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文章 perl中while循环+each函数遍历哈希易错点

...，程序大概是这样的： while(<IN>){my @line = split("\t",$_);my ($chr,$start,$end) = split(/[\:\-]/,$line[2]);while(my($key,$value) = each %region){my($a,$b,$c) = split(/[\:\-]/,$key);next if($a ne $chr);print "1\n" if($line[0] eq "BjuB010898");if(($start >= $b) && ($end &l...

问题 求助，有没有用过smudgeplot做过倍性分析的大佬，对psmudgeplot.py plot参数有疑惑，请问应该然后解决，感谢

smudgeplot.py plot kmcdb_L"$L"_U"$U"_pairs.tsv usage: smudgeplot plot [-h] [-o O] [-c C] [-t TITLE] [-ylim YLIM] [-col_ramp COL_RAMP] [--invert_cols]                        infile smudgefile n smudgeplot plot: error: the following arguments are required: smudgefile, n

文章 perl程序中shift的用法

...了 ARRAY，那么该函数在子过程和格式的词法范围里移动 @_；它在文件范围（通常是主程序）里移动 @ARGV。 子过程通常以拷贝它们的参数到词法变量里开始，而 shift 可以用于这个目的： sub marine {      my $a1 = shift;   # 第一个...

问题 空间转录组分析非模式物种参考基因组构建

...5-12-26 18:26:27 [INFO   ] Verify image data /work/mySTOmic/01.saw/out/BS_1/STEREO_ANALYSIS_WORKFLOW_PROCESSING/IMAGE/A04244C4_SC_20251226_182237_4.2.0.tar.gz file for registration. 2025-12-26 18:26:27 [INFO   ] Image verification successful. 2025-12-26 18:26:27 [INFO   ] Pipeline need to ha...

文章 vt软件安装

...the build 4. make test 报错1： gcc -g -Wall -O2 -I.  -c -o cram/cram_index.o cram/cram_index.cgcc -g -Wall -O2 -I.  -c -o cram/cram_io.o cram/cram_io.ccram/cram_io.c:61:18: error: lzma.h: No such file or directorycram/cram_io.c: In function ‘lzma_mem_deflate’:cram/cram_io.c:678: warning:...

问题 想请教一下，stringtie定量后，得到一个基因对应多个转录本，那么它的定量结果，即FPKM值应该如何取舍？

NC_006583.3transcript251990322081.-.gene_id "gene0"; transcript_id "rna0"; ref_gene_name "ENPP1"; cov "0.0"; FPKM "0.000000"; TPM "0.000000"; NC_006583.3transcript2519903220811000-.gene_id "gene0"; transcript_id "rna1"; ref_gene_name "ENPP1"; cov "3.143961"; FPKM "0.873265"; TPM...

文章 GWAS cFDR 多效基因分析

...t(dat,aes(x=x,y=y,fill=cutoff,colour=cutoff)) +                geom_line(size=1.2) +                geom_abline(intercept=0,slope=1) +                labs(title = t) +                labs(x = xlab) +                labs(y = ylab) +                ylim(...

问题 请问老师如何看选择清除分析中的选择信号值？怎么判断受选择基因的选择强弱？从基因列表中只能获得基因的位置等信息。

....gene.txt中，最后一排的数值（31569）代表是什么意思？ NC_063982.126600013090000NC_063982.1Gnomongene26370752691570.+.ID=gene-LOC105388771;Dbxref=GeneID:105388771;Name=LOC105388771;gbkey=Gene;gene=LOC105388771;gene_biotype=protein_coding31569 这个最后一个数值和信号强...

问题 老师您好，我根据教学指导试了很多次都不能将vcf文件转换成phy文件，重新运行还是显示这种，求解决方案

....jdbc41.jar:/biosoft/tassel5/lib/slf4j-api-1.7.10.jar:/biosoft/tassel5/lib/gs-ui-1.3.jar:/biosoft/tassel5/lib/guava-22.0.jar:/biosoft/tassel5/lib/commons-math3-3.4.1.jar:/biosoft/tassel5/lib/jfreechart-1.0.19.jar:/biosoft/tassel5/lib/gs-core-1.3.jar:/biosoft/tassel5/lib/biojava-core-4.0.0.jar:/bioso...

问题 blast2go注释，报错“Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/jdom/JDOMException”，请问如何解决，详细一点

[root@iZ8vb8s8t9gi6cyewfy80bZ b2g4pipe]# java -jar blast2go.jar -in 122_cds_wanted.fa.tab -a -v -out 122_annot_result Blast2GO Pipeline Version 2.5.0 -------------------------------------- Hash for resource ec2go_19072011.txt of type ec created. 4003 associations loaded. Blast2GO build: 23092011 Ch...

文章 svg2xxx运行报错

/share/work/biosoft/tools/distributing_svg_4.74/svg2xxx_release/svg2xxx all.KEGG.svg ./ -dpi 300 Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedOperationException: The Security Manager is deprecated and will be removed in a future release at java.base/java.lang.System.setSecurityManager(Sys...

问题 R下载GEO数据没有显示GSM1625995 = col_double()

...有一段红字显示： Parsed with column specification:cols(     ID_REF = col_character()     GSM1625995 = col_double()     ....     ....）File stored at: F:/GEO/20180605/Download/GSE66597/GPL6480.annot.gz     但是我下载时显示Found 1 file(s)GSE8205_series_matrix.txt.gztr...

文章 如何利用HMMER鉴定基因家族成员

...标文件必须在桌面才可以添加）。下载桌面版本：hmmer3.0_windows，将下载下来的版本解压到桌面 文件准备，拟南芥蛋白组数据，来自pfam数据库的模型，模型是怎样确定的，请参考：将蛋白文件，模型文件放到解压的hmmer文件中图 ...

文章 图片去除大块黑色区域

...脚本： 脚本运行命令： python /share/work/wangq/script/work/png_black.py -i /share/nas1/fanyc/project/zx-20171030-47_21_ITS/2/ITS_3/4.Analysis_output/Taxa_summary/MEGAN_tree/Taxonomic_treeUsage:  Options:      -i <str>  分类学树状图 png图片所在目录,也是输出目...

问题 泛基因集执行命令时，由syn.txt文件到最后output.txt和final.last.gene.pair.txt文件生成时会丢失一些基因吗？我做自己的物种分析时发现丢失了一些基因，是什么原因？这正常吗

...nt a[$2]}' all.bed output.txt \  | awk '{ print $1"\t"$2"\t"$3}' | sed "s/_/\t/g" | paste output.txt - > last.gene.pair.txt     # 把第二列的前缀去掉 awk '{split($2, a, "_"); $2 = a[length(a)] " " $3; printf "%s\n", $0}' last.gene.pair.txt |\  sed "s/ /\t/g" | sed "1i\PangeneID\\tgen...