5 如果研究的基因家族没有已知的结构域domain怎么办?

我看文献里做基因家族分析都是从pfam数据库里下载结构域的hmm文件,然后在自己物种的基因组里进行基因家族的鉴定,但是我想研究的基因家族CDPK在pfam数据库里没有现成的结构域,怎么办?还能分析吗?

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1 个回答

omics007

这种情况不罕见,也是可以分析的,可以先通过文献或者NCBI等数据库下载其他物种的CDPK基因序列,利用这些已知序列信息,生成该基因家族的结构域,然后利用该结构域在你自己研究物种的蛋白序列里进行鉴定,当然后面还得通过CDD等软件对鉴定出来的序列进行检验核对。

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