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文章 GSEA法基因功能富集分析原理详解！

...。GSEA是一种基于基因集的富集分析方法，在对基因表达数据分析时，首先确定分析的目的，即选择MSigDB中的一个或多个功能基因集进行分析，然后基于基因表达数据与表型的关联度（也可以理解为表达量的变化）的大小进行排...

文章 RIP实验技术

...否与靶蛋白有结合；或者将分离出来的RNA做高通量测序，筛选到可能与靶蛋白结合的RNA。  RIP技术应用-辉骏生物 目的蛋白的互作RNA筛选。  参考文献 1.RIP: RNA Immunoprecipitation. Methods MolBiol 1480:73-86 (2016). 2.Mitochondrial iron chela...

文章 人工智能（AI）在微生物组中的应用-随机森林分类与回归预测

...热门领域——微生物组研究。那么利用 AI 分析微生物组数据都做出了什么新结果呢？ 1.微生物组或可预测人的实际年龄（南昌大学徐振江） mSystems——[IF:6.519]   Human Skin, Oral, and Gut Microbiomes Predict Chronological Age 02-12, doi: 10.1128...

文章 瞬时转染与稳定转染：差异与特点

...定转染的质粒一定要带有特定的抗性以便于后续的克隆株筛选。另外，两者所用的培养基及实验试剂也有所区别。 2. 瞬时转染的操作比构建稳定细胞系的操作简单，构建好质粒后，经过细胞复苏、转染、细胞培养、蛋白纯化等...

文章 BIOM 微生物数据格式及文件转换

...语言广泛支持的格式，类似于散列的键值对结果。会根据数据松散程度，选择不同的存储结构来节省空间。 2.0 HDF5是二进制格式，被许多程序语言支持，读取更高效和节约空间。如何节约存储：如果用表格记录，丰度为0会多次...

文章 Python 操作 读取 写出 Excel 文件 提高工作效率

常用工具 数据处理是 Python 的一大应用场景，而 Excel 又是当前最流行的数据处理软件。因此用 Python 进行数据处理时，很容易会和 Excel 打起交道。得益于前人的辛勤劳作，Python 处理 Excel 已有很多现成的轮子，比如 xlrd & xlwt ...

文章 什么是GSEA?

...表中的分布趋势，从而判断其对表型的影响作用。其输入数据包含两部分，一是已知功能的基因集 (可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因集定义)，一是表达矩阵，软件会对基因根据其于表型的关联度(可以理解为表达...

文章 16S扩增子测序后的PICRUSt预测功能分析原理

...基因组细菌或古细菌中每个基因家族的基因数量（通过IMG数据库获得）；和通过物种所构建的进化树（通过greengene数据库获得）。　　通过这两个数据，软件就可以建立一个已知物种基因信息的进化树。　　2　　实现物种输入...

文章 外源插入位置查找好方法

...且准确。下面我们介绍分析的具体方法： 首先，将下机数据进行过滤得到Clean Data； 然后，把reads比对到“被插入物种和插入序列组合在一起的参考基因组”上得到Mapped Data； 接着在比对上的reads中筛选“一半比对到被插入基...

文章 R中数据框之间的合并dplyr

1、转换与合并left_join(a, b, by = “x1”)： 向数据集a中加入匹配的数据集b记录（行）。right_join(a, b, by = “x1”)： 向数据集b中加入匹配的数据集a记录。inner_join(a, b, by = “x1”)： 合并数据。仅保留匹配的记录。full_join(a, b, by = “x1...

文章 环境因子分析

...quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE))) #   } # } ``` ## 2.读入数据并做处理 ```{r } #设置工作目录 #setwd("D:\\网络培训\\微生物扩增子分析实操\\ENV环境因子分析") #读取数据 env=read.table("data/env.txt",header=T,sep="\t",row.names = 1,comment.char ...

文章 杂交瘤技术制备单克隆抗体：详细流程与常见问题解析

...细胞与骨髓瘤细胞融合，产生永生化杂交瘤细胞系，然后筛选其上清液中的抗原特异性克隆，并进一步循环亚克隆以产生严格的单克隆抗体。   利用杂交瘤技术制备单克隆抗体通常操作流程为：抗原制备、抗原免疫动物、杂交...

文章 MEME使用参数说明

...构域的工具。比如说当你拿到了许多CHIP-chip或者CHIP-seq的数据，当分析出峰所处的位置之后可以得到一些这些峰所代表的序列，这就是蛋白质与DNA相到作用所保护下来的片段。所以使用MEME搜索其中非常相似的序列片段就可能是有...

文章 三代转录组，当前你不可忽视的研究手段

...如下图： 建库片段长度：0.5-10K 测序平台：Pacbio RSII 数据产出：共产出2,618,905raw reads，滤除300以下reads，除去线粒体、叶绿体及核糖体RNA后最终得到95995条高质量Isoforms ，对这些Isoforms 在4个数据库中进行了功能注释。 与之...

问题 mutmap方法为什么必须要有回交过程？

...粒性状、花色性状等）突变体。后续对茎色进行突变表型筛选，在M7代1000个品系中，筛选获得30个茎色为紫色的突变体，难道不可以不经过回交，直接将这30个品系分别提取DNA，然后再等量混合进行二代全基因组重测序，从而扣 s...