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文章 密钥生成教程

...验证用户。 2. SSH的好处 （1）传统的FTP、Telnet是再网络中明文传送数据、用户帐号和密码，很容易受到中间人攻击。而通过使用SSH，你可以把所有传输的数据进行加密，这样“中间人”这种攻击方式就不可能实现了， 而且也能...

文章 淡黄的长裙，蓬松的头发？拿什么拯救你，我的项目

...NE](https://www.cornerstone365.cn/)可以帮助你在立项前，通过WIKI中【思维导图】模块把头脑中的思维进行可视化的梳理。 在项目成立时，想清楚这个项目到底要做什么。想清楚目标用户特征和核心需求，需要哪些技术支持和驱动，需...

问题 多个fastaq.gz文件里批量了解reads个数

...gz  和 find ????.cb_R1.fastq.gz这三个命令得出了双端测序结果中所有的R1.fastq.gz文件，于是想用 $ zcat ???.cb_R1.fastq.gz | grep -c '^+'   > AAA.txt把reads整合在一起，把三次   R1.fastq.gz 做三次得到AAA.txt  AAAA.txt AAAAA.txt（虽然觉得方法有点...

问题 reads 与基因组进行比对map

...1107723_1.clean.fq.gz -S SRR1107723_1.sam 2>SRR1107723_1.summary 结果中只有SRR1107723_1.summary，打开SRR1107723_1.summary，内容最后两行为：Error: Must specify at least one read input with -U/-1/-2/--sra-acc (ERR): hisat2-align exited with value 1 附件：SRR1107723_1.summary ...

问题 在用gemma进行亲缘关系矩阵计算时，已经給fam文件添加表型但还是报错

...Phen 【由于分析的个体数等于0，强制失败。在ProcessCvtPhen中第2075行的src/param.cpp中】

文章 从MEGA进化树分析结果nwk文件提取基因ID

之前多次遇到需要从nwk文件中提取基因ID的情况，为此写了一脚本，可以实现此操作。 用法： perl nwk_geneid.pl  -i in.nwk  -o out.txt in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。 脚本代码； use Getopt::Long;use strict;my %opts;GetOp...

文章 华西博士3年发46篇SCI论文，论文高产的秘诀你知道吗？

...本硕博连读， 自2016年至今，累计发表SCI论文46篇， 其中第一作者41篇，共同第一作者5篇， 累计影响因子大于120分!! 这真是， 甩我等渣渣18条大街啊! 此处科普一下：以平均水平而言，1篇SCI大概相当于1名普通研究生一到两...

问题 老师我这次{ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt都只有一个了，list文件正常，前一步生成的{ind}.FAE1gene.pep.fa也正常，这该怎么办

...{ind}.FAE1_hmmerOut.cut_e_len.txt > ${ind}.FAE1_hmmerOut.final.txt这是用的代码，之前生成的文件都正常，今天想手动生成{ind}.domain_final.bed也不行了，这个问题还可以怎么解决么，卡在这里半个月了

文章 转录组中Count, TPM,FPKM如何计算

转录组数据分析中，进行基因表达定量获得的read count 数，是如何计算成TPM和FPKM的呢？参考《What the FPKM? A review of RNA-Seq expression units》这篇博客， 1. TPM 公式如下： 2. FPKM 公式如下： 3. TPM与FPKM的关系 对应的R 代码如下...

文章 shell脚本报错——value too great for base

...的计算时，0开头的数字被默认为八进制数字，而8进制数中合法的最大的数字是“7”，所以当出现08 和09时会被认为超过了八进制数字的范围，解决办法是通过添加“10#”让shell将"08"和“09”当做十进制数字来解读。 将脚本改成...

文章 蛋白结构预测

...于那些传统模板匹配方法无法预测的蛋白质。在多次评估中，I-TASSER被证明是最准确的自由建模方法之一。 Zhang, Y. I-TASSER server for protein 3D structure prediction. BMC Bioinformatics 9, 40 (2008). https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-40

问题 我在用snpeff进行snp注释的时候，发现出现如下错误java.lang.RuntimeException: Error reading file '/home

我在用snpeff进行snp注释的时候，已经将snpeff.log文件中data.dir的值由"./data"改为"."，在最后一行添加自己基因组的信息：ath.chr1.genome=。。出现不能读取或者不能genes文件的错误，不能够建库生成snpEffectPredictor.bin文件，请问是除了什...

问题 pymol怎么保存结果照片为PDF格式？这里面只有PNG，也没有dpi的修改。然后保存的时候怎么去掉未注册等的字样

怎么保存PDF格式的文件，怎么去掉照片中最上面的那一小行字？

问题 老师，我在提环基因序列cds以及pep时出现了插件报错的情况，检查过文件了，都有的。想问问是什么问题？而且您看我的那些中间文件，总是会出现某个txt文件内容为空的情况，只要不用拟南芥的，就会这样

老师，我重新弄了新文件夹，从头来了一遍，可以替换了，但是做hmm的时候，显示我的文件不存在是，然后我回去检查，用ee查看了文件就显示出这个了

文章 aspera上传数据的时候老是链接中断，一晚上的时间白白浪费了，怎么办？

前面我们介绍了如和用命令行的方法上传高通量测序数据到NCBI的方法，见：https://www.omicsclass.com/article/398 但是，aspera命令行由于连接的原因老是中断，本想着利用晚上的时间上传数据，明天一早就能完成，但是第二天起来发现...