gset = getGEO(GEO='GSE12417', destdir=".",getGPL = F) 下载不了这个GEO文件,应该如何处理?

代码如下:

##  检查R包是否安装成功

library("GEOquery")   ## 判断R包安装成功的唯一标准 ###

library(dplyr   ) 

library(tidyverse)


##设置路径

setwd("D:/R_HG_sx/exercise")#设置路径


###获取表达矩阵###

?getGEO


#下载数据#getGPL = F表示不下载注释文件。可能网络不太好,自己去平台下载。(这一串代码的run之后,文件下载失败了。)

gset = getGEO(GEO='GSE12417', destdir=".",getGPL = F)


#直接下载会报错,然后找了网上评论的抄了以下这串代码,发现R 运行不了,然后我就手动的点击control+同时点击http开头的这一串网址然后下载,有http开头的都下载成功了,是直接跳转去网页然后就下载的,但是注释文件最后一个没有http开头,跳转不了,所以没有下载成功。求问,怎么办?

#手动下载 matrix

wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12417/matrix/GSE12417-GPL570_series_matrix.txt.gz -O GSE12417-array/GSE12417-GPL570_series_matrix.txt.gz

wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12417/matrix/GSE12417-GPL96_series_matrix.txt.gz  -O GSE12417-array/GSE12417-GPL96_series_matrix.txt.gz

wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12417/matrix/GSE12417-GPL97_series_matrix.txt.gz -O GSE12417-array/GSE12417-GPL97_series_matrix.txt.gz

#手动下载 GPL注释信息

wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/platforms/GPLnnn/GPL96/annot/GPL96.annot.gz -O GSE12417-array/GPL96.annot.gz

wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/platforms/GPLnnn/GPL97/annot/GPL97.annot.gz -O GSE12417-array/GPL97.annot.gz

wget -c -O GSE12417-array/GPL570.annot.gz


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  • roadf_smu 提出于 2024-10-30 18:06

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