文章 项目管理软件的应用现状与发展趋势

企业信息化是企业高效运行的基础。如何达到高效的目的跟管理软件的选型分不开。管理软件以企业管理需求为基础，以IT技术为支撑，为企业提供数据信息的综合管理办法。随着项目管理思想逐步被接受，市面上涌现出越来越...

问题 老师，您好，我在将windows中的共享文件夹，挂载到linux系统的共享文件夹目录的时候，显示错误信息/sbin/mount.vboxsf:mounting failed with the error:No such device。麻烦问一下，应该怎么解决，谢谢啦！

问题 HGMD数据库

...率也不高，所以就要求尽可能的掌握每个突变位点的详细信息如additional phenotype和functional evidence，我手里目前有近20个位点，①很多普通版HGMD中未收录的位点不知道是不是已经被专业版收录；②已报道的位点需要详细信息的支撑...

文章 空间转录组数据预处理

...转录组，顾名思义，是在转录组的基础上加上了空间位置信息。如果不借助空间的技术,我们的转录组一般是粉碎组织到细胞层级或者更低的rna碎片层级,而进行sc RNA或者Bulk RNA分析,但是我们知道，组织中细胞的分布是有位置结构...

文章 转录因子研究方法！

...究转录因子 一个课题最开始往往是研究某个基因的序列信息以及基因所行驶的功能作用，这些是属于基因的下游研究。但在下游研究累积到一定经验之后，老师往往开始着手于研究基因的上游调控机理，即不单关注基因A如何影...

问题 请问大家，我现在用linux虚拟机4G进行rna-seq是不是内存不太够要求呢？我现在学习到了hisat2比对的环节，但是log文件显示这样的信息，sam文件是0字节，有点摸不着头脑。

问题 gVCF文件转换成VCF格式时，已经在后台运行了很久了，突然程序关闭了，报错信息显示：

16:11:06.922 INFO  GenotypeGVCFs - Shutting down engine [2023年12月4日 下午04时11分06秒] org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.GenotypeGVCFs done. Elapsed time: 2,326.36 minutes. Runtime.totalMemory()=19664470016 java.lang.IllegalStateException: No likelihood sum exceeded zero -- m...

文章 STRING蛋白互作网络图绘制及子网络分析

...数据文件中起始节点名，结尾节点名相对应）和节点属性信息。 更多脚本参数设置及说明 通过-h参数获得以下帮助信息。 usage: network.r [-h] -e filepath -v filepath -f from -t to -w weight -g group [--isolated] [-l style] [--label.node]...

文章 关于Cytoscape利用蛋白质互作网络分析info文件绘制网络图过程中节点String_id转换成GeneID 或者Symbol问题

...中第一列是基因ID，有时会添加第二列Gene Symbol作为补充信息，其他为差异分析的结果文件。 2、基于差异表达文件中的Gene ID与String数据库对应数据比对，可以获得能够比对上的蛋白String_id。此时获得的变量deg_mapped中其实包括...

问题 请教：基因与mRNA的对应关系分析不正确

...的时候出现问题，请问怎么解决？   下面是gff文件的信息： rna文件信息如下，ID是以XM_开头。 protein文件信息如下，ID是以XP_开头。 对gff文件进行处理时，我用的两条命令是： #sed –i  's#gene-##' gff文件名 #sed –...

文章 0.1元学习《Docker在Linux系统中安装与使用》

...烦，对于初学linux的学员非常有用。 我们的《Docker生物信息工具安装与使用》课程讲解了在windows系统中docker的安装与使用。这有助于学员使用自己的笔记本电脑或者台式机分析一些小型的数据。但是高通量测序的下机数据往往...

文章 详细介绍如何利用iTOL在进化树中用颜色体现样品分组信息

...为固定格式，可不用修改，DATA后就是我们要添加的注释信息了。这里总共分5列信息，每列之间使用Tab制表符分隔（由第二行"SEPARATOR TAB"所设置）： 第一列：进化树中物种、样品或基因的名称； 第二列：设置修改类型为label； ...

文章 如何让开发变得敏捷起来？

...，每个迭代持续收集用户真实的需求以及上个迭代的反馈信息，持续的向客户或者市场交付可以完整运行的产品，持续的向客户交付价值。 价值又来自于什么? 应该来自真实的业务痛点以及客户实际的需求或者问题。不管是敏...

文章 PBS 命令

...者执行的内容，脚本！ (2) qstat 命令—用于查询作业状态信息         命令格式：qstat [-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u]         参数说明：                        -f jobid 列出指定作业的信息                        -...

文章 TCGA临床数据下载—TCGAbiolinks

...法是下面的第三种方法： 3.XML clinical data （推荐使用  信息最全） The process to get data directly from the XML are: 1. Use GDCquery and GDCDownload functions to search/download either biospecimen or clinical XML files 2. Use GDCprepare_clinic function to parse the XML ...