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文章 vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

...错  An index is required but was not found for file drivingVariantFile 这个报错是因为GATK读别的软件生成的vcf.gz文件,需要一个索引 所以使用bcftools建立索引 bcftools index -t filter1.vcf.gz#-t 建立tbi索引 但此时bcftools又报错  index: the file is not BG...

文章 安装R包报错 fail to lock directory

安装R包报错: 这个错误通常发生在尝试使用R的install.packages函数安装新的包时。错误信息"fail to lock directory"意味着R不能锁定用于安装包的目录,这通常是因为之前的安装进程没有正确完成,导致锁文件(一个隐藏的文件,用...

文章 SCI期刊选择困难症有治了!推荐一款选刊神器!速领!

...间转录组分析,做更牛的个性化分析,绘更漂亮的图,点这个链接:单细胞/空间转录组分析实操  2. 2区文章发文新思路,0实验就能发文章,省钱省时间,套路化内容好写易发表,0基础学习最新版基因家族分析/泛基因家族分析...

文章 项目管理最佳实践,企业如何进行有效的项目管理

...户的可交付成果(KR);项目目标确定后,就要分析实现这个目标要做的工作或者是衡量目标完成的标准3.确保覆盖100%的工作;项目范围要确保能覆盖完成这个项目所需做的所有工作4.进一步细化1和2的每一项,使其形成顺序的...

文章 R语言基础入门—函数

...以执行特定任务的语句。R 语言具有大量内置函数,用户可以创建自己的函数。在R语言中,函数是一个对象,因此R语言解释器能够将控制传递给函数,以及函数完成动作所需的参数。该函数依次执行其任务并将控制返回解释...

文章 使用官方gdc-client软件下载TCGA数据

...所在的目录添加windows环境变量中,方便命令行调用: 这个软件加入环境变量,如果以后想在任何一个路径简单使用gdc-client这个命令,那就需要把这个软件的路径加环境变量。就是在Path加入刚刚软件所在的路径即可”。具...

文章 多序列比对-蛋白序列保守结构域比对图绘制 genedoc

...s://github.com/karlnicholas/GeneDoc,( gd322700.zip  genedoc 软件)这个软件的安装十分简单,双击一直下一步就可以完成安装,这里就不赘述了;安装好了软件打开;然后就可以导入比对好的序列,注意对于fasta的比对结果,这里采用file...

文章 Rush:一款强大的Linux并行任务执行工具

...何使用Rush。 例1: ls *.txt | rush -j 4 'cat {} > {}.bak' 在这个例子中,Rush通过ls *.txt获取所有的文本文件列表,并使用rush -j 4 'cat {} > {}.bak'命令并行处理四个文件。这个命令的意思是“对列表中的每个文件执行 cat {} > {}.bak 命...

文章 基因组重测序docker镜像更新2.0

...ass/reseq:v2.0 如果需要用最新的软件分析数据可以使用这个2.0版本的镜像,老用户重新下载示例数据压缩包   课程链接:https://bdtcd.xet.tech/s/1VQOjQ 

文章 NCBI 数据下载

已发表的文章的原始数据往往会公布出来,大家可以基于原始数据进行信息深挖,结合自己的生物学问题可以撰写出不错的文章。 这些公开的数据大部分会上传大型数据库,少部分会进行自己网站的构建后放在自己的网站...

问题 转录组学数据可否直接引用

各位老师您好,想要咨询一下以下这个问题。课题组之前做了小鼠骨髓巨噬细胞具有固有免疫记忆效应,运用了RNA-seq进行分析,部分基因高表达,且已经发表了文章。如今发现用某种药物可以降低基因的高表达,进行了测序...

问题 使用allhic挂载染色体时,长度排序前十的超长contig只有一个挂载group中,如何将这些未挂载的超长contig绘制heatmap图中

...基因组,并查看组装是否有错误,用allhic进行了分析。得的结果中,只有1个超长contig挂载group中,其他超长contig并未挂载。 hic的数据质量不是太好,怎么能将其他超长contig绘制heatmap图中,看一下是组装错误还是挂载出...

文章 linux给用户添加sudo权限

...入 your_user_name ALL=(ALL) ALL 这样就把自己加入了sudo组,可以使用sudo命令了。 3) 默认5分钟后刚才输入的sodo密码过期,下次sudo需要重新输入密码,如果觉得在sudo的时候输入密码麻烦,把刚才的输入换成如下内容即可: your_use...

问题 关于构建进化树的序列问题

...进行成员的分类,但比我自己用模型搜索的成员多一倍,这个比较疑惑,请问应该以哪个为准?)

文章 文章问题撰写及发布审核要求

...问题的排版过于混乱。而混乱的排版至少表明你并不重视这个问题,不重视回答者的感受。很多人没有把代码 包裹起来,我们视为排版混乱。没有代码或者用图片代替了代码。这是一个最近比较突出的问题,代码胜千言,...