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问题 使用tassel对vcf文件进行 -SortGenotypeFilePlugin 基因型排序时自动锅炉掉了我的两条contig,这个问题怎么解决呀?

我要做Gwas分析,需要生成hapmap文件,但是我直接用vcf转hapmap会报错Please first use SortGenotypeFilePlugin to correctly order the file.所以我就用tassel去排序然后可以正常生成hapmap文件了,但是我的两条比较小的contig见了

问题 黄老师,怎么利用BSA测序的数据的双亲和子代池的重测序数据设计KASP标记,有没有这方面的脚本可供学习

最近在分析BSA数据,然后获得区间后需要根据候选区间进行KASP标记的设计,然后向老师请教一下方法,以及或者这方面的课程

文章 常用的抗体亲和力成熟技术有哪些?

...的定点突变区域,这样既可以获得足够的序列多样性,又会破坏蛋白质结构。对CDR进行定点突变时,可以对多个CDR进行平行突变或进行逐步优化。   ④DNA改组 DNA改组技术是对同源的抗体基因,采用脱氧核糖核酸酶Ⅰ将其切...

问题 求大神指导如何安装Bio-linux系统,及在该系统下如何安装CG View及Orthmcl和OrthoFinder

...!         我因研究课题需要,要进行细菌生物信息学分析,但我会Bio-linux系统安装及在该系统下安装其他生信分析软件,因此,来此求救,希望懂的人能帮忙指导一下,能语音指导的话最好了,我实在是一点生信背景都没有...

文章 boxplot绘图中的离群值Outliers 如何去除

...到精通必修基础课:linux系统使用、biolinux搭建生物信息分析环境、linux命令处理生物大数据、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图、R语言快速入门与提高

文章 全球诺贝尔获得奖人数排行榜,美国第一,中国垫底?

...!慢着,错了!正确答案,应该是——3个。还有1个是1957年的诺贝尔物理学奖,颁给了李政道与杨振宁,这两位大佬获奖时真真切切地是中华台北籍贯,只是后来李政道于1962年加入美国国籍,而杨老在1964年加入美国国籍之后,...

问题 如何构建鱼类物种种质资源基因组数据库?

...)介绍基因组大小、组装结果、注释结果、图谱、共线性分析等; 3.FTP服务器:方便下基因组相关数据; 4.可视化Blast 服务器:方便从基因组、CDS、蛋白序列中提取关心的序列。

问题 docker从ENA数据库下fasq数据时遇到困难

安老师,您好,最近准备用服务器分析微生物数据,购买了宏基因组和16s课件,在学习docker从ENA数据库下fasq数据时遇到困难,ascp -QT -I 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasq.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR180/069/SRR18...

问题 请问三倍体重测序数据可否用于2n配子形成机制的研究

...一个关于三倍体的疑惑,想请教:通过送样重测序和数据分析,能解决这个问题吗? 母本发生自然突变,得到2n配子,与父本正常配子n杂交,得到三倍体子代3n。 2n配子形成方式,主要有两者类型,FDR和SDR: 第一次减数分裂...

文章 KEGG数据库-pathway注释信息下

...这两部分,我们就可以对同物种的氨基酸序列进行注释分析。如果要对蛋白在pathway上进行可视化标注,那就需要下pathway想的注释文件。主要有3类: 1. KGML 文件: 这个文件是对pathway 进行定义的文件,修改该文件就可以对...

文章 p值还是 FDR ?

...表达是有显著差异的,但是仍旧有5%的概率,这个基因并是差异基因。 单多次检验: 当两个(组)样本中有10000个基因采用同样的检验方式进行统计检验时,这个时候就有一个问题,单次犯错的概率为0.05, 进行10000次检验的...

文章 KEGG数据库-pathway对应基因的注释信息下

...,通过该注释,我们就可以多同物种的基因进行pathway 分析

问题 我在利用GATK进行SNPcalling前对bam文件进行Markduplication时,运行命令后,并没有生成去除重复reads后的bam文件,请问是什么原因?

在进行双亲和混池四个样本的比对分析后,转换成排好序的bam文件,然后利用GATK进行标记重复reads时出现如下情况,没有生成标记后的bam文件,求指教

文章 基因组组装GC 含量与深度图:

...ersion 1.0#学习R课程:#R 语言入门与基础绘图:# https://zzw.h5.xeknow.com/s/2G8tHr#R 语言绘图ggplot等等:# https://zzw.h5.xeknow.com/s/26edpc###############################################################################################parser <- ArgumentParser(description='Se...

问题 想请问一下,我的代码在前面都是没有报错,但是运行这个代码之后,结果只显示了3个样本名称是为什么?

源代码: ##物种组成分析 qiime taxa barplot \   --i-table ../03.asv_taxonomy/feature-table-final.qza \   --i-taxonomy ../03.asv_taxonomy/taxonomy.qza \   --m-metadata-file $metadata \   --o-visualization taxa-bar-plots.qzv 结果: