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问题 新安装的Bio-linux虚拟机不能启动,系统总说不能为Bio-linux虚拟机打开一个新任务,求专家指导。

...作。 http://www.omicsclass.com/article/78?tdsourcetag=s_pcqq_aiomsg 结果“Intel(R) virtualization Technology”和“Inter(R) VT-d Feature”都改成了“enabled”。但是,我仍然不能启动Bio-linus虚拟机,还是出现如下图所示的提示,烦请哪位大师仔细看看...

文章 快速了解转录调控家族的新贵-circRNAs

...mming algorithm确认是否是环状RNA,最后加入注释信息,输出结果。 它的优点在于:1、采用了sam格式中的CIGAR值进行分析,从sam文件中扫描PCC信号。2、对于单外显子成环,或者“长外显子1-短外显子-长外显子2”形成的环形结构,CI...

问题 clustalw2多序列比对,序列输入不进去

...   or press [RETURN] to go back to main menuYour choice:我输入1,回车,结果1被删除,程序不运行,试了无数次都是这样,哪位知道这是为什么呀?谢谢了!

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 可变剪切分析软件lr2rmats

...-p --snakefile ./Snakefile --configfile ./config.yaml 3. 流程分析的结果是一个更新的GTF文件,这个文件可以放到常规的rMATS软件中进行分析

文章 多基因组基因水平共线性分析

...n -m jcvi.graphics.synteny blocks2 grape_peach_cacao.bed blocks2.layout 结果如下:

文章 clusterProfiler做非模式物种的功能注释

...案,我们看看目前能支持哪些非模式物种 1. 从AnnotationHub搜索物种的拉丁文名称,即可查看是否存在物种的注释信息,以水稻为例, : require(AnnotationHub) hub <- AnnotationHub() query(hub, "Oryza_sativa") AnnotationHub with 2 records # snapshotDate()...

文章 qiime2分类器的训练

...不同,鉴定物种分类的精度不同,提前的训练可以让分类结果更准确。在本教程中,使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器,可在QIIME2官网下载        https://docs.qiime2.org/2022.8/data-resources/ 方法注释在训练分类器之前,我们...

问题 遗传图谱构建

... done >view.sh ParaFly -c view.sh -CPU 5 该步一直运行不出结果,demo中01.PrepareData的bin.visualize.1-12文件夹为空,部分错误代码如下: IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'pop.bin.12' warning, cmd: snpbinner visualize --out bin.visualize.12 --crossp...

文章 TCGA数据分析ceRNA的套路

... 1.7. ceRNA 网络中的基因进行GO,KEGG功能富集分析  2. 研究结果 2.1 差异表达分析    2.1.1 基因差异表达分析聚类图    2.1.2  lncRNA差异表达分析聚类图     2.1.3 miRNA差异表达分析聚类图     2.2  miRNA 靶位点预测     2.2.1 miRN...

问题 使用allhic挂载染色体时,长度排序前十的超长contig只有一个挂载到group中,如何将这些未挂载的超长contig也绘制到heatmap图中

...组,并查看组装是否有错误,用allhic进行了分析。得到的结果中,只有1个超长contig挂载到group中,其他超长contig并未挂载。 hic的数据质量不是太好,怎么能将其他超长contig也绘制到heatmap图中,看一下是组装错误还是挂载出错?...

文章 植物 SSR引物数据库 NAR 发核酸研究

...据库还提供了多种检索方式和下载功能,所有数据和分析结果都可下载。    该数据库为全球研究者们提供了在线的、友好的、便利的植物微卫星DNA鉴定平台,同时还整合了在线微卫星DNA鉴定网络服务,是目前国际上涵盖最多...

文章 叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制

...https://www.omicsclass.com/article/2298 将SSR、串联重复序列的结果整理成如下格式: 散在重复序列的结果,需自行计算终止位置,且按不同类型 Forward(F), Palindromic (P) 整理成如下格式,注意每个类型单独整理,分别命名为link.f....

问题 GWAS分析绘制QQ图时,Observed值与Expected值相差较大

...般线性模型和混合线性模型,用GEMMA做了一般线性模型,结果都如图所示,运算脚本 tassel GLM模型:ohup run_pipeline.pl -Xmx60G -fork1 -h hapmap_2025.ordered.hmp.txt \ -fork2 -importGuess $tassel_trait_2025   \ -combine3 -input1 -input2  -intersect -FixedEffectLM...

文章 搭建生信编程环境eclipse+perl+python+R(java环境)

...版本的java,eclipse,activeperl等,这些都是开源软件 百度搜索一下可到官方网站下载;Eclipse的用法和编程语言学习课程《perl编程入门》自行下载软件地址和方法:初学者建议观看视频《生信编程环境搭建》第一步:java下载与安...

文章 TCGA的ENSEMBL编号转换成gene symbol

...'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns # 查看转换的结果 > gene_ids ENSEMBL SYMBOL GENENAME 1 ENSG00000000971 CFH complement factor H 2 ENSG00000001084 GCLC glutamate-cyst...