...boxplot（exprSet，col= cols , main ="expression", las =2）得到上图结果，通过加入outline= F，可以纠正错误。 但是我数据整理后，进行密度分布图的时候， 出现上图的问题， 不是很熟悉ggplot2，不知道代码哪里进行修改。 P_density_GeneID ...
... <- FALSE # 设置工作目录 setwd(work_dir) # 下载临床数据的结果 DataDirectory <- paste0(work_dir,"/GDC/",gsub("-","_",project)) # 查询可以下载的数据 query <- GDCquery(project = project, data.category = data_category, data.type = d...
...lexity困惑度，参数须取值小于(nrow(data)-1)/3theta参数越大，结果的准确度越低，默认是0.5max_iter最大迭代次数pca表示是否对输入的原始数据进行PCA分析，然后用分析后的数据进行后续分析，一般选择TRUE library(Rtsne)iris_unique <- u...
...荐） Rstudio 为R语言的专业编辑器，有代码的提示，高亮显示等等功能，强烈推荐使用，初学者根据自己的操作系统下载RStudio Desktop 免费版本就可以：官方下载网址：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ 常见问题解答： Rstudi...
...，第5列和第12列的和，第6列和第7列（来自file1.txt）。 结果保存在result.txt中，列之间以tab键分隔。 以下是执行上述命令后生成的result.txt内容： Gbar_A01505+12ACGCGbar_A01506-34ACGAGbar_A01507+56ACTTGbar_A01511+78ACGCGbar_A01512-910ACGAGbar_A01513+11...
...基因家族分析 3. 转录组越做越普遍，实验必备，看不懂结果？不会深入分析？自学都可以搞定，学习链接：有参转录组自主分析实操 ；转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ； 4. 代谢组分析硬件要求不高，个人电脑就...
...修改，这里可以利用perl或者python 再结合正则表达式批量搜索替换，给出示例代码： python实现替换： import re,os tree="(chicken,((mouse,rat),(chimp,human)));" names=re.findall(r"[a-zA-Z0-9_]+",tree) f=open("newtree.nwk","w") for i in names: if not re.match(r...
...，就有5.6个博士被延毕 据《中国教育统计年鉴》的数据显示：博士的延期毕业率高于56%，也就是一半以上的博士都不能正常毕业， 并且，这个比例，还在持续升高中。 从年限上来看，很多3年学制的博士生，甚至读了8年都毕...
...10个分析技能，您也能写一篇基因家族的文章啦！ 1、搜索基因家族成员蛋白保守结构域，鉴定基因家族成员； 2、预测基因家族成员的顺势作用元件； 3、构建系统进化发育树； 4、基因家族成员MOTIF分析及绘图； 5、...
...作。 http://www.omicsclass.com/article/78?tdsourcetag=s_pcqq_aiomsg 结果“Intel(R) virtualization Technology”和“Inter(R) VT-d Feature”都改成了“enabled”。但是，我仍然不能启动Bio-linus虚拟机，还是出现如下图所示的提示，烦请哪位大师仔细看看...
...mming algorithm确认是否是环状RNA，最后加入注释信息，输出结果。 它的优点在于：1、采用了sam格式中的CIGAR值进行分析，从sam文件中扫描PCC信号。2、对于单外显子成环，或者“长外显子1-短外显子-长外显子2”形成的环形结构，CI...
... or press [RETURN] to go back to main menuYour choice:我输入1,回车,结果1被删除,程序不运行,试了无数次都是这样,哪位知道这是为什么呀?谢谢了!
...案，我们看看目前能支持哪些非模式物种 1. 从AnnotationHub搜索物种的拉丁文名称，即可查看是否存在物种的注释信息，以水稻为例, ： require(AnnotationHub) hub <- AnnotationHub() query(hub, "Oryza_sativa") AnnotationHub with 2 records # snapshotDate()...
...-p --snakefile ./Snakefile --configfile ./config.yaml 3. 流程分析的结果是一个更新的GTF文件，这个文件可以放到常规的rMATS软件中进行分析
...n -m jcvi.graphics.synteny blocks2 grape_peach_cacao.bed blocks2.layout 结果如下：