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文章 R语言基础入门—函数

... in 1:a) {      b <- i^2      print(b)   }}# Call the function new.function supplying 6 as an argument.new.function(6) 当我们执行上面的代码,它产生以下结果 : [11[1] 4[1] 9[116[1] 25[1] 36 调用没有参数的函数 # Create a fu...

文章 如何看懂从TCGA下载的甲基化数据

...息。该数据的表头解释如下: Composite ElementA unique ID for the array probe associated with a CpG siteBeta ValueRepresents the ratio between the methylated array intensity and total array intensity, falls between 0 (lower levels of methylation) and 1 (higher levels of methylation)Chrom...

文章 相关性分析及散点图绘制-脚本使用

...相关性分析的结果,常用于生信分析中。 例如:在一篇2021年发表于Briefings in Bioinformatics上的影响因子为11.62的文献中,作者大量地进行相关性分析并绘制了散点图,更好地展示了相关性分析的结果。 下图是文献中免疫相关预...

问题 基因家族分析文章:筛选时为什么选用基因组数据库的编码蛋白,而不是蛋白组数据库?

...ein and not candidate proteins, as they performed a genome wide research and not a proteome research and protein identification.请问,我该如何回答啊?

文章 Monocle2|单细胞测序的拟时序分析

...化轨迹。Monocle是拟时序分析常用的R包。 文章案例 例如2021年5月发表在NC的一篇单细胞测序文章《Single-cell profiling of tumor heterogeneity and the microenvironment in advanced non-small cell lung cancer》(IF=14.92)就多次采用拟时序分析,探讨不同...

文章 快速高效KM生存曲线绘制-脚本使用

...s 女等)对患者生存造成的影响。 例如:2021年发表在The Journal for ImmunoTherapy of Cancer上的一篇影响因子为13.75的文献为例,该文献中运用KM生存曲线生动形象地展现了不同变量分别对患者生存的影响。 作者根据基因表达量和细胞...

文章 串联重复基因 tandem和segmental的区别与联系

...yza sativa: a history of duplications. PLoS Biol. 2005, 3 (2): e38-10.1371/journal.pbio.0030038.[3] Ramamoorthy R, Jiang SY, Kumar N, Venkatesh PN, Ramachandran S: A comprehensive transcriptional profiling of the WRKY gene family in rice under various abiotic and phytohormone treatments. Plant Cell ...

文章 影响GWAS关联分析好坏的因素

...标记进行GWAS研究。 参考文献: 1.Risch N, Merikangas K. The future of genetic studies of complex human diseases[J]. Science, 1996, 273(5281): 1516-1517. 2.Li H, Peng Z, Yang X, et al. Genome-wide association study dissects the genetic architecture of oil biosynthesis in maize ker...

文章 rMATS turbo使用

...at --b1 B1 A text file containing a comma separated list of the BAM files for sample_1. (Only if using BAM) --b2 B2 A text file containing a comma separated list of the BAM files for sample_2. (Only if using BAM) --s1 S1...

文章 相关性分析及热图绘制-脚本使用

...观清晰地了解两两变量间的相关性。 在2021年发表于The Journal for ImmunoTherapy of Cancer上的影响因子为13.75的文章中,作者进行了相关性分析并绘制了热图,直观清晰地展现了两两变量间的相关情况。 下图图C就是作者在m6Ascore值、...

问题 tassel新报错,求老师们看一下[Thread-8] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Index 0 out of bounds for length 0

...edEffectLMPlugin <options> -phenoOnly <true | false> : Should the phenotype be analyzed with no markers and BLUEs generated? (BLUE = best linear unbiased estimate) (Default: false) -saveToFile <true | false> : Should the results be saved to a file rather than stored in memory? It...

文章 blast XML结果解析,获得更多blast比对信息 perl

...->algorithm_version; while( my $hit = $result->next_hit ) {# process the Bio::Search::Hit::HitI object        while (my $hsp = $hit->next_hsp) {        #print Dumper($hsp);        # process the Bio::Search::HSP::HSPI object            my $query_name   = $result->query...

文章 全外显子测序疾病相关基因变异位点过滤标准及参考文献

...clinical whole exome analysis pipeline based on gene and variant ranking. Journal of Translational Genetics and Genomics, [S.l.], v. 2, n. 1, p. 1, jan. 2018. ISSN 2578-5281 【3】Richards, S., et al. (2015). "Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus...

文章 vif.cca 筛选环境变量:VIF是非常有用的指示符,表明数据集中存在多重共线性。 它不能很好地指示应从模型中删除哪个预测变量。

...14by richard telford Variance inflation factors (VIF) give a measure of the extent of multicollinearity in the predictors of a regression. If the VIF of a predictor is high, it indicates that that predictor is highly correlated with other predictors, it contains little or no unique inform...

文章 胃癌预后signature数据挖掘-自噬基因

...癌相关的预后biomarker。 文章: Front Genet (IF: 3.258; Q1). 2021 Feb22;12:615834. doi:10.3389/fgene.2021.615834. 数据来源: TCGA数据库:375个胃癌病人基因表达数据和临床数据,包括表型数据,生存数据,年龄,性别,肿瘤大小,TNM分期等...