找到约 15 条结果

文章 linux中字符串截取

...，有八种方法。 假设有变量 var=https://www.omicsclass.com/123.htm1. # 号截取，删除左边字符，保留右边字符。echo ${var#*//}其中 var 是变量名，# 号是运算符，*// 表示从左边开始删除第一个 // 号及左边的所有字符即删除 http://结果是 ：...

文章 批量修改进化树中的名称及添加分组名称

...NODE_ID,LABEL4530    Oryza sativa45157    Cyanidioschyzon merolae237895    Cryptosporidium hominis184922    Giardia lamblia56636    Aeropyrum pernix3702    Arabidopsis thaliana33169    Eremothecium gossypii222523    Bacillus cereus ATCC 109871423    Baci...

问题 Isoseq3流程CCS报错

ccs SRR.subreads.bam ccs/SRR.ccs.bam --noPolish --minPasses 1>|> 20190905 03:22:57.310 -|- FATAL      -|- Runner -|- 0x7f3f365c8740|| -|- unsupported sequencing chemistry combination:    binding kit:        100236500    sequencing kit:     001558034    basecaller versi...

文章 awk统计某列中文本次数

统计下面文本中，第一列文本出现的次数（第2列没什么意义） gene    1cds    2gene    3gene    4rna    5cds    6 awk命令如下： awk  '{sum[$1]++}END{for(i in sum) print i "\t" sum[i]}' example.txt 结果如下： cds     2rna     1gene    3

文章 基因家族分析如何能发到cells？！

...分析（点此链接观看详细信息）；今天再给大家分享一篇2019年5月22日发表在cells（IF=5.656 (2018)，中科院期刊分区：生物2区）上的基因家族分析文章，带你领略下5+分级基因家族分析文章的魅力！ 文章简介： 磷缺（P）乏是植...

文章 SNP指纹图谱软件SNPT

...列为样品，第一行为SNP在基因组上的位置信息； Strain 325 968 2351 4768 4980 6971 9323 1319ARK0000038 G C C G G A G TARK0000056 G C C G G A G TARK0000062 G C C G G A G TARK0000066 G C C G G A G TARK0000069 G C T G G A G T... 软件下载：SNPT.zip 基因组重测序数据分...

文章 NCBI 中搜索某类基因蛋白序列技巧

...ess response https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4955-8 搜索方法演示： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/  选择protein数据，输入14-3-3关键字，然后搜索： 搜索之后，得到下面的页面，我们可以再进一步筛选： 点选，...

文章 6个转录组发了BMC genomics，人家是怎么写的？

...！ 小编打开熟悉的期刊BMC Genomics，映入眼帘的一篇3月12日见刊的题为“Transcriptomes analysis reveals novel insight into the molecular mechanisms of somatic embryogenesis in Hevea brasiliensis”转录组文章，内容难易适中，很有代表性，那就让我们一起...

问题 关于qRT-PCR的两个疑问

有一些问题想咨询下问题1：怎么判断自己跑出来qRT-PCR数据是否可用？①比如Ct值大小是否有要求？多少合适？②SD有什么要求？问题2：qPCR比较两组差异时t test应用paired还是unpaird

文章 synteny collinearity 区别

...分布在同一条染色体上，不需要考虑到基因之间的排布 (2) collinear   共线性(collinearity): 两个物种的几个同源基因分布在同一条染色体上，并且基因之间的排布方式相同 二者的区别如下图所示：         可以看到，synteni...

文章 高质量黑麦基因组组装揭示重要农艺性状基因

...染色体上GC含量的分布，以及(g)同源基因之间的联系。 2. 黑麦基因组组装质量评估 随后，作者使用了多种方法对基因组组装质量进行了评估。首先，作者将组装结果与两个冬季黑麦品种（Lo7和Lo225）构建的染色体连锁图谱相比...

文章 R 语言colors()657种颜色

...，利用colors()可以获得R种的657种颜色名称。 head(colors(),20) [1] "white"         "aliceblue"     "antiquewhite"  "antiquewhite1" [5] "antiquewhite2" "antiquewhite3" "antiquewhite4" "aquamarine"    [9] "aquamarine1"   "aquamarine2"   "aquamarine3"  ...

文章 fastq序列做NR库比对

1.使用命令随机从fastq文件中提取序列： python /share/work/huangls/piplines/01.script/random_fastq_to_fa.py -f  C5_R1.fastq.gz -o ~ -p its5 -n 100 2.将序列提交到NCBI中用blast做NR/NT库中进行比对：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 

文章 textshaping L :1:19: fatal error: hb-ft.h: No such file or directory

...-------------------------Configuration failed to find the harfbuzz freetype2 fribidi library. Try installing: * deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev (Debian, Ubuntu, etc) * rpm: harfbuzz-devel fribidi-devel (Fedora, EPEL) * csw: libharfbuzz_dev libfribidi_dev (Solaris) * brew: harfbuzz fribidi (O...

问题 基因组注释数据库解压失败

1. 我下载了基因组注释的7个数据库（database.tar.gz.0到database.tar.gz.6），上传到服务器，cat database.tar.gz.* > database.tar.gz后，解压缩失败 2. 我换了一个电脑下载，换了一个硬盘上传，结果也是一样