找到约 15 条结果

文章 NCBI下载的10X 空间转录组数据如何读入cellranger or spaceranger

...方式，蓝色和红色部分； spaceranger命名规则 [Sample Name]_S1_L00[Lane Number]_[Read Type]_001.fastq.gz # 其中Read Type# I1: Sample index read (optional)# R1: Read 1# R2: Read 2 NCBI下载的数据，为双端reads，不符合spaceranger mkfastq出来的命名规则，后续spac...

文章 根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件

如果某fq_clean文件的其中一端出现了错误，我们手里还持有他的原始数据，那我们就可以用以下方法处理1，首先提取clean文件另一端的id，我用了python脚本 import gzipimport argparsedef extract_gene_names(input_fastq_gz, output_file):    with gzip.op...

问题 gset = getGEO(GEO='GSE12417', destdir=".",getGPL = F) 下载不了这个GEO文件，应该如何处理？

...# library(dplyr   )  library(tidyverse) ##设置路径 setwd("D:/R_HG_sx/exercise")#设置路径 ###获取表达矩阵### ?getGEO #下载数据#getGPL = F表示不下载注释文件。可能网络不太好，自己去平台下载。(这一串代码的run之后，文件下载失败了...

问题 16S Picrust2

...───────────────────── tidyverse_conflicts() ── ✖ dplyr::filter() masks stats::filter() ✖ dplyr::lag()    masks stats::lag() ℹ Use the conflicted package (<http://conflicted.r-lib.org/>) to force all conflicts to become errors Warning m...

问题 使用Launch_PASA_pipeline.pl 脚本报错

使用Launch_PASA_pipeline.pl 脚本报错 报错信息： (base) admin1@admin1-PowerEdge-R730xd:/mnt/6aa0485e-9dc6-4840-b61a-0798134475bf/jiegou$  /usr/local/src/PASApipeline/Launch_PASA_pipeline.pl  -c alignAssembly.config -C -R -t Trinity-GG.fasta --ALIGNERS minimap2 -g ./genome.fasta --CPU 6...

问题 借助转录组辅助基因组注释

我在运行Launch_PASA_pipeline.pl -f FL_accs.txt -c alignAssembly.config -C -r -R -g genome.softmasked.fa -T -t all_transcripts.fasta.clean -u all_transcripts.fasta --CPU $threads --ALIGNERS blat,minimap2 --TRANSDECODER --TDN tdn.accs --MAX_INTRON_LENGTH 1000000 这步时报错， minimap2 ...

文章 docker容器下mysql数据库还原与备份

...制代码#!/bin/bash# zhengwei 2020-11-15#docker启动的mysql备份mysql_user="root"#数据库密码，注意自行修改mysql_password="JZTeya0!"mysql_host="192.168.1.43"mysql_port="3306"mysql_charset="utf8mb4"#备份文件存放的目录，自己创建位置mkdir -p /home/backup/mysql/backup_loca...

文章 python 读取kegg绘图配置文件中的kgml文件内容

...t codecsimport uuidfrom PIL import ImageBin=os.path.split(os.path.realpath(__file__))[0]     ########################################################################## dom = xml.dom.minidom.parse(sys.argv[1])root = dom.documentElementff=open(sys.argv[2],"w")if root.nodeName=='pathway':    for i...

问题 基因组注释 genome.chain 文件生成问题

...像生成 genome.chain 文件时，出现 KeyError: 'ptg000026l:::fragment_1' 的错误，老师该如何解决？ 下面是我 genome.agp 文件中出现 fragment 的内容： Chr15   29259691        30651746        15      W       ptg000397l      1       1392056    + ...

文章 OTUtable标准化方法

1.抽平方法： single_rarefaction.py -i pick_de_novo_otus/otu_table_clean.biom -o pick_de_novo_otus/otu_table_clean_rare.biom -d 2032 2.css方法或者deseq2方法 normalize_table.py -i otu_table_clean.biom -a CSS -o otu_table_clean_css.biomnormalize_table.py -i otu_table_clean.biom -a DESeq...

文章 TCGA数据单因素cox生存分析

...分析。 # 表达信息和生存数据整合到 exprSet, 如下： bcr_patient_barcode time status LINC01587 XXbac_B461K10.4 1 TCGA-2W-A8YY 148 0 3.981761 23.89057 2 TCGA-4J-AA1J 226 0 37.491171 19.63823 3 TCGA-BI-A0VR 1505 0 10.891560 ...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-头颈癌（HNSCC）(GSE181919)

...ormat=file&file=GSE181919%5FBarcode%5Fmetadata%2Etxt%2Egz" -O GSE181919_Barcode_metadata.txt.gz wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE181919&format=file&file=GSE181919%5FUMI%5Fcounts%2Etxt%2Egz" -O GSE181919_UMI_counts.txt.gz #metadata中的barcode ID和表达矩阵...

问题 GEO下载报错

... GSEMatrix =TRUE, AnnotGPL=TRUE,destdir=workdir) Found 1 file(s) GSE58919_series_matrix.txt.gz Using locally cached version: E:/MSC,ossu-9.1/GSE58919_series_matrix.txt.gz Parsed with column specification: cols(   .default = col_double(),   ID_REF = col_integer() ) See spec(...) for full c...

文章 染色体挂载：LACHESIS 安装

export LACHESIS_BOOST_DIR= export LACHESIS_SAMTOOLS_DIR=/share/work/biosoft/samtools/samtools-0.1.19/ ./configure --prefix=/share/work/biosoft/LACHESIS/ --with-samtools=/share/work/biosoft/samtools/samtools-0.1.19/  --with-boost=/share/work/biosoft/boost/boost.1.57 #报错： SAMStepper...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-CRC直肠癌(GSE178341)

...SE178341/suppl/GSE178341%5Fcrc10x%5Ffull%5Fc295v4%5Fsubmit.h5" -O GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit.h5 wget -c "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE178nnn/GSE178341/suppl/GSE178341%5Fcrc10x%5Ffull%5Fc295v4%5Fsubmit%5Fcluster.csv.gz" -O GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit_cluster.csv.gz wg...