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文章 在R里绘制地图

...地图的缩放级别。 如果是有非常具体的经纬度需求： boundry <- c(left=10,right=170,bottom=15,top=60)mapdata <- get_stadiamap(boundry,zoom =5) 需要注意的点：在这里因为使用了其他的数据库，所以需要给API的key，此时需要大家自己进行注册...

文章 使用DNA序列做主成分分析（PCA）——R语言adegenet包

提到主成分分析，一般我们都是使用Plink，GCTA等软件基于SNP数据来操作，那么如何用DNA序列做主成分分析呢？ 思路是先比对，之后使用R语言的adegenet包把比对的数据转换成snp数据，用到的函数是fasta2genlight()，再进行PCA分析及绘...

问题 进行16S分析时，对样品按照分组进行分类汇总出现问题。

...  #这里的type group  来自metadata文件     collapse_samples.py -b feature_table_tax.biom -m $metadata \         --collapse_fields $i --output_mapping_fp taxa_summary_group/group.$i.txt \         --output_biom_fp taxa_summary_group/feature_table_$i.biom     #biom文件转换...

问题 qiime2 python "matplotlib" _tkinter.TclError: couldn't connect to display "localhost:12.0" 报错

...st):  File "/share/work/biosoft/conda/Miniconda3.8/envs/qiime2-2020.8/lib/python3.6/site-packages/q2cli/commands.py", line 329, in __call__    results = action(**arguments)  File "<decorator-gen-404&gt;", line 2, in summarize  File "/share/work/biosoft/conda/Miniconda3.8/envs/qiime2-2020.8/l...

文章 win10 安装最新的基于WSL2的docker

...后 确定 ，选择 立即重新启动然后以管理员身份打开 PowerShell （右键开始键，选择Powershell管理员），并运行：dism.exe /online /enable-feature /featurename:Microsoft-Windows-Subsystem-Linux /all /norestart 建议现在转到步骤 #2，更新到 WSL 2，但...

文章 exp_immu_cor_plot.r 基因表达量与免疫侵润相关性绘图分析

...-a alternative] [-n ncol] [-l] [-x label.x.npc] [-y label.y.npc] [-o outdir] [-H height] [-W width] scattor correlateion plot: https://www.omicsclass.com/article/1488 optional arguments: -h, --help show this h...

文章 一秒让你读懂 DevOps 的本质及行业现状与趋势

...组合。字如其意，DevOps 就是让软件开发人员和运维人员更好的沟通合作，通过自动化流程来使得软件构建、测试、发布更加快捷、频繁和可靠。 《RightScale2018 年度云计算调查》报告数据显示，DevOps 的整体采用率从 74% 上升到...

文章 2018年最新SCI影响因子及中科院分区统计

...学科SCI/SCIE录用比例审稿周期期刊主页网址 1ACS Chemical BiologyACS CHEM BIOL4.5924.9952区生物生化与分子生物学SCIE较易约3.3个月http://pubs.acs.org/journal/acbcct 2ACTA AGRICULTURAE SCANDINAVICA SECTION B-SOIL AND PLANT SCIENCEACTA AGR SCAND B-S P0.8940.65...

文章 基因组注释分析方法

Genome annotation A combination of structure-based and homology-based approaches was employed to identify TEs and other repeat regions. First, miniature inverted repeat transposable elements (MITEs) and long terminal repeat (LTR) elements were annotated by structure-based methods. The former was pe...

文章 群体遗传进化名词解释

视频课程推荐：重测序数据自主分析：https://study.163.com/course/introduction/1210221805.htm?share=1&amp;shareId=1030291076群体遗传进化分析https://study.163.com/course/introduction/1212073805.htm?share=1&amp;shareId=1030291076 1. 等位基因频率： 等位基因频率是...

文章 轻松下载k8s.gcr.io，gcr.io，quay.io镜像

...换成阿里云镜像下载，如下所示：[root@k8scloude3 ~]# docker pull k8s.gcr.io/sig-storage/csi-node-driver-registrar:v2.3.0 #换成 [root@k8scloude3 ~]# docker pull registry.aliyuncs.com/google_containers/csi-node-driver-registrar:v2.3.0 #或者换为 [root@k8scloude3 ~]# docker pull regis...

文章 流式细胞术一定要设置对照组吗?对照原则了解下

...景信号干扰; 又如，单核细胞、巨噬细胞、树突状细胞和B细胞上，Fc受体均呈现高表达，在染色过程中抗体Fc端与细胞表面Fc受体的结合以及抗体与细胞的物理结合与粘附等，在这些细胞可能通过Fc结构域而不是抗原特异性Fab结构...

文章 BIOM 微生物数据格式及文件转换

扩增子分析视频课程推荐：https://study.omicsclass.com/index BIOM格式是微生物组领域最常用的结果保存格式，优点是可将OTU或Feature表、样本属性、物种信息等多个表保存于同一个文件中，且格式统一，体积更小巧，目前被微生物组领...

文章 qiime2 couldn't connect to display "localhost:12.0"

...st): File "/share/work/biosoft/conda/Miniconda3.8/envs/qiime2-2020.8/lib/python3.6/site-packages/q2cli/commands.py", line 329, in __call__ results = action(**arguments) File "<decorator-gen-545&gt;", line 2, in summarize File "/share/work/biosoft/conda/Miniconda3.8/envs/qiime2-2020.8/li...

文章 pheatmap绘制热图详解

...板colorRampPalette属性，选择“蓝，白，红”渐变，分为100个等级,，例：color =  colorRampPalette(c(“navy”, “white”, “red”))(100)kmeans_k绘制热图的行聚类数，如果是NA，那么行不会聚类。breaks设置mat数值范围的数字序列border_color表示...