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文章 MNP标记设计中DP的计算方法

...1个窗口内有3个SNP。其中品种1与品种2有两个SNP的基因型不同，记为1；品种1与品种3也有两个SNP的基因型不同，记为1；品种2与品种3只有1个SNP的基因型不同，不计数。所以 t 的数量就是2。

问题 cellchat的netVisual_bubble

...经常会遇到莫名其妙多了最后一列呢？试了好多参数都去不掉，是什么原因呀？我发现老师你写的html的文档也有这个情况， 这最后一列不能去掉吗？还有就是，画这个图的时候，compare这个函数是真的在两组做比较吗？展示在bu...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 需要测序多少合适？

...是那些丰都较高的基因和转录本。 采用三代全长转录组分析样本中的转录情况，如果要想覆盖大部分的基因， 需要测序数多少才合适呢？ 这个问题可以采用数据来说话。 以人类的Universal Human Reference RNA（来自10个细胞系，增...

问题 Maxquant软件combined文件夹下一直没有txt文件夹

试了至少三次吧，每次都是到second peptide search就停住了，文件夹最后更新是10/7 18：20，现在是10/8 0：14，原始文件大约24G，但是前面都进行的很快，到这一步感觉不正常，一直没有txt文件夹生成。请大佬帮忙看看，谢谢！！！

问题 gset = getGEO(GEO='GSE12417', destdir=".",getGPL = F) 下载不了这个GEO文件，应该如何处理？

...径 ###获取表达矩阵### ?getGEO #下载数据#getGPL = F表示不下载注释文件。可能网络不太好，自己去平台下载。(这一串代码的run之后，文件下载失败了。) gset = getGEO(GEO='GSE12417', destdir=".",getGPL = F) #直接下载会报错，然后找了...

问题 关于circos图绘制问题

...。这也是以为断线的原因，那老师为什么这个基因名字会不出现呢。

文章 绘制基因结构图软件GSDS使用过程中图片的修改问题

...结构或者是顺势作用元件时，如果图例太多，在网页展示不出来，这个时候你需要对图片进行修改.增大背景画布就可以显示了，点击下图红色箭头所指按钮，进入到图片编辑界面: 拉大背景画板，如下图红箭头所指，用来放缩...

文章 叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

细胞器基因组分析的重复序列展示中有时会展示为下面这种circos圈，用来描述基因组的微卫星重复序列（SSR）、串联重复序列（Tandem repeats）的分布以及散在重复序列（Dispersed repeats）的共线性关系，简洁美观，今天带大家一起...

问题 空间转录组分析非模式物种参考基因组构建

2025-12-26 17:43:56 [WARNING] line[285799] Discard this item[transcript] due to the parent detection failed, please check GTF/GFF 2025-12-26 17:43:56 [WARNING] line[285800] Discard this item[exon] due to the parent detection failed, please check GTF/GFF 2025-12-26 17:43:56 [WARNING] line[285801] D...

文章 miRNA与靶基因相关性作图

... FDR     log2FC  regulatedbta-miR-106a    26      113     1.164865        54.990056       3.20268371822863e-08    4.02066488557677        upbta-miR-10a     166025  1771    7438.335738     861.835296      0.000238871249442218    -4.55148673628311       downbta-mi...

问题 运行mcmctree报错2.0

...快再回答一下吧！！卡在这里好几天了！！！ 或者能不运行mcmctree，用别的什么结果运行cafe5吗 —————————— 11.time_tree_BV_2.sh.o 日志文件显示如下 ————————————  mcmctree mcmctree1.ctl >run1.o 日志文件显...

文章 轻松搞定fasta索引文件、序列提取

...必须相同，否则会报错哦！最后生成的.fai文件如下， 共5列，以制表符分隔； 第一列 NAME : 序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容； 第二列 LENGTH : 序列的长度，单位为bp； 第三列 OFFSET : 第一个碱基的偏移量...

文章 AI助手帮我解决如何修改kvm虚拟机内存大小

...间在学习如何使用kvm创建虚拟机，在实践过程中遇到很多不太清楚的问题，靠AI帮我快速解决了这些疑问。 以如何修改kvm虚拟机内存大小这个问题为例，看下AI的效果。 对话如下：https://www.doubao.com/thread/w84ca2c9b81640339 首先是如...

问题 Rstudio读不出文件中的数据

...。 下图是我直接读取xls表格文件的代码显示情况。也是不能读取数据。不知道我准备的文件的错误在哪里。 下面两张图是我准备的FPKM的数据文件：xsl和txt格式的。 烦请解答，十分感谢！

问题 老师，你好。在做有参转录组分析，准备的文件有基因组注释文件gtf,cds,pep(其中cds,pep都是fasta格式的序列文件），命令如下。其中第一个截图是参考pep文件，比对率为0，；第二个结果是参考cds文件，比对率为57.81%，比较低，这是哪里出了问题吗。另外所以准备的文件应该是cds文件而不是pep文件是吗

# 对基因组构建HISAT indexecho "Step1: build reference index "hisat2_extract_splice_sites.py /bioData/run_data/lixp/work/GZ_yangtao2/refs/Yangtao2.coding.gene.V1.0.20190227.gtf > /bioData/run_data/lixp/work/GZ_yangtao2/refs/splicesites.tsvhisat2_extract_exons.py /bioData/run_data/lixp/work/G...