...。 再次打开docker后就能出现小鲸鱼，然后后面就出现图2的提示。然后就没有然后了。 我不知道我该怎么解决这个问题。
...）基因组数据，利用Python语言对基因组数据进行处理。 2、利用BLAST进行序列比对，或者基因组之间的同源信息。 3、利用强大的ColinearScan共线性分析软件获取共线性区段。 4、利用Bioperl计算Ka/Ks值。 5、利用Python强大的第三方...
...息，edges中制定了绘制的物种共线性关系，如图中e，0，2指定了绘制block文件中第一列和第三列物种的共线性关系 运行代码： python -m jcvi.graphics.synteny blocks bed layout.csv 效果图如下： 参考： https://blog.csdn.net/u012110870/article/de...
...那我在生成SNP表格的时候是按照那个不一样的表示吗？ 2.关于样本的命名：每一个前面都有sm的标号，这个文件里有188sm 90sm和9sm，老师请问不同sm标号是因为他们测序时分批测得吗？是不是可以理解为188sm命名得那一组属于一个...
对于所有开展植物科学相关研究的科研工作者和学生群体而言，各类数据库和分析平台的建立和更新维护为植物的组学、功能、进化以及遗传育种等方面研究提供了丰富的资源，具有重要的理论指导意义和应用价值。通过总...
...贝基因，进行后续分析。 大部分的物种busco分析完毕，2个物种直接卡死在Augustus分析阶段，使用htop查询，也没有augustus进程在运行。想询问老师们，是否有遇到这样的问题，如何解决。同时是否有其他的软件可以搜寻。 同时...
...are.txt -k $workdir/4.expression/all_gene_fpkm.tsv -r S3 --fdr 0.01 --fc 2 -p S3_vs_S4 Loading required package: ggplot2 Loading required package: edgeR Loading required package: limma [1] "abstract_factors is start" [1] "abstract_factors is over" [1] "read count data ..." Error in read.t...
miRNA测序遇到两个问题： 1.mibase数据库小鼠的前提和成熟miRNA参考基因组怎么找？是直接查找下载里边的吗？搜小鼠的该怎么搜索 2.代码中-k 接头序列，如果是Illumina双端测序样本选择P5还是P7，或者是样本的R1R2分开测
...取了两个大豆品种做转录组分析，分别是：大籽粒Wandou 28 (V1)，小籽粒Peixian Layanghuang (V2)，取样时期为三个时期：seed set (S1), seed growth (S2), and early seed maturation (S3)，其中前两个时期的取样部位分别为：Seed pod with whole seed（S1），Wh...
...后再用liftOver将contig repeat GFF 转换成 genome repeat gff？ （2）为方便后续的基因组基因注释，repeat注释完后，是仅屏蔽基因组中TE区，还是屏蔽掉所有的repeat区域？谢谢！
...问题是：1.私有基因很多，一千多，需要都用来构树吗？2.构树后，该怎么给每个簇命名，我是根据拟南芥基因聚类结果，即查看该簇内拟南芥基因的注释看编码什么蛋白属于什么亚家族，则认为该簇谷子基因为这个亚类，但是...
...1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接...
...project.org/ 注意下载客户端软件，可安装在windows上： 2.安装很简单，双击文件一直下一步就安装好了，之后就可以打开了，如下所示： 注意，IP地址前面加sftp:// ,端口可以不填，默认是21。 用户名密码获得参考putty链接远...
...nloaded from starBase v3.0 (18), DIANA-Tarbase v8 (19), miRTarbase (v7.0) (20) and miRSponge (21) databases, while the experimentally validated miRNA-lncRNA pairs were extracted from starBase v3.0 (18), LncACTdb2.0 (22), DIANA-LncBase Experimental v.2 (23) and miRSponge (21) databases. https://...
... gse [-f func] [-p palette] [-G gpl] [-s Gene Symbol] [-x] [--log2] [-o outdir] [-H height] [-W width]download GEO data ; https://www.omicsclass.com/article/1492optional arguments: -h, --help show this help message and exit -g gse, --gse gse GEO Series Accession...