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文章 寿命表法计算中位生存期

...median 0.95LCL 0.95UCL ## 307 60 2888 2052 NA  从结果可知,中位生存时间为2888天。生存曲线如下: # 绘制生存曲线 plot(kmfit,conf.int = F,mark.time = F) #绘制一条中位生存期对应红线 abline(h=0.5,lty=2,col="red") 如果您对生存...

文章 bcftools建索引报错:Chromosome blocks not continuous

...2.vcf.gz|head -n 100 >filter6.vcf.gz bcftools index -t filter6.vcf.gz 结果也是成功的: 怀疑报错所说的“染色体区段不连续”是指:①染色体没有根据顺序进行排列,②部分变异位点没有根据在染色体上的位置进行排序,所以对VCF文件...

问题 基因家族成员如何取舍,命名?如何查找外显子和内含子结构?

...这些基因和拟南芥的SBP基因构建进化树,根据进化树分类结果命名? 二,怎么分析每个基因的外显子和内含子结构呢?

问题 泛基因家族 提取CDS序列和pep序列,为什么没有输出文件?

...>./${ind}.pep.fa 代码是上面这个,跑了三四个小时,没有结果输出,是我的代码出问题了吗,哪里需要改?

问题 R中apply同时计算行和列使用c(1,2),为什么不起作用

...:上述使用了c(1,2)来同时计算行和列的平均值,但为什么结果仍旧是原矩阵?

问题 老师,我正在做泛基因家族分析的结构变异与基因注释部分,出现一些错误

...i "s/\\.[0-9]*$//" ${ref}_refGene.txt ,之后在excel中完成修改,结果如下:之后,#建立注释库 retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile ${ref}.fa ${ref}_refGene.txt --out ${ref}_refGene.fa   ,在此过程中出现许多错误并得到最终的${ref}_refGene.fa...

文章 综合转录组学和代谢组学分析揭示了菜豆响应冷胁迫的关键调控网络

...片在液氮中快速冷却并储存用于提取RNA 。 二、实验分析结果 探究低温胁迫对菜豆光合指数和MDA(丙二醛)含量的影响。                a. 测量了冷胁迫对照处理3天后093CK、093T、120CK和120T四组植株的净光合速率 (Pn)、蒸...

问题 叶绿体基因组GetOrganelle组装时出现killed,内存从10G改为30G又改成70G,但是还是不行,程序终止。

1、在get.sh.o文件中,出现:Retrying with more reads。 2、GetOrganelle_out文件夹中只有,没有组装的序列结果

文章 基因家族复制基因查找之手动查找-blast

...-016-2575-6 blast手动查找方法与通过共线性方法查找的结果会有差别,这个需要自行取舍。

问题 动植物泛基因组分析实操课程资料问题

...ing among this list: <,>,<=,>=,! or =.[),最终导致运行结果是空的

文章 miRTarBase- 一个收录经实验验证的miRNA靶基因数据库

...其他数据库中都是对miRNA进行靶基因预测,有实验验证的结果,肯定会可靠好多。 该数据库有如下特点 1. 保持更新 miRTarBase数据库一直在更新,目前已经更新到7.0 版本。收录的数据也越来越多。 2. 支持多方面的在线查询...

文章 ftp链接登陆下载文件

...记本上,打开任意文件夹,进入文件资源管理器,于顶方搜索栏检索ftp地址,会自动进入到网络进行检索 ②. 登录:弹出界面,填写用户名和密码即可 ③. 查看:进入到该ftp界面: 2. linux系统 ①. 安装:安装ftp客户...

问题 老师,我在用比较基因组学方法做两个物种之间的共线性分析时,是可以筛到某一种基因家族在两个物种中对应的共线性的,但是用下面这种方法做是做不出来某一基因家族在两物种之间的共线性关系的

...t 6 -num_alignments 5 /biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX ST_AT 得到以下结果 Reading BLAST file and pre-processingGenerating BLAST list170 matches imported (1 discarded)44 pairwise comparisons0 alignments generatedPairwise collinear blocks written to ST_AT.collinearity [0.013 seconds elapsed]W...

文章 bam文件转换fastq

...astq 例如可以: bamToFastq -i unmapped.bam -fq unmapped.fastq 结果如下 如果需要区分出bam文件中paired reads 可以: bamToFastq -i unmapped.bam -fq unmappedRead1.fastq -fq2 unmappedRead2.fastq

问题 计算串联重复基因的KAKS时,发现KS>1,是不是哪里算错了?用KAKS-Calculate2.0算的。

下图是KaKs Calculate的运算结果。Ks中有一个大于1的数。 这是Ks的定义式,根据这个公式,怎么会得出大于1的数呢?同义突变率大于100%,是这个意思吗?还是我理解错了?