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文章 热门方向：AnnexinV/PI联合检测细胞凋亡

...，常用的方法包括细胞的形态学观察，磷脂酰丝氨酸外翻分析，检测线粒体膜势能，检测片段化的DNA所采用的Tunel法，Caspase活性检测，凋亡相关蛋白的检测等。 　　今天，我们讨论的方法是——磷脂酰丝氨酸外翻分析，也就是...

问题 泛基因家族分析数据准备

老师您好，我下载的泛基因组数据都是gff文件，而我看直播课都是gff3文件，请问我是不是将ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./中的gff3改成gff即可啊。包括agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3.gz -o ./${ind}.longest_isoform.gff3  改为 agat_sp_keep_l...

问题 TCGA生存分析cut off值疑问

TCGA COX教程里的cut off值是2500， 请问老师 1、这个值是怎么计算出来的？ 2、文献里一般都用risk score中位值作为cut off进行高低风险分组，然后再通过ROC曲线确定最佳cut off再进行高低风险分组。教程里的这个cut off是否恰当？为...

问题 wgcna 模块分析完，在 负相关模块中选择的关键基因，在肿瘤组织中表达反而更高？我该如何理解？谢谢~

wgcna 模块分析完，在 负相关模块中选择的关键基因，在肿瘤组织中表达反而更高？我该如何理解？

问题 问一下老师 做基因家族分析 用新生成的hmm文件做hmmsearch 报 TC bit thresholds unavailable的错

问一下老师 做基因家族分析 用新生成的hmm文件做hmmsearch 报 TC bit thresholds unavailable的错

问题 单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后报错

老师，您好！单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后（Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 ）报错，想请...

问题 单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后报错

老师，您好！单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因，执行代码后（Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 ）报错，想请...

问题 做WGCNA分析，性状数据可以同时有数量数据和分类数据吗？

trait文件的准备，比如可以使用0、1的分类数据来分类发育时期，同时使用关注单个基因的表达量来作为数量数据吗？ 两种数据类型是否可以出现在同一trait文件中？

问题 安捷伦Agilent双通道文件，如何做差异分析？是否直接用红荧光的数据就可以跟单通道文件一样处理吗

...况，即负值代表下调，正值代表上调。而似乎做差异表达分析的数据不该出现负值。因此，通过对raw文件的处理，得到了红绿荧光的表达量，那么是否可以直接用红荧光的数据来做差异表达及其他分析呢？还是用M值做呢

问题 在做GWAS关联分析，利用gapit软件报错

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :    cannot open the connection Calls: source -> file In addition: Warning message: In file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open file '/biosoft/GAPIT3.0/gapit_functions.txt': No such file or directory Execution halted

文章 转录组差异基因为什么要进行聚类分析？

       聚类分析用于判断差异基因在不同实验条件下的表达模式，将表达模式相同或相近的基因聚集成类，进而识别未知基因的功能或已知基因的未知功能，这些同类基因可能具有相似的功能，共同参与同一代谢过程或存在...

文章 RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因

...部RNA,利用Illumina HiSeq2000测序。 4、差异基因和转录表达分析、主成分分析、加权基因共表达网络分析。 研究结果： 1.形态分析   使用显微镜观察S1时期两种大豆的胚，并观察其他时期种子大小，V1的种子明显比V2大很多。 ...

文章 RNA测序阐释大豆产量调控网络和关键基因

...部RNA,利用Illumina HiSeq2000测序。 4、差异基因和转录表达分析、主成分分析、加权基因共表达网络分析。 研究结果： 1.形态分析   使用显微镜观察S1时期两种大豆的胚，并观察其他时期种子大小，V1的种子明显比V2大很多。 ...

问题 请问我在运行基因上游顺势作用元件分析时出现以下问题，如何解决？

运行到提取上游序列的时候出现这样的情况我的位置信息是这样的： 基因组格式是这样的：

问题 conet构建网络

请问我的数据是一个实验设计有5个处理，每个处理做了3个重复样测序，想做一下每个处理的单独的otu网络，只有3个重复，800多个otu,在用conet构建网络，在过滤那步跑了几天也没跑完，是不是样品量太少的时候不能用conet啊？