问题 老师，我测了三对黄仔和黑籽亲本的重测序，进行了snp变异位点的分析，接下来怎样分析能找到跟黄籽相关联的snp位点！！

文章 GSEA分析需要的文件及格式

在作芯片数据或者是转录组数据的GSEA分析时候，需要四个文件： 1、基因表达数据文件； 2、表型数据文件； 3、功能基因集文件； 4、芯片注释文件； 这四个文件只需要分析者提供前两个文件即可，因为GSEA网站已经给大家...

问题 老师你好，我在qiime2分析数据的过程中在进行第二步生成特征标和代表序列时输出的文件在可视化指令执行后，就提示该qza文件is not a QIIME 2 Artifact (.qza)，无法进行可视化分析，直接进行下一步物种分类时输入文件也存在相似问题，这几步在第一次分析时都没有问题，只是当时进行第三步分析时内存爆满，后重装c盘再次重新运行时出现了这些问题

问题 tassel做PCA分析时候的报错

根据网易云课程教程，tassel做PCA分析的时候出现error，是什么原因丫

问题 可以采用差异表达基因进行WGCNA分析吗？

很多SCI 论文中都是采用差异表达的基因进行WGCNA分析，这是否可靠呢？

问题 WGCNA分析剪切高度怎么来确定？

模块最小基因数和剪切高度是不是应该配合使用？力争得到合适的模块数目和模块里合适的基因数目？另外，若所划分的模块没有灰色模块，这样的分析合理么？

问题 基因组内基因家族共线性分析时

老师，我在进行基因组内基因家族共线性分析时，出现了以下报错，是什么原因呢

问题 请问不同疾病，不同的GSE号可以联合起来做WGCNA分析吗？可以的话是否要把两个矩阵合并？如何合并？你的多个矩阵是怎么一起做WGCNA分析的呢

问题 为什么做gwas分析的时候，经过性状数据分析的步骤后，输出的文件种表型只剩317个，都是我的数据应该是340个左右（只是一年的数据）

问题 关于多因素 cox分析后，gene signature的构建的问题

老师，朋友们，请教个问题，tcga生存分析中，cox多因素分析后，筛选出的显著基因，用predict 功能构建显著性基因组成的风险模型。 1、是根据这个模型对样本算出的值进行高低风险评价，生存分析，以及ROC的吗? 2、predict 预测...

问题 甲基化生存分析

老师，那我想问下，在我们甲基化生存分析里，不是有一步ROC优化吗，优化了划分高低风险的cutoff值，没有采用中位数，而是按照中位生存期算出来的，但要如何表达你这个cutoff值是如何筛选出来的，我只听懂你说根据最大化延...

问题 TCGA癌症-基因表达差异分析

老师您好，关于TCGA癌症-基因表达差异分析这门课程。老师提供的R语言的那些代码，我用windows电脑系统下载下来都是乱码，用R语言打开也是，能否提供一下word文档或者文本文档呢，非常感谢！

文章 群体遗传进化PCA分析

#方法1： ## plink分析PCA plink --vcf  $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz --pca 10 --out  plink_pca   \     --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:#    --vcf-half-call missing #绘图 pca_plink_plot.r -i plink_pca.eigenvec -f $GROUP -g group --name plink_pca #方...

问题 基因单倍型分析报错

我想对一个基因进行单倍型分析，但是我没有表型数据以及分组数据。用的课程服务器跑代码之后出现了报错，请问这种情况怎么处理？我需要修改R的代码吗？

文章 深入理解Linux shell中2>&1的含义 标准错误输出与输入

...， 2----->1 (2指向1，而1指向log,因此2也指向了log) `` 再来分析下 nohup java -jar app.jar 2>&1 >log & 本来1----->屏幕 （1指向屏幕） 执行2>&1后， 2----->1 (2指向1，而1指向屏幕,因此2也指向了屏幕) 执行>log后， 1-----&g...