共线性分析之前提取的蛋白质序列为空。如何解决?

要通过allmRNAID.txt文件,从蛋白质序列文件中获取对应蛋白序列,使用命令perl ../script/get_fa_by_id.pl allmRNAID.txt ../Phaeodactylum_tricornutum.ASM15095v2.pep.all.fa pep.fa。结果所得文件内容为空。查看pep.all.fa文件,里面的蛋白质序列后缀是.p1,而非allmRNAID.txt中转录本序列的后缀.t1.

请教老师,这个时候,我该如何使它们的ID一致呢?将pep.all.fa中的“p1”全部替换成“t1”吗?


该物种的gff3.文件里,gene的ID没有后缀,mRNA和exon的后缀都是t1,而CDS的后缀是p1.如图1.

attachments-2020-05-0ChwzOko5eb8091b64003.png图1:gff3的数据


该物种的.pep.all-.fa文件里,蛋白序列ID的后缀是p1.如图2.

attachments-2020-05-U4b6ZECU5eb809434be44.png

图2 pep.all.fa的数据

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1 个回答

星野

我将序列ID的后缀t1或者p1全部都去掉,使基因ID,转录本ID和蛋白质序列ID都一致,且没有后缀,然后就可以了。

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  • 星野 提出于 2020-05-10 22:03

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