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文章 SRA Toolkit 工具首次使用提示“This sra toolkit installation has not been configured”

...interactive 执行该指令后会进入到如下界面： 一般情况下不需要进行什么改动，保存退出即可：Tab+x 然后就可以正常使用了。

问题 如何用荧光定量数据绘制热图？

...for the statistical analyses. 作者是用的2-ΔΔCT的方法做的数据分析，可是结果怎么会是负数呢？ 在问答社区内看到莫非他是用的-ΔΔCT？恳请老师们解答，谢谢了

问题 IsoSeq3：三代测序不同长度的library的合并问题

您好。我现在测了三代转录组的三个不同片段文库，分别是1-2kb，2-3kb和3kb以上。如果用IsoSeq3流程进行分析的话，请问这三个文库应该在哪一步合并呢？是在isoseq3 cluster的这一步之前，自己用pbmerge合并么？还是在哪里合并呢？

文章 R 相关性系数计算 cor() 报错

转录组分析时，计算完FPKM后进行相关性计算并绘图，出现报错： Error in seq.int(0, 1, length.out = n) : 'length.out' must be a non-negative number 该报错发生在选择颜色的函数colorRampPalette()上，发现是给的值出现问题，而值来自于相关性计...

文章 readxl包读取excel的多个函数简介

readxl包括多个可以读取excel的函数，不需要与包“xlsx"中的read.xlsx（）函数一样去调用java ("xlsx" 应用是需同时安装"xlsxjars","rJava"）例如readxl包的函数read_xlsx()读xlsxsheet1=read_xlsx("Cici.xlsx",sheet = 1)> sheet1# A tibble: 1 x 3      A...

文章 “疫情”黑天鹅，让企业管理数字化转型迫在眉睫

...在悬崖的边缘，苦苦挣扎。大部分企业面临的窘境是资金不足，需要裁减人员。但是裁员后，有没有足够的人力来获取更大的效益来维持周转。这样的悖论，把无数的企业推向了不可逆转的深渊。大家都急切的希望能够找到一个...

问题 运行 ParaAT 多序列比对 出现报错

...发现了不一致性 并且继续用这个结果进行下一步的合并分析时#合并成supergene seqkit concat ./aln_out/*.pep_aln.renamed  >  single_copy.pep_msa.fasta 输出的结果是空的…… 前面都是按照课程的脚本跑的 请问该怎么处理这个报错呢？

问题 老师您好，咨询一下转录组和基因家族结合发文的问题

老师，看过您18年的一篇文章，讲述转录组和基因家族分析结合的发文思路。基因家族发文结合自己未发表的转录组数据会不会增加接收几率？（现在看很多文章都是用的数据库下载的转录组）您觉得刚测的转录组和基因家族单...

问题 做基因在染色体定位时，出现了问题

在分析基因家族时，做基因在染色体定位这步的时候，出现了问题，用#获得基因组染色体长度： seqkit fx2tab --length --name  ../01.data_prepare/GCA_904845875.1_Mlu_assembly_genomic.fna|awk '{print $1,$NF}' >genome.len这条命令时，发现结果文件（如...

问题 荧光定量引物设计，是用CDS黏贴到NCBI，blast找到100%序列一致性的基因来设计引物还是，黏贴包含内含子的完整基因序列到NCBI设计引物？

我用不同的家族基因CDS黏贴到NCBI，发现100%序列的结果是相同的基因，感觉用包含内含子的完整基因序列来设计要好一点。但是发现用包含内含子的完整序列通过NCBIprimerblast来设计引物，发现不能选择跨内含子。不知道哪种方法...

文章 Linux 统计目录下文件数量的方法

...命令的使用方法。 1、统计当前目录下文件的个数（不包括目录） ls -l | grep "^-" | wc -l 结果为4，只包括：data.cfg、  id.txt、  qstat.xls、  w.sh，这4个 2、统计当前目录下文件的个数（包括子目录） ls -lR| grep "^-" |...

文章 ggalluvial 展示ceRNA调控关系

...显示网络。作者基于miRDB，miRTarBase和TargetScan数据库综合分析，最后使用26个DElncRNA，4个DEmiRNA和6个DEmRNA来建立ceRNA网络。此外，作者计算了每个基因的拓扑系数以说明其在ceRNA网络中的重要性。HCC中ceRNA网络的Sankey图如图二所示，...

问题 Error in (function (classes, fdef, mtable) : unable to find an inherited method for function ‘bg.correct’ for signature ‘"HTAFeatureSet", "character"’

对GEO数据进行mas5处理时报错。。不知道如何处理？？ Error in (function (classes, fdef, mtable)  :    unable to find an inherited method for function ‘bg.correct’ for signature ‘"HTAFeatureSet", "character"’

问题 转录组学习中遇见的问题

...PCR，所以想在网上下载别人相关转录组测序的文件来自己分析，生成热图。我目前正在学转录组数据挖据这门课程，里面好像没有涉及到表达量数据的过滤，校准和聚类方面的知识。请教一下，我想从网站上下载别人发表文章的...

问题 同一物种不同基因组（已经组装好）之间可以call snp么

最近需要做BSA分析（EMS诱变），有两混池的测序数据，实验室有组装好的野生型和突变体背景基因组。好像ED法只需要混池数据即可，snpindex则还需要亲本数据。我想两种方法结合使用，有这方面的大神嘛