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问题 转录组上游分析之定量比对Hisat2出现内部异常错误

...目录,也是行,还是同样bug难道是索引问题?还是Hisat2版本识别了的问题?请大家帮忙看一下,是哪里出错了,谢谢大家!

问题 /biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX mcscan/AT

请问一下MCScanX从网盘上下下来,应该放在什么位置了?上面的绝对路径/biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX mcscan/AT中在哪里建立biosoft文件?我是从网站下的ova包,所以知道老师的biosoft文件应该怎么建立?谢谢

文章 BMC genomics|26个玉米基因组中萜烯合酶的多重变异模式

...组的解析具有一定的局限性。2021年,Hufford等人在Science 在线发表题为“26 个同玉米基因组的从头组装、注释和比较分析”的研究论文,该研究对 26 个玉米自交系的基因组进行了从头组装。基于已经发布的26个玉米自交系泛基...

文章 提取R中字符向量中的所有最大长度值,提取向量最大值

...构+motif—1张图全显示| 基因组间共线性图 | 多方法、多版本的微生物网络图绘制课程 | 热图竟然还能用Excel来画 | Cytoscape-网络图绘图技巧 | 怎么做一张好看的分类学树状图 |

文章 TCGA数据处理流程中各种组织机构介绍

...据挖掘生物信息文章(宫颈癌)GEO数据挖掘直肠KM-plotter在线做生存分析GEO数据如何挖掘?案例解析!免费领取生信课程(适合小白自学生信)《Linux生信分析环境搭建Bio-linux》细述ceRNA网络研究思路TCGA数据挖掘文章-分析ceRNA的“...

问题 老师好,想问下将蛋白质序列提交的MEME在线软件后,几天后为什么没有结果啊?显示工作已完成,却没有结果,谢谢

文章 meme分析motif结果中,自己序列上的motif序列信息查看

...meme-suite.org/  MEME Suite是集合众多预测和注释motif工具的在线网站,其中MEME算法是基于最大期望值(EM)算法来识别motif。 分析结果如下: 点击上面的more按钮,就可以得到该motif在自己提交分析基因上的序列信息: 视...

问题 如果研究的基因家族没有已知的结构域domain怎么办?

我看文献里做基因家族分析都是从pfam数据库里下结构域的hmm文件,然后在自己物种的基因组里进行基因家族的鉴定,但是我想研究的基因家族CDPK在pfam数据库里没有现成的结构域,怎么办?还能分析吗?

文章 OTU互作网络分析用MENA

...要给大家推荐一个网站:MENA,一个可以利用OTU数据进行在线分子生态网络分析的网站。 准备数据 网络分析的输入数据为OTU丰度矩阵,每一行对应一个OTU,每一列对应OTU在同样品中的丰度,具体格式如下图 网站登陆注册 网...

文章 叶绿体或线粒体基因组重复序列分类及鉴定

...胞器基因组重复序列鉴定 简单重复序列鉴定可以使用在线MISA分析,教程: https://www.omicsclass.com/article/1977 串联重复序列鉴定可以使用TRF网站,详见教程:   https://www.omicsclass.com/article/2363 REPuter网站可检测散在重复序列,...

文章 组学大讲堂-8月直播课程安排!总有一个适合你!

...程名称直播时间Fasta序列处理-Docker虚拟机应用8月7日15:00在线绘制维恩图与热图8月11日15:00Mutmap数据分析实操8月14日15:00进化树构建与美化8月18日15:00SRA数据库测序数据下8月21日15:00文章经典图片之R语言再现8月25日15:00QTL-seq数据...

文章 Perl数组排序--sort()函数

... } @words; 这里为了比较,我们调用lc函数返回参数的小写版本。然后cmp比较这些小写版本并决定原始字符串谁先谁后。 结果是 $VAR1 = [ 'bar', 'foo', 'moo', 'Zorg' ]; Perl对数值排序 如果对数值数组使用so...

文章 plink 软件core dumped报错

在使用plink1.9版本时遇到core dumped报错,运行命令如下: /share/work/biosoft/plink/plink_v1.9/plink --vcf  /share/nas1/wangq/project/pop_test/pop_cucu_demo/work/ann/1.qc_filter/filtered_snp.vcf.gz --make-bed --extract ld.prune.in --out LDfiltered --recode vcf-iid  --keep-allele-o...

文章 领取180篇2018年最新基因家族分析类文献(文末领取)

...家族的分析技能,同时该课程还专门设置了技术交流QQ群在线即时解答学习分析中出现的问题。想学习课程的点击此链接:基因家族分析实操课程 180篇2018年最新基因家族分析类文献领取方法: 小编为大家查阅了2018年最新的...

文章 快速了解转录调控家族的新贵-circRNAs

...组上比对并寻找唯一匹配位点,如果两个锚点的比对位置在线性上方向呈反向,那么就延长锚点的reads,直至找到环状RNA的接合位置(junction),若此时两侧的序列分别为GT/AG剪接信号,则判断为潜在的环状RNA。 CIRI预测 这款...