遗传图构建-SNP标记分型

遗传图构建-SNP标记分型

构建遗传图谱我们需要对我们群体的每个样本的每个标记做分型,不同的遗传图构建软件,对于标记的分型数据记录是不一样的的;

例如用的最多的joinmap软件基因型编码如下:

attachments-2024-04-fVCLUltM661f208dac0c2.png

这里介绍如何用SSR标记和SNP标记做分型:

SSR标记分型

我们利用SSR标记扩增之后跑胶,就可以根据父母条带与子代条带分布,利用上表规则给子代分型了,其中aa代表与父本相同且纯合;bb代表与母本相同且纯合,ab表示杂合基因型;也有这样记录的:a代表与父本相同且纯合;b代表与母本相同且纯合,h表示杂合基因型;也有这样记录的:A代表与父本相同且纯合;B代表与母本相同且纯合,H表示杂合基因型;下图为一个SSR标记的分型结果:





attachments-2024-04-nV3d8p1z661f20a6b54d5.png

SNP标记分型

对于高通量测序的SNP数据我们该如何根据父母本的SNP信息对子代进行分型呢;这里我们看一下下图,其中P1为杂合亲本,另一个亲本P2为纯合亲本;由于P2为纯合亲本交换我们观察不到(下图a),我们把亲本P2的基因型编码为aa;相应的P1亲本的基因型用a或者b代替(下图b);之后子代的标记基因型就可以用ab表示(下图c);注意:我们这个示例不像上面的SSR用的是单个标记多个体,这里的SNP是单个体多个SNP;


attachments-2024-04-hrx7WQlv661f20c2ef015.png

  • 发表于 2024-04-17 09:07
  • 阅读 ( 321 )
  • 分类:遗传图

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
omicsgene
omicsgene

生物信息

658 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 658 文章
  2. 安生水 331 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. CORNERSTONE 72 文章
  7. xun 68 文章
  8. rzx 68 文章