...用exprs.MA将MAList转换成红绿荧光强度值（已经对数转化log2），每个芯片都将有两列数据，一列对应R(红）一列对应G(绿） 以GSE121505数据为例（双通道芯片MA和densit），经过所有标准化获得MAList之后，提取： > exprs=exprs.MA(MAList...
...与MEs一同整合分析。 同时结合教程可知，y可以作为一个包含各样品某一性状的数组向量，参与分析，从而分析该性状和各模块之间的关系。 通过获得MEs 运行代码画图代码： head(MEs)dim(MEs)sizeGrWindow(9, 8)plotMEpairs(MEs) 获得...
...思是只有类对象自己能访问，连子类对象也不能访问到这个数据。 以单下划线开头（_foo）的代表不能直接访问的类属性，需通过类提供的接口进行访问，不能用“from xxx import *”而导入；以双下划线开头的（__foo）代表类的私...
...《BMC Genomics》上的转录组文章为例来和大家一起探讨下这个问题。《BMC Genomics》这个期刊大家应该都比较熟悉，14年以前向该期刊投转录组类文章还是比较容易的，后来也就越发困难了，那么这篇文章都写了些啥内容呢？下面就...
... Next，点击 Finish 完成安装。 下面默认就行，不要勾第三个 安装完成后，Docker 会自动启动。通知栏上会出现个小鲸鱼的图标，这表示 Docker 正在运行。 如果没启动，你可以在 Windows 搜索 Docker 来启动： 启动后，也可以在通...
run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt -fork2 -importGuess GZ.tsv -combine3 -input1 -input2 -intersect -FixedEffectLMPlugin -endPlugin -export hd 检查了表型，都是数据，表型也更改为下划线了，依然是同样的报错
...circos是一款基因组圈图绘制软件，基本使用可以参考：https://www.omicsclass.com/article/644 绘图时，调用了软件的一个默认配置文件也就是（image)： <image><<include etc/image.conf>></image> 这主要是按照软件默认的参数...
...求，喜欢的赶紧点击链接查看吧！今天我再为大家介绍一个绘制基因结构的在线小工具：Exon-Intron Graphic Maker。它可以根据序列长度等比例绘制基因的结构元件，如5' UTR、CDS、外显子、内含子、突变位点、结构域、3' UTR等。下面...
...进而达到降维的目的。因此，我们通过研究Lasso可以将其更好的应用到变量选择中去。 说简单点：在回归分析中因素筛选主要用到逐步回归stepwise、向前、向后等等方法，这些方法比较传统，而对于共线性问题比较严重的...
...果！ 预测原理 软件原理很简单，它通过搭建一个“物种—基因”的关系网，从而通过OTU预测群落的基因类型与数量，最后达到功能分析的目的。具体可分为三个阶段： 1 构建“物种—基因”关系网 网络构建...
SMART（http://smart.embl.de/）是我们常用来进行domain搜索和蛋白质注释的数据库，它集成了很多蛋白结构预测和功能分析的工具，比如可以预测蛋白的一些二级结构：跨膜区（Transmembrane segments）、复合螺旋区（coiled coil regions）、信...
...tools过滤时出现了问题，起初按照该参数过滤： vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout \ --maf 0.05 --max-missing 0.4 --minDP 4 --maxDP 1000 \ --minQ 30 --minGQ 80 --min-alleles 2 --max-alleles 2 |gzip - > all.clean.vcf.gz...
...的结果是使得越来越多的人和企业能够以更低的成本享受更好的服务。 在IT、产品研发、专业服务领域，企业级的专业在线项目管理工具，首推CORNERSTONE基石协作（功能与本地安装的功能一样强大）。与现在互联网商业的作...
run_pipeline.pl -Xmx30G -SortGenotypeFilePlugin -inputFile clean.vcf.gz \ -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF
...规则： 1.不要与perl中的内置变量名相同如：%ARGV，$a,$b $_ 等等 2.perl中的变量名严格区分大小写 3.建议使用大字母，小写字母，数字，下划线组合命名变量名。其他特殊字符。 变量命名示例 变量名采用 形容词_名词 的格...