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问题 老师好,在基因家族分析课程视频里,鉴定基因家族成员时,里面实操用的是基因组的蛋白质序列(pep文件),然而我自己的实验数据是无参转录组,我想问下,我应该用什么文件来鉴定基因家族成员呢?我看到之前有类似问题的答案是unigene或者蛋白质序列,两者有什么区别呢?

基因家族成员鉴定

文章 读博能有多惨?毕不了业还要被当数据研究!

...家分享一下, 如图: 一个字,惨! 毕不了业还要被当数据研究,博士们真的是惨兮兮的呢。。。 比起最近的毕业论文答辩、考研等热点话题满天飞, 考博之战,真的每年都显得那么的静悄悄, 这是不是说明,考博是小...

问题 老师,我想问一下共线性分析时family.txt中的染色体实例上是at1,2,3,4,5,那这个数据是根据基因家族的ID代表的每条基因所在的位置得来的吗,如果我研究的物种基因家族分布在12条染色体上,那我就要写成1,2,3,4,5.....12,是这样的吗

文章 PBS 命令

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 Minimap2安装与使用

...imap2 是一个通用的序列比对程序,同时适用于二代和三代数据,可将 DNA 或 mRNA 序列与大型参考数据库进行比对。 典型用例包括: 1、将 PacBio 或 Oxford Nanopore 基因组读数映射到基因组 2、发现长读(long reads)之间的重叠,错误...

文章 linux目录结构详细讲解

...。建议单独分区,并设置较大的磁盘空间,方便用户存放数据。/lib,/usr/lib,/usr/local/lib:系统使用的函数库的目录,程序在执行过程中,需要调用一些额外的参数时需要函数库的协助,该目录下存放了各种编程语言库。典型的l...

问题 我想请教一下16s高级扩增子分析中的,微生物共存网络的问题,在“确定物种间存在相互作用关系的阈值,将相关性R矩阵内不符合的数据转换为0”这步中,按照视频中给的代码进行操作后报错,原因是矩阵中有缺失值,请问这个缺失值如何处理,把他如何赋值为0?

文章 group_by()和any()连用判断每个分组中的元素是否满足特定条件

当需要处理一个包含分组信息的数据框时: #创建示例数据df <- data.frame(  group = c("A", "A", "B", "B","C","C"),  value = c(1, 0, 1, 1, 0, 0)) 如果我们想要判断每个分组中是否存在元素>0,可以使用group_by()先对数据进行分组,然后使用filt...

文章 修改Docker本地镜像与容器的存储位置的方法

...题,最直接的方法当然是挂载分区到这个目录,但是我的数据盘还有其他东西,这肯定不好管理,所以采用修改镜像和容器的存放路径的方式达到目的。 这个方法里将通过软连接来实现。 首先停掉Docker服务: systemctl stop docker...

问题 共线性分析

我想做基因共线性分析,课程示例中的生成文件,我的数据库不全,我想要自己补全, 这是示例文件,我想问一下第二行gene_symbol:LON3 description:Lon protease homolog 3,mitochondrial [Source:UniprotKB/Swiss-Prot;Acc:Q9M9L8 ] 是必须有么?因为我这...

文章 200+篇基因家族分析文献免费领取!

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表,不会挖掘的数据,没有思路的文章,沟通不畅的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决: 1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,...

问题 老师,在学习扩增子高级分析群落数据co-occurrence network分析,运行代码network=net_pro(igraph) 出现报错 Error in average.path.length(igraph) : At core/paths/shortest_paths.c:188 : Weight vector must be non-negative, got -0.509662. Invalid value

文章 pheatmap绘制热图详解

...hat offers more control over dimensions and appearance. 热图是对实验数据(尤其是基因的表达量)分布情况进行分析的直观可视化方法,可以用来进行实验数据的质量控制和差异数据的具像化展示,还可以对数据和样品进行聚类,观测样品...

问题 关于重复序列注释的问题

在重复序列注释中,提示重复序列数据库的位置是RepeatMaskerLib=/share/work/biosoft/RepeatMasker/RepeatMasker/Libraries/RepeatMaskerLib.h5;但我docker获得的镜像genome-assembly:v1.0中/share/work/biosoft/却没有RepeatMasker这个文件夹。请问是否是重复序列数...

文章 NCBI 10X 单细胞原始数据下载 解压注意:--include-technical

GSE189381 GSM5700357E13.5GSM5700358E14.5GSM5700359E16.5 GSM5700360P3.5GSM5700361P7.5 wget -nc https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-zq-38/SRR017/17015/SRR17015697/SRR17015697.lite.1wget -nc https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-zq-38/SRR017/17015/SR...