同一物种批量注释基因组

已经用组学大讲堂的注释流程完成了一个物种的基因组注释

但是还有同一个物种的8个个体的基因组需要注释,请问怎样才能简化流程,快速注释呢?后面的PASA_assembly得到的结果是gff3文件,包括训练集都是gff3文件,与8个基因组的坐标并不一样,请问是否有方法解决这个问题?

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这个有些步骤可以简化的,比如 重复序列,有了repeat库,直接用这个库repeatmask注释就行; 

基因注释可以用注释好的基因作为参考,

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CaiMJ - 科研人员

求基因组注释流程。我用genome-annotation注释的时候,用funannotate mask报错,显示缺失“tantan“依赖项

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  • 橙子 提出于 2023-09-20 17:25

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