转录组差异基因的筛选 关键代谢通路的筛选 转录组数据的质控 转录组（transcriptome）是指特定生物体在某种状态下所 有基因转录产物的总和，转录组研究是功能基因组研究的 一项重要内容。转录组是连接基因组遗传信息与生...
...下载脑出血患者的临床信息，并与铁死亡基因相交，最终筛选得到45个差异表达基因（DEGs），其中大部分涉及TNF信号通路和氧化应激反应。随后，作者通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析筛选与TNF信号通路相关的基因模块，...
...ire() (括号内指定包的名字） 3、包的查询 查询已安装的所有的包：library() 或installed.packages()（括号内为空，区别以上两项） 查询具体包的信息： help(package="pheatmap") 或者加载包之后 ?`pheatmap-package`(注意反引...
Linux中的grep命令可以按行搜索关键字，通常只是搜索一个关键字，如果有多个关键字可以使用下面的方式。 搜索任意关键字 ① grep -E "word1|word2|word3" file.txt 满足任意条件（word1、word2和word3之一）将匹配。 同时满足...
...ames=1)head(myfpkm)myfpkm[order(rowSums(myfpkm),decreasing=T)[1:5000],] #筛选表达量高的前5000个基因myfpkm[rowSums(myfpkm)>1,] #筛选掉表达量低的基因minRowFPKM=rowMeans(myfpkm)>2 #按平均数筛选minNumFPKM=rowSums(myfpkm>0)>10 #表达量不为0的样品个数...
...experimentally_determined_interaction: 这个特征表示两个基因是否已被证明在实验室中相互作用。如果两个基因在实验室中被证明可以相互作用，那么它们被认为是具有已确定的相互作用。 7，database_annotated: 这个特征表示两个基因是否...
如下面截图所示，想要选取e-value值小于0.0001的目标结构域，结果运行该命令的结果中，最后的那个结构域的第七行的值为3.4e-05，这个值我的理解为3.4乘以e的-5次方，其值为0.022并不是小于0.0001的值，或者这个值应该是3.4e的10的-5...
...方的数字为惩罚值（调优系数），x轴上方为在该值下的剩余的变量个数。LASSO 回归就是通过生成一个惩罚函数对回归模型中的变量回归系数进行压缩，达到防止过度拟合，解决严重共线性的问题。 λ值决定了哪些变量可以使...
...的问题，恐怕没人敢出手； 正面典型：“进行差异基因筛选时通常采用什么标准？”，“想对水稻根际土做16S测序，取样时应该注意什么？”，这种指向明确、范围适中的问题肯定有人抢着答啦。 二、提供的信息要全面且经...
...色 format=%d #标签数字格式，%d表示整数，%f浮点数 label_offset=10p #标签和刻度之间的距离 label_size=25p #标签大小 show_label=yes #显示标签，标签值需按照multiplier计算 size=1...
如图，我用NEW PLACE搜索出了很多顺式作用元件，那是不是只有正链的元件才调控搜索基因的表达了？谢谢！ @omicsgene @小兰老师
...法具有差异，进行数据下载之前要对数据进行了解。 1、搜索到感兴趣的GSE数据之后，查看数据总的介绍，和芯片类型，一般通过相关介绍能了解到大致情况，譬如，进入具体的芯片介绍可以看到明显提示信息如不确认，可以选...