问题 基因家族分析中mcscanX共线性分析时，提取不了对应的蛋白序列

老师您好，在进行mcscanX共线性分析时，提取不了对应的蛋白序列，基因id和蛋白id好像没有对应关系，，，这是已提取的AT.gff文件转录本名称都是下面这样的。。。新人刚接触这个，麻烦老师了！可以通过修改get_fa_by_id.pl的脚本...

问题 FileZilla Client出错

... 130.14.29.30:21... 状态:连接建立，等待欢迎消息... 状态:不安全的服务器，不支持 FTP over TLS。 状态:服务器不支持非 ASCII 字符。 状态:已登录 状态:读取目录列表... 命令:PWD 响应:257 "/" is the current directory 命令:TYPE I 响应:200 Typ...

问题 单细胞测序高级分析中RNA速率分析的重复序列怎么生成

如图所示，这个文件怎么去生成，研究的物种并不是小鼠和人的，是一个比较小众的物

问题 为什么我的WGCNA分析运行到这一步就卡住了，但是显示分析中，WGCNA分析如何筛选数据啊，恳请各位大佬帮帮忙

在Omicsclass中购买课程给的代码 运行到 # 计算邻接关系, 使用软阈值power adjacency <- adjacency(datExpr, power = softpower) # 将邻接转化为拓扑重叠 TOM <- TOMsimilarity(adjacency, verbose = 0) dissTOM <- 1 - TOM # 调用层次聚类函数 之后，R就...

问题 制作染色体位置图和制作进化树分析图 和以及分析motif的意义是什么？有什么作用

制作染色体位置图和制作进化树分析图 和以及分析motif的意义是什么？有什么作用

文章 茶树在非生物胁迫下的转录响应

...均长度分别为758 bp和565 bp。 针对所有的unigenes进行注释分析，包括常见的Nr、Nt、GO、KOG、KEGG等数据库。其中GO和KEGG注释结果如下图： 其中KEGG注释涉及五大类（图标ABCDE)，结果显示metabolism过程(D)注释到的基因数量最多...

问题 TCGA数据做完cox生存分析，验证完后，还可以接着做什么后续分析？

问题 TCGA的甲基化差异分析只分析配对样本，还是比较所有正常样本和肿瘤样本？

问题 基因家族分析 kaks分析

Function: Parallel Alignment & Translation Reference: Zhang Z., et al. (2012) ParaAT: A parallel tool for constructing multiple protein-coding DNA alignments, Biochem Biophys Res Commun, 419, 779-781. **************************************************************** Checking input parameters: ...

问题 老师，请问分析fasta格式的文件需要全部转成gff格式再分析吗？

请问老师，还需要提取最长转录本、cds序列和pep序列吗？

问题 差异基因用p-vaule筛选可以吗？

老师，您好：转录组分析时因为DEGs个数较少，用的p-vaule筛选的DEGs,审稿人一直问为什么不用FDR，老师这个问题该怎么回答。 Point 6: - Line 600: DEGs were determined using p-value < 0.05 and fold change ≥ 1.5. What is the rationale behind using pvalues i...

问题 gff文件包含gene,cds,exon,mRNA的信息，但gene 和mRNA名称相同，不利于建立基因组索引，如何使用AWK命令批量只在mRNA的ID后面＋.1？

例如：修改前 01EVMgene590510967.+.ID=GB_A01G0001; A01EVMmRNA590510967.+.ID=GB_A01G0001;Parent=GB_A01G0001; A01EVMCDS59056099.+0Parent=GB_A01G0001; 修改后： 01EVMgene590510967.+.ID=GB_A01G0001; A01EVMmRNA590510967.+.ID=GB_A01G0001.1;Parent=GB_A01G0001; A01EVMCDS59056099.+0Parent=GB...

问题 使用图中这条命令时参考序列格式是fasta.gz格式有影响吗，需要转化为fasta格式吗；此外我这个第一条命令jobs显示正在跑，后面的为什么不显示正在运行了啊，是有哪里错了吗？

问题 老师，您好，我在做wgcna分析时，灰色模块数量过多，这对后续的分析有影响吗

问题 想问一下泛基因组分析时，基因家族的鉴定中选择a个物种；SV分析是文章中构建的b个物种中的；转录组分析是c个物种中的；请问a受b，c的影响吗？a：能不能我找到13个基因组就在13个基因组里面分析呢？而b和c是文章中找到的，利用人家的数据分析自己的基因，这样的理解对吗？