文章 拟南芥叶单细胞分析流程

...trol两个样本： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE213622 数据下载 这里我们下载圆圈2的数据 wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE213nnn/GSE213622/suppl/GSE213622%5Fcoaker%5Fatpst%5Fsinglecell%5Fmetadata.csv.gzwget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih...

文章 Treemix 软件：群体基因交流分析的得力工具

...：使用基因频率数据计算每对群体之间的实际协方差。 2.构建最大似然树：利用基因型频率数据构建最大似然树，并计算协方差的估计值。 3.判断基因流：通过比较实际值与估计值之间的差异，判断两个种群之间是否发生基因...

文章 igraph 报错： libglpk.so.36: cannot open shared object file: No such file or directory

...th = DLLpath, ...):  unable to load shared object '/share/biosoft/R/R-v4.2.2/lib64/R/library/00LOCK-igraph/00new/igraph/libs/igraph.so':   libglpk.so.36: cannot open shared object file: No such file or directory Error: loading failed Execution halted ERROR: loading failed * removing ‘/shar...

问题 R 包 arrow 安装报错：arrow install error view_ = string_array_->GetView(i);

问题 ANNOVAR变异注释报错：Erro: invalid record found in exonic_variant_function file (exonic format error)

...to change this behavior) NOTICE: Running with system command <convert2annovar.pl  -includeinfo -allsample -withfreq -format vcf4 /work/bdorsalis/4.snp_indel/var_qc/all.clean.snp.vcf.gz > /work/bdorsalis/5.var_ann/test/snp.avinput> NOTICE: Finished reading 840 lines from VCF file NOTIC...

文章 perl中的列表与数组

...标量的集合，数组是存储列表的变量。 举例子： （1，2，3，4）是一个列表 可以赋值给一个数组@array=（1，2，3，4） （5，6，7，8）是一个列表 也可以赋值给数组@array=（5，6，7，8） 上面两个@array是同一个数组，但是（1，2...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)

...式以及这些类型结直肠癌之间的主要差异，我们对来自 28 名 MMRp 和 34 名 MMRd 患者的 371,223 个肿瘤细胞和邻近正常细胞进行了转录分析。无监督分析确定了来自 7 个不同细胞谱系的 88 个细胞亚群，以及 204 个基因表达程序的相关...

文章 TCGA和GEO套路文章解说

...病相关的关键分子，需要设计实验，做大量的分子筛选的工作，对于土豪实验室可以可以大把的花钱做芯片或者高通量测序做前期的筛选工作。但是如果你所处的实验室或者科室经费少，样本也不多，而无法开展研究，而又想发...

文章 qiime2分类器的训练

...中，使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器，可在QIIME2官网下载        https://docs.qiime2.org/2022.8/data-resources/ 方法注释在训练分类器之前，我们要弄清楚三点：1.选择合适的数据库；2.扩增引物；3测序序列长度分布（此步骤...

文章 借助perl脚本进行文件整理 | 将按第一列信息整理的文件改成按照第二列信息整理

perl data.pl id1.txt id2.txt 现有一文件，有两列，是按照第一列内容进行展示的，如下图：A    green;red;blueB    yellow;greenC    red;blue;grey;pink;blankD    green;grey现在想将文件按照第二列数据进行整理查看，如下图：blank   Cblue    A Cgre...

文章 Mfuzz做时间聚类分析

...quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE))) } } 2.读入数据 #设置工作路径 setwd("~/work/10.mfuzz") ## 导入基因表达量 gene <- read.table("gene_fpkm.txt",header =T,row.names=1,sep="\t", check.names = F) head(gene) 基因表达量数据格式如下： ID 0h 1h 2h 3h 4h ENSGALG...

文章 TCGAbiolinks 下载临床数据，警惕有多次随访数据

...查看临床数据的记录，做分析前，一定要做好数据的筛选工作。不然分析结果可能会存在问题。  如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调控》...

文章 R 包RIdeogram安装报错

...kages("devtools")library(devtools)devtools::install_github('TickingClock1992/RIdeogram') 1.2 直接安装 install.packages("RIdeogram") 2. 报错 begin installing package ‘grImport2’begin installing package ‘rsvg’make: *** [Makefile:9: rsvg.ts] Error 1* installing *source* package ...

文章 实时定量PCR技术原理及标记方法详解

...，可以逐孔校正因移液不准确、孔位置及荧光波动造成的变动。   扩增曲线：Amplification curve ，随着PCR反应的进行，荧光信号强度随着扩增产物的增加逐渐增强，通过荧光强度来检测扩增产物的变化。   扩增效率：一个DNA分...

问题 老师好，我在使用samtools进行染色体长度获取时出现了这种报错。此物种的gff3文件没有具体的染色体长度注释，以及使用基因组染色体的fasta文件进行统计的话数据很多，工作量很大，麻烦老师帮忙看看怎么解决这个问题。谢谢老师！