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文章 遗传图构建-SNP标记分型

...同且纯合,H表示杂合基因型;下图为一个SSR标记的分型结果: SNP标记分型 对于高通量测序的SNP数据我们该如何根据父母本的SNP信息对子代进行分型呢;这里我们看一下下图,其中P1为杂合亲本,另一个亲本P2为纯合亲本;...

问题 请问泛基因家族分析实操课程中老师用到的泛基因列表为什么和课程泛基因集构建得到的列表不一样呢?

老师课中 用到的泛基因列表为上面这张,我根据课程泛基因集构建做出的表为下面这个,为什么格式也不一样呢?另外,课程中用到的结构变异分析结果以及基因表达量数据表格,老师说提前下载的,请问哪里可以下载呢?

文章 picrust1 16S 微生物功能预测

...sv --header-key COG_Description -o predictions_cog.txt #KEGG功能预测结果分类汇总 categorize_by_function.py -i predictions_kegg.biom -c "KEGG_Pathways" -l 1 -o predictions_kegg_at_L1.biom categorize_by_function.py -i predictions_kegg.biom -c "KEGG_Pathways" -l 2 -o predictions_kegg_at_...

问题 在win7系统的文本里用快捷键ctrl+c复制了命令,但在bio-linux里却黏贴不了。求解。

重新下载了新的bio-linux,导入虚拟机,在终端进行操作,结果win7系统的文本中复制的命令,没法黏贴到bio-linux系统的终端里。不知道是哪里出了问题。求解答。

问题 自己LDdelay时,绘制不出图且ld.bin.gz和ld.stat.gz文件大小只有1kb,请问问题出在哪里?

利用《群体遗传进化课程》提供的原始数据,步骤如PCA,structure等都能重复出结果,但LDdelay绘图时,出不了图。 教程中此步本应该输出更多文件,包括LD绘制图,但是实际只输出了以上3个文件。

文章 单细胞转录组数据标准化:

...的读取计数总数,然后乘以缩放因子(默认为 10,000)。结果是将每个细胞缩放到总共 10k UMI,以避免样品中不同细胞类型不同测序深度的影响。然后,NormalizeData 添加伪计数 1(以避免转录零值),并获取每个计数的自然日志。...

问题 用 hisat2 建索引时出现 “is not reverse-deterministic, so reverse-determinize...”

...build -p 12 --exon ${EXON} --ss ${SPLICE} ${FASTA_File} ${BASE_NAME} 结果如图所示: 最后系统自动kill掉了建索引的进程,请问这该怎么解决?谢谢!

问题 老师您好,我在做物种间基因组共线性分析时没有得到.anchors文件并且出现list index out of range报错,请问一下是什么原因?

所选的基因组是线粒体基因组测序的结果

文章 perl中while循环+each函数遍历哈希易错点

...;}}} 主要就是在一个循环中使用while和each遍历哈希,然而结果总是少了一些数据,后来将哈希改为数组,for循环数组后就没问题了。 网上查询原因才知道用 while 循环 + each 函数遍历哈希表的时候,如果提前跳出了while循环,那...

文章 MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR

...,所以在线即可快速完成。具体操作如下。1 输入数据2 结果展示 本次我选用misa格式文件,其格式如下所示 ID SSR nr. SSR type SSR size start end Sd 1 p1 (A)11 11 1549 1559 Sd 2 p5 (ATTTA)3 15 ...

文章 转录组扫盲篇

...泛基因家族分析3. 转录组越做越普遍,实验必备,看不懂结果?不会深入分析?自学都可以搞定,学习链接:有参转录组自主分析实操 ;转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ; 4. 代谢组分析硬件要求不高,个人电脑就...

文章 GFF文件格式不标准,第三列只有mRNA处理方法

...$10"Parent="$10;}else{print $0}}' PO.gene.gff >PO.gene.gff1  最终结果如下,左边为原始gff文件,右边为更改后的文件,有遇到类似问题的小伙伴可以根据命令来修改一下: 更多AWK命令使用技巧见:linux系统使用 生物信息入门到精通...

问题 诱变材料且以自交M6代,可不可以采用 QTL-seq 的方法来定位到基因?

以上 2 张图片是我在网上搜索得到的关于 QTL-seq 原理。但是为什么诱变得到的材料,就不能够用 QTL-seq 来分析? 我说获得的 EMS 诱变材料已经是自交 M7 代的材料了,也不能用 QTL-seq 来分析么?因为 Mutmap 方法需要自交,所以感...

文章 ncbi sra数据批量下载

...如下,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/操作也简单,直接搜索project ID号,就可以了 然后选择自己想要的直接下载就行 得到的文件直接传给prefetch,类似 prefetch --option-file sra_ids.txt 2,我这边网络不知道咋回事,进刚才那个页...

文章 女生考研真的好吗?——导师不爱、工作歧视......

...化学和物理学领域的大学教授,让他们去评估这份简历,结果发现:无论教授是男是女,他们都更愿意录取名字叫John的男性申请人,而名字叫Jennifer的女性申请人则不被教授们看好,尽管他们都说他们喜欢女性申请者,但给出的...