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文章 细胞培养步骤梳理：细胞复苏、传代、冻存中的细节问题

...;为了防止污染，可以加1%双抗! 常见问题解答： Q：针对不同细胞，细胞培养基配方一样吗?如何获知呢? A：不同细胞的培养基是不同的。一般ATCC购买的细胞，针对不同细胞株，会有详细介绍，包括生长的状态图、培养基的类型...

文章 30岁博士毕业正常吗？施一公“不受毕业年限的限制”惹争议

...现在有很多学校规定了博士学位的最高学习年限，从6-8年不等， 也就是说，到了年限，你必须离开学校了，没达到毕业条件也不让再读了，只能退学。 本科毕业大家一般是21-22岁，硕士研究生一般是3年，再加上读博4-6年， 30...

问题 GEO数据挖掘中遇见的问题

老师你好， 在学习GEO数据挖掘的课程中，在GO富集分析过程中，课程用的是人的基因注释R包：org.Hs.eg.db，请问做水稻用什么基因注释R包呢？我用拟南芥的R包org.At.tair.db总是出问题。谢谢！

问题 16s双端合并后reads数减少

老师你好，我在做16s分析时，在qiime2平台上使用qiime vsearch join-pairs命令进行双端合并时，合并前每个样本里fastq文件中有100000+多reads，但合并后就只剩下500~2000左右的reads

问题 TCGA的ENSEMBL编号如何转换成gene symbol

TCGA下载下来的基因表达数据中，基因的ID是ENSEMBL编号，请问如何转换成Gene Symbol 进行下游的GSEA分析？

问题 fst_pi_select_sweep.r脚本

老师，您好。我也是做关于fst和pi的联合分析，您看方便把R脚本提供一份吗？期待您的回复

问题 在win7系统的文本里用快捷键ctrl+c复制了命令，但在bio-linux里却黏贴不了。求解。

重新下载了新的bio-linux，导入虚拟机，在终端进行操作，结果win7系统的文本中复制的命令，没法黏贴到bio-linux系统的终端里。不知道是哪里出了问题。求解答。

问题 vcf合并

老师您好，我购买了咱们重测序的课程。我在分析的时候遇到了vcf文件合并的困难。我的数据是两部分组成的，一部分是自己测的，现在做到gvcf了，还有一部分是从已发表的文章中的vcf文件里提取出来一部分，参考基因组是相...

文章 TF的结合序列查找

做完转录组分析完之后，一般会找到一些差异表达的基因，差异表达基因中如果有转录因子的话，可以研究一下转录因子调控哪些基因的表达。首先需要知道转录因子的结合序列特征，之后基于这个特征去预测靶基因。 1. 转录...

问题 RepeatMasker输出没有.divsum文件

...度慢2-3倍# -xsmall 软屏蔽，将重复序列变成小写字母，而不是N或者X。# -gff 输出GFF文件# -nolow 忽略低重复的序列# -norna 忽略Small RNA 下一步运行代码是 # 生成RepeatLandscape  ； -g 设置基因组大小计算屏蔽比例 contig_size=$(esl-seqstat --d...

文章 ggplot 柱状图，y轴从0 开始，最高柱子 留有余地代码：

...ly_color,  # 设置颜色                     name = NULL,  # 不显示图例标题  ) +  scale_y_continuous( expand = expansion(mult = c(0, .1))) +  # 设置y#################  theme_bw() +  theme(legend.title=element_blank(),        axis.text.y=element_blank(),        axi...

问题 原核生物建立基因组索引出现问题，没有gtf在文件

老师我做的是细菌转录组分析，按照代码跑发现最后生成不了tsv文件，请老师帮忙解答，感谢老师

问题 怎么根据基因ID来找到对应的基因功能呢？

我的是无参物种，做了个转录组实验，公司给的差异分析结果里，基因都是以trinity开头的ID，我在NCBI里找不到相关的信息，请问怎么知道这些基因对应的功能呢？

问题 利用hmmsearch检索出来的蛋白序列太少

老师，您好！我按照组学课堂基因家族分析课程操作，输入以上命令后，检索出来的蛋白ID只有几个，这是从拟南芥数据库筛出来的。请问是不是bio-linux默认的阈值太小了？ 我使用 hmmsearch -h 找到了 --domT ，但是不会设置阈值。

问题 蛋白质ID如何转换为Gene的ID

老师，您好，我想问下我的蛋白质ID都是以cds的ID表示的，请问怎样转换为gene的ID，以便后续的富集分析？谢谢！