文章 cBioPortal数据库使用教程

...更多的癌症基因组数据。这使得这些数据的整合，探索和分析越来越具有挑战性，尤其是对于没有计算机背景知识的科学家来说。cBioPortal是专门设计来降低对这些复杂数据的接近门槛，因此，促进基因组数据向新的生物学视野...

问题 LD结果原始数据如何看

老师您好，我在进行LD分析时使用了以下命令： LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region Chr1:36000000-37000000 -OutPng -SeleVar 2 -InGWAS ld.pvalue.txt 分析后得到两个LD分析的原始数据文件：LD.p.TriangleV和LD.p.site（截图如下）。 想请教...

文章 下载TCGA临床信息中的用药信息

...ory = DataDirectory) # 将数据保存到文件，方便后面的进一步分析 clinical_file <- paste0(DataDirectory, "_","clinical",".txt") write.csv(clinical, file = clinical_file, row.names = F, quote = F) 其中的关键就是设置： file_type = "xml" clinical.info = "drug" 如...

问题 各位老师好，在做mcscanx共线性分析的时候，提取pep.fa的时候，pep.fa应该是输出文件，结果报错Could not read file 'pep.fa': No such file or directory

脚本内容如下 报错信息如下 如果创建了pep.fa的空白文件的话程序可以正常运行，但是文件没有输出结果。 希望各位老师能够答疑，小弟感激不尽！

问题 GWAS分析中提示Error in hclust(d, method = method) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11) Calls: pheatmap -> cluster_mat -> hclust Execution halted

Error in hclust(d, method = method) :   NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11) Calls: pheatmap -> cluster_mat -> hclust Execution halted

问题 mapman导入自己的转录组数据，从网站上下载了数据分析时用的参考物种的mapping数据，但使用时显示data does not fit mapping used(no data points mapped)! 请问该怎么解决？谢谢

问题 基因家族候选基因结构域鉴定 老师你好！做bhlh基因家族分析，对候选基因进行结构域鉴定是，同一个基因出现了一下情况，我要踢出该基因么？ ps:pfam和文献中用的是HLH结构域来鉴定的

问题 老师，你好，我现在有一株细菌的多条Scaffold序列，以及它的变异株的质谱获得的离子井蛋白序列，有什么办法能把它们结合起来做生信分析，为我后面从变异株里面找抑菌蛋白提供基础

问题 老师，您好，我在用你TCGA课程的cox函数做生存分析，每次通过barcode 提取病人的编号,rowname 转换成病人编号,取barcode 前12位，datExpr里面的barcode 编号分隔符变成“.”，然后合并数据后clin变成了0

问题 您好！我分析的基因家族因为没有PFAM号，我用blast比对了。也上传到了NCBI 进行了Batch CD-Search 得到了hitdata.txt,但是我下一步该怎么做啊？如果去构建HMM模型啊？

问题 老师，我在做不同物种共线性分析的时候，配置文件的过程中出现如下错误，刚开始是按照视频教学的复制文件过来用，后来报了这个错，就从头配置白菜基因组文件，但是还是报一样的错，想问问怎么解决？

文章 stacks RAD 分析方法

The sequence reads were processed by Stacks version 2.6[1].We used the process_radtags function to clean the tags, discarding reads of low quality (-q), removing reads with uncalled bases (-c) and rescuing barcodes and radtags (-r). SNP calling for each individual was done using the program denov...

文章 ssGSEA.r 单样本基因集富集分析

...sGSEA.r [-h] -i expset -g geneset [-o outdir] [-p prefix]ssGSEA免疫侵润分析optional arguments:  -h, --help            show this help message and exit  -i expset, --expset expset                        input gene expression set matrix from RNA-seq data csv            ...

问题 如果geo下载的矩阵是标准化的但没有去log，那我利用这个矩阵用Excel计算出log值以后再用lima包进行差异分析吗？还是说需要重新下载原始数据用r进行标准化处理呢？

问题 做转录组分析建立索引时，出现如图的问题，看资料是mRNA和cDNA名称一样，问老师，老师发了一个连接，里面有一个 AWK命令，老师建议修改一下，自己按照理解，修改了一下，但一直未达到目标，想问一下老师，怎么修改！