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文章 Plant Communications | 浙大团队解析比克氏棉全基因组进化规律及其色素腺体和棉酚形成机制

...比克氏棉基因组与同G基因组的澳洲棉（Gossypium australe，G2）亲缘关系最近，其次是A基因组，与D基因组最远。此外还鉴定出多个G基因组和比克氏棉基因组特有的染色体结构变异，包括G基因组5号和13号染色体上特有的两个易位片...

文章 说好了不哭 | 周杰伦是最懂青春的人，CORNERSTONE只想成为最懂你的人

...的发展，以后面对的性能需求和场景也会越来越多。   2.性能测试，是一个业务或者产品规模，由小变大必然要面对的测试流程。尤其BATJ这些大厂，随便一个应用，用户量都是亿级别，一个小的性能问题都是致命的，影响数百...

文章 CRISPR技术将铜绿假单胞菌研究推向新篇章-源井生物

...断经典的高亲和力铁吸收系统ABC转运蛋白，两个突变体（2）PAO1ΔpvdA和（3）PAO1ΔpchF分别阻断了两个铁载体PVD和PCH的生物合成途径，（4）PAO1ΔfeoB突变体失去了高亲和力的内膜铁离子转运体，（5）PAO1Δtesf突变体取消了Tesf介导的铁...

文章 Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2)

1.9.1 Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2) For repeat masking, MAKER2 used the same repeat libraries (generated by RepeatModeler) as BRAKER2 (for details, see section 1.4.2 about repeat masking). It is important to note that even though MAKER2 and BRAKER2 used the same repeat libra...

文章 WGCNA筛选Biomarker

...背景 过敏性哮喘是一种具有多种分子机制的下呼吸道Th2炎症性疾病，而上下呼吸道疾病需要整体对待，因此，上呼吸道上皮细胞的基因表达相关研究对过敏性哮喘biomarker的筛选也有一定的价值。 数据来源 通过GEO数据库下载过...

文章 string数据库下载的文件

...某些物种中距离非常接近，那么它们被认为是相邻的。 2，gene_fusion: 这个特征表示两个基因是否在同一个蛋白质中融合在一起。这种融合通常由基因重排或基因突变引起，可能会对蛋白质功能和相互作用产生影响。 3，phylogeneti...

文章 空间转录组实操课程

...方法。 《空间转录组分析实操》课程目录 本课程共32个小节，具体目录如下： 课程特色 1. 课程内容丰富：囊括了实验原理和基于10x Genomics平台的空间转录组测序数据的标准分析和高级分析；2. 分析结果图表为发表级，...

文章 IF=13.80 | 岗巴羊胃肠道微生物群落动态变化及其在植物生物量降解中的功能分析

...，为高原反刍动物的消化机制研究提供重要数据支持。 02 — 研究结果 1. 数据获取和MAG分析 该研究在西藏自治区岗巴县（海拔4700米）的一处村庄农场开展，选用18只1岁龄、体重相近的岗巴公羊，随机分为三组：自然放牧（NG...

文章 plot单独画出pheatmap返回的聚类结果（聚类树）

...个cluser: > rect.hclust(list$tree_row,k=3) 得到如下结果： 2、而将hclust结果转换成另类树形图as.dendrogram()可以选择type画出其他形状的树形图： 这个树形图一共包含两个type，可以查询?as.dendrogram() 或者?plot.dendrogram得知 > plot(as....

文章 在线绘制差异基因kegg注释图

...red”，否则输出“green”，参数设置详见下图： 这样C2单元格就会显示为“red”，双击该单元格右下角，这样C列就都按上面的规则填充好了，如下图所示： 二、在作图网站填入数据： 打开网站：https://www.genome.jp/kegg/tool/map_...

问题 ALLHIC显示找不到sample.bwa_mem.bam

老师你好，在用ALLHIC1或者2的时候都报错，均有显示[E::idx_find_and_load] Could not retrieve index file for '/work/genome/assembly/output/docker/GM/30.ALLHiC2/sample.bwa_mem.bam'。但该地址下是有该文件的。 第二个问题是ALLHIC1时形成了sample.clean.counts_GATC.13...

文章 进化树中如何添加分组圆环

...comments and ignored during parsingSEPARATOR TABDATASET_LABEL color_strip2STRIP_WIDTH 25MARGIN 0BORDER_WIDTH 1BORDER_COLOR #000SHOW_INTERNAL 0DATA160232    #efff2213773    #efff2256636    #efff22111955    #efff222287    #efff2250339    #efff222303    #efff222234 ...

文章 LTR_HARVEST的并行软件LTR_HARVEST_parallel

...1.6.5.tar.gzcd genometools-1.6.5make -j4# make -j4 install prefix=~/gt 2. LTRharvest 使用 使用之前需要用suffixerator 进行库构建 genometools-1.6.5/bin/gt suffixerator -db 基因组 -indexname 前缀 -tis -suf -lcp -des -ssp -sds -dnagenometools-1.6.5/bin/gt ltrharvest -index 基...

文章 组学大讲堂云服务器conda环境配置：

...iconda3/condabin/' >>~/.bashrc source ~/.bashrc #添加conda 生效 2.添加初始化conda环境： conda init 3.conda环境加速，添加清华镜像，并设置默认不进入base环境： echo 'channels:  - defaultsshow_channel_urls: truedefault_channels:  - https://mirrors.tuna....

文章 叶绿体基因做跨物种系统发育分析

...atpE、atpH、petB、psaA、psaB、psbD、psbE、psbF、rpl14、rpl16、rpl20、rpoB、rps11、rps14、rps18、rps19、rps2、rps3、rps4、rps8 等等。可以使用所有的，也可以只用部分基因。然后从NCBI上下载相应基因的蛋白质序列，其物种最好是与要分析的物...