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问题 在进行全基因评估后,出图不正确,同时在进行hifiasm三代组装的时候总是出现问题

图1是基因组评估问题,图2是进行hifiasm三代组装出现的问题,, k的取值对评估结果影响大吗,比如k取17或者19

问题 如何修改perl脚本从cds文件中提取上游序列呢?(有些cds中的scaffold可能不足1500)

...); (上面是脚本的代码) 我用该代码运行我的数据是会显示 请问我应该怎么修改脚本去完成上游序列的提取呢?

文章 TCGAbiolinks 下载临床数据,警惕有多次随访数据

...记录,做分析前,一定要做好数据的筛选工作。不然分析结果可能会存在问题。  如果您对TCGA数据挖掘感兴趣,请学习我的TCGA系列课程: 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调控》《TCGA-ceRNA调控网...

文章 200+篇基因家族分析文献免费领取!

...基因家族分析 3. 转录组越做越普遍,实验必备,看不懂结果?不会深入分析?自学都可以搞定,学习链接:有参转录组自主分析实操 ;转录组与代谢组结果解读/个性化数据分析 ;  4. 代谢组分析硬件要求不高,个人电脑就...

问题 有关于GSEA富集分析参数设置

...和后期的实验验证是否有关系,什么样的参数设置得到的结果后期实验验证才更容易?

文章 进化树构建方法及原理

...大简约法可能会给出一个不合理的或者错误的进化树推导结果。 第四种:最大似然法 依据:这个方法最早是遗传学家以及统计学家罗纳德·费雪爵士在 1912 年至1922 年间开始使用的 。基本思想是:当从模型总体随机抽取n组样...

文章 空间代谢组学|质谱成像技术原理解读

...图像分辨率。(4)与病理图像结合,不断获取更精确的结果,升级病理图像的判断。 2. 技术分类 质谱成像技术(MSI)是基于质谱发展起来的一种分子成像技术;按照离子源的不同,常把MSI分为三类:(1)基质辅助激光/解吸...

文章 feature 重要性排序棒棒糖图

... plot.margin = margin(0.6, 1.5, 0.6, 0.6, "cm")  )# ================== 5. 显示图形 ==================print(p)# ================== 6. (可选)保存图片 ==================# ggsave("lollipop_feature_gain.png", plot = p, width = 9, height = 4.5, dpi = 300, bg = "white")

问题 LD衰减分析

...问题是:请问老师LD衰减分析中bin.gz文件是怎么生成的?结果文件中好像只有stat.gz文件。

文章 CLUMPAK安装

...赋予一下软件clumpp的权限,然后就可以正常使用了 这个的结果非常规整

文章 windows安装Aspera Connect软件

...里:C:\Program Files\IBM\Aspera Connect\bin,大家可以找一下或者搜索 ascp.exe 这个文件。 鼠标右键“我的电脑”选“属性”,选择“高级系统设置”,找到“环境变量(N)...”。 在系统变量里找到“Path”,点“编辑”。 点击新...

文章 堂堂院士也抄袭?《Science》发文:学术抄袭哪国强?

...由arXiv在线数据库上数十万论文数据分析得出的, 数据显示:德国、美国、日本等国论文抄袭率较低, 抄袭率最高的是——伊朗、保加利亚等国。 仔细分析一下,结论其实很明显: 1,发达国家提交的论文数量多,抄袭率相...

问题 在利用GAPIT做GWAS分析的时候,到第二步可视化绘图的时候出error

表型文件没有问题 但是可视化结果会error,qq图可以生成,但曼哈顿图则无法生成

文章 有参转录组数据分析镜像升级v2.0

...件,eggnog-mapper等 3.非模式物种go kegg富集分析:更新绘图结果,富集分析限制物种类型等 4.差异基因分析脚本升级:支持一个分组文件做所有差异分析 使用方法: docker pull omicsclass/rnaseq:v2.0docker run -it -v ~/rnaseq:/work omicsclass/...

文章 shell变量使用注意事项

今天在写循环进行本地blast的时候发现没有生成结果文件,于是把命令打印出来,发现: 原来是变量的名称有问题,导致shell读取不到正确的变量“$species”,而将变量名称识别成了“$species_SABATH_blast”,此时需要通过“{}”将变量...