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问题 重测序批量循环样本比对bwa

...多样本，用课程里循环的方式太麻烦了，而且我的数据都不在一个文件夹，数据的命名规则也不一致，目前已经将样品名，双端数据都整理在一个list里了，有没有相关脚本来替换课程的循环脚本？  课程里给的脚本里好多步骤...

文章 seqcluster软件安装

...。SeqCluster 尤其适用于发现新的microRNA和其他小RNA，以及分析已知的小RNA。 SeqCluster 的一些关键特性包括： 小RNA聚类： SeqCluster 使用一种聚类方法来将共享相似表达模式的小RNA序列分组。这有助于识别潜在的功能性小RNA簇。 新...

问题 基因组序列gff3和gff文件差异

gff3文件第9列是GENG id但gff文件的id是不一致的，怎么来更改转换尼

问题 提取蛋白结构域序列文件出错

...xt WRKY_remove_redundant_IDlist.txt命令后得到文件的格式就和Demo不一致了，只呈一行排列，之后获取蛋白结构域序列文件时就是空的，请问是什么原因呢？ 

问题 老师你好，关于基因家族成员的鉴定

...文献的时候发现，为什么很多人鉴定出来的家族成员数量不一样呢，就比如拟南芥WRKY基因，有的人鉴定出来的是72个，有的人鉴定出来的是74个，这个是怎么回事呀，同样水稻也是不同。是E值筛选的时候设置小了吗？具体发文章...

文章 Centos7下Rstudio-service配置教程

...动RStudiorstudio-server status #查看RStudio状态 设置使用的R版本：  vi /etc/rstudio/rserver.conf#设置内容如下：# Server Configuration Filersession-which-r=/share/work/biosoft/R/R-v4.0.3/bin/R rsession-ld-library-path=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib64/:/usr/lib:/usr/l...

问题 TCGA数据中primary site数据下载

如果还是继续用GDCdownload下载数据的话，之前筛选出来的primary site就没有被用到，下载之后还是所有HNSC的表达数据，看了一下GenomicDataCommons这个包里有有一个gdcdata函数，应该是用来下数据的，但是不太会写代码。

问题 rna-seq数据质量控制

...到已经使用软件过滤掉了低质量的reads，这一项是否可以不做处理？另外overrepresented sequence也有warning，考虑到是rna-seq数据，是否可以忽略不计？

文章 synteny collinearity 区别

...，经常会听到“共线性”这个词，但是与其对应的有两个不同的概念，即 (1) synteny ： 同线性(synteny): 两个物种的几个同源基因分布在同一条染色体上，不需要考虑到基因之间的排布 (2) collinear   共线性(collinearity): 两个物种...

问题 基因组survey时K值的选择

请问我不知道我测序的物种基因组多大，利用二代数据进行survey时，K值设置17，19，21时基因组大小、杂合度差异都很大，这种情况我应该选择K值为多大呢？

问题 同一物种批量注释基因组

...gff3文件，包括训练集都是gff3文件，与8个基因组的坐标并不一样，请问是否有方法解决这个问题？

问题 用三代测序测全长转录组，样品准备有什么不同吗？

近期课题组需要做些全长转录组，不知道RNA需要量和做普通的二代转录组有啥区别呢？

问题 MCSCANX共线性图代码报错

...如下 个人认为是ctl文件问题，改了几次依旧报错 但是不知道为什么 ctl和family.txt文件是直接下载的，在文件内直接修改的，路径也没错 希望老师指点

问题 Hisat2-building建立index中的killed问题

学习了有参自主分析之后，使用课程中的方法和脚本，用课程资料的样本数据练习，很流畅，很成功。 随后尝试建立自己的参考基因组（~3.4G）index。尝试了很多次，总是自动killed，生成的ht2文件总是会少1-2个，会生成几个rf文...

问题 gama 射线引起的大片段缺失

...材料单株提取叶片 DNA 进行全基因组重测序，再通过生信分析获得结构变异，从而定位到影响表型的基因。那么关于 gama 射线诱变获得的突变体，为什么不能用回交后代进行混合测序？另外在 “瘤数增多的稳定突变体材料单株提...