....p1，而非allmRNAID.txt中转录本序列的后缀.t1. 请教老师，这个时候，我该如何使它们的ID一致呢？将pep.all.fa中的“p1”全部替换成“t1”吗？ 该物种的gff3.文件里，gene的ID没有后缀，mRNA和exon的后缀都是t1，而CDS的后缀是p1.如图1. ...
某一个蛋白同时具有结构域A，结构域B，这个蛋白具有重要的生理功能，那么能用hmmsearch搜索同时兼具这两个结构域的所有蛋白质吗，我尝试了用hmmsearch分别搜索具有结构域A的蛋白质和具有结构域B的蛋白质，然后对得到的文件...
我想用LAI 评估基因组组装质量，软件下好了已经，但是不会用，想知道需要分几步做，每步都需要什么类型的文件格式以及命令是什么，可不可以写一个流程脚本，或者有推荐的文章么？谢谢各位大佬，万分感谢！
老师，请问RNA转录组分析的课程中，用于分析的初始人类normal/tumor/.fasta数据是来源于哪篇文献呀，可以提供下文献名吗？
错误提示信息如下： Error: TC bit thresholds unavailable on model domain 可以用e值代替吗
...oups -v /home/us132/pangene:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v1.0这个镜像，有什么区别吗，我都用第一个有问题吗
...不太理解unknown的部分是什么呢？并且map结果统计文件中可以看见每条染色体的深度和覆盖度，但是除了物种本身的十几条染色体外，最后出现了5.8S核糖体RNA和U1剪切RNA（pseado），这是为啥呢？是因为测序建库的DNA中有RNA污染吗...
老师 共线性分析没结果！可是用拟南芥的就可以 是不是我文件的问题啊？我检查了也没检查出来问题。麻烦帮我看一下 谢谢！
...很多文件，有共同的ID列 需要根据ID列快速合并文件； 可以用下面R代码实现： library(plyr)filenames=list.files(".",pattern = "*_counts.tsv")datalist = lapply(filenames, function(x){ read.table(file=x,header=T,sep = "\t",check.names = F)})dd=join_all(datalist,by="id",...
在vcf转phy时报这个是什么原因呀，vcf文件要以dash开头？
...录组筛选某基因家族，我看到您之前说只要有蛋白文件就可以用有参的方法来筛选。我有两个问题：1.无参转录组中有unigene的pfam注释文件，能不能直接搜索我要找的基因家族来确定？是否还需要用hmmer对unigene的pep文件进行筛选...
...别motif。 分析结果如下： 点击上面的more按钮，就可以得到该motif在自己提交分析基因上的序列信息： 视频课程：https://study.omicsclass.com/index
...代谢通路差异比较可视化时，如果是三组之间比较分析，这个代码应该怎么修改，谢谢老师！Rscript $scriptdir/ggpicrust2.r --daa_method $m \ --pathway_table q2-picrust2_output/pathway_abundance.qza \ -m $metadata -o q2-ggpicrust2_output \ --top ...
...-------------- 原因是由于缺少libudunits2.so库导致，安装下就可以。 由于是CentOS系统，所以安装命令如下：yum install udunits2-devel 检查udunits2库路径是否正确设置。您可以在终端中执行以下命令，查找libudunits2.so的路径： find / -nam...
NCBI自带的Batch Entrez工具可以根据基因/蛋白id在数据库中批量检索和下载基因/蛋白序列，首先进入网站： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez 准备一个包含全部基因/蛋白编号的文本文件(ID.txt),格式如下: 点击选择文件，选择ID.t...