转录组代谢组联合分析文章。” 01 — 研究背景 西瓜作为夏季最受欢迎的水果之一，因其清甜...

文章 NCBI、ENA高通量测序数据下载-fastq数据

...负责维护，隶属于美国国立卫生研究院（National Institutes of Health, NIH）。 ENA：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home；欧洲核苷酸序列数据库（European Nucleotide Archive），由欧洲分子生物学研究室（European Molecular Biology Laboratory，EMBL）开发...

文章 TWAS分析的原理和工具

...关系。（2）建立基因表达水平与性状之间的关联。 2.FUSION Gusev et al. “Integrative approaches for large-scale transcriptome-wide association studies” 2016 Nature Genetics FUSION是另一款TWAS分析工具。其分析思想与Predixcan大致相似，第一步是构建...

文章 筛选编码蛋白的CDS序列

...put fasta file. [REQUIRED]',required=True)parser.add_argument('-l','--len',type=int,default=300,help='seq length filter, default 300.  [OPTIONAL]',required=False)parser.add_argument('-p','--prefix',default ='demo_seq',required=False,help='Please specify the output file prefix, default demo_seq. [OP...

文章 TCGA 临床随访信息follow up 各列介绍：

...sk_factorsbarretts_esophagus_goblet_cells_presentbmibody_surface_areacause_of_responsecd4_countcdc_hiv_risk_factorscomorbiditycomorbidity_method_of_diagnosisdays_to_adverse_eventdays_to_comorbiditydays_to_imagingdays_to_progressiondays_to_progression_freedays_to_recurrencediabetes_treatment_typedise...

问题 我共线比对结果就这么点是为什么

...LUE: 1e-05# MAX GAPS: 25############### Statistics ################ Number of collinear genes: 12, Percentage: 0.05# Number of all genes: 23995############################################ Alignment 0: score=277.0 e_value=0 N=6 NW_014685782.1&NW_014685782.1 minus  0-  0: XP_014782229.1 XP_014...

文章 R及R包的更新、移除、卸载

...例： detach(""package:R包名"", unload=TRUE)#detach: remove it from the search() path of available R objects; unload=T: to attempt to unload the namespace when a package is being detached. 如果要移除所有已加载的包，可参考https://stackoverflow.com/questions/7505547/detach-all-pa...

问题 conet构建网络图参数设置

...rial OTUs and ARG abundancesshowed that ARGs significantly correlated with the bacterial community composition ( M(平方）= 0.5675, R = 0.7407, P <0.0001, 9999 permutations) ” 文章还列出个元素之间的spearson 系数，如下图。我想问一下，在制图过程中，怎么设置...

问题 在初次docker运行程序时发现问题

WARNING: The requested image's platform (linux/amd64) does not match the detected host platform (linux/arm64/v8) and no specific platform was requested

文章 转录组比对软件HISAT2的使用说明

...c                 <m1>, <m2>, <r> are sequences themselves, not files   -s/--skip <int>    跳过输入文件前面的 <int> reads/pairs  (none)   -u/--upto <int>    超过输入文件前面的 <int> reads/pairs 就停止程序(no limit) ...

问题 snp密度图绘制

...n_multianno.vcf文件绘制时有报错信息，Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  :    line 46 did not have 209 elements Calls: read.table -> scan，应该是生成的vcf格式有问题，但是用一开始过滤完的snp.clean.vcf.gz绘制图片...

问题 重测序

...bam \ failed with ret: 32512, going to retry. sh: -c: line 0: unexpected EOF while looking for matching `"' sh: -c: line 1: syntax error: unexpected end of file sh: -O: command not found warning, cmd: sh: -c: line 1: syntax error: unexpected end of file warning, cmd:   echo "RUN CMD: gatk --j...

文章 lefse 运行报错python3中

...s no attribute 'rownames' 解决办法，降低版本： rpy2 (3.5.10) and numpy (1.24.3)

文章 宏病毒组分析一区

阿尔兹海默症病毒组——A metagenomic study of gut viral markers in amyloid-positive Alzheimer's disease patients 推荐语：越来越多的证据表明，病毒参与了阿尔茨海默症（AD）的发展和治疗。然而，对AD患者肠道病毒组的研究仍然存在显著的研...