文章 group_by()和any()连用判断每个分组中的元素是否满足特定条件

当需要处理一个包含分组信息的数据框时： #创建示例数据df <- data.frame(  group = c("A", "A", "B", "B","C","C"),  value = c(1, 0, 1, 1, 0, 0)) 如果我们想要判断每个分组中是否存在元素>0,可以使用group_by()先对数据进行分组，然后使用filt...

文章 linux目录结构详细讲解

...。建议单独分区，并设置较大的磁盘空间，方便用户存放数据。/lib，/usr/lib，/usr/local/lib：系统使用的函数库的目录，程序在执行过程中，需要调用一些额外的参数时需要函数库的协助，该目录下存放了各种编程语言库。典型的l...

问题 共线性分析

我想做基因共线性分析，课程示例中的生成文件，我的数据库不全，我想要自己补全， 这是示例文件，我想问一下第二行gene_symbol:LON3 description:Lon protease homolog 3,mitochondrial [Source:UniprotKB/Swiss-Prot;Acc:Q9M9L8 ] 是必须有么？因为我这...

文章 修改Docker本地镜像与容器的存储位置的方法

...题，最直接的方法当然是挂载分区到这个目录，但是我的数据盘还有其他东西，这肯定不好管理，所以采用修改镜像和容器的存放路径的方式达到目的。 这个方法里将通过软连接来实现。 首先停掉Docker服务： systemctl stop docker...

文章 200+篇基因家族分析文献免费领取！

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，...

文章 Minimap2安装与使用

...imap2 是一个通用的序列比对程序，同时适用于二代和三代数据，可将 DNA 或 mRNA 序列与大型参考数据库进行比对。 典型用例包括： 1、将 PacBio 或 Oxford Nanopore 基因组读数映射到基因组 2、发现长读(long reads)之间的重叠，错误...

问题 关于重复序列注释的问题

在重复序列注释中，提示重复序列数据库的位置是RepeatMaskerLib=/share/work/biosoft/RepeatMasker/RepeatMasker/Libraries/RepeatMaskerLib.h5；但我docker获得的镜像genome-assembly:v1.0中/share/work/biosoft/却没有RepeatMasker这个文件夹。请问是否是重复序列数...

问题 老师，在学习扩增子高级分析群落数据co-occurrence network分析，运行代码network=net_pro(igraph) 出现报错 Error in average.path.length(igraph) : At core/paths/shortest_paths.c:188 : Weight vector must be non-negative, got -0.509662. Invalid value

文章 pheatmap绘制热图详解

...hat offers more control over dimensions and appearance. 热图是对实验数据（尤其是基因的表达量）分布情况进行分析的直观可视化方法，可以用来进行实验数据的质量控制和差异数据的具像化展示，还可以对数据和样品进行聚类，观测样品...

问题 基因数目较少，做wgcna是否有意义?

老师您好，我的表达量数据只有193个基因，且都属于同一基因家族，但有23个样本。请问用这样的数据做wgcna，能得到有生物学意义的模块么？

文章 NCBI 10X 单细胞原始数据下载 解压注意：--include-technical

GSE189381 GSM5700357E13.5GSM5700358E14.5GSM5700359E16.5 GSM5700360P3.5GSM5700361P7.5 wget -nc https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-zq-38/SRR017/17015/SRR17015697/SRR17015697.lite.1wget -nc https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-zq-38/SRR017/17015/SR...

问题 老师，你好！

...《基因家族成员转录表达模式分析》提到可以使用转录组数据进行热图绘制，但是我的研究物种目前参考基因组刚刚公布，转录组和全基因组的id并不匹配。我准备做的是WRKY家族，现在打算是用拟南芥钓出来的我的物种的WRKY蛋...

文章 群落分析的冗余分析（RDA）概述

...（NMDS）。这些排序方法均属于非约束排序，只涉及一个数据矩阵，并在低维空间中尽可能呈现原始的数据结构。非约束排序方法中不存在解释变量（对于物种多度数据而言，解释变量通常指代环境因素），尽管可以通过相关性...

文章 100个接收基因家族分析类论文的期刊汇总！速领！

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文章 subset_row.r 提供列表，在行上取数据子集

...ile name prefix [default demo] 参数说明： -i 输入要取子集的数据， ID TCGA-D7-A74A-01A-11R-A32D-31 TCGA-BR-7704-01A-11R-2055-13 TCGA-VQ-A91N-01A-11R-A414-31 TCGA-CD-A4MH-01A-11R-A251-31 TCGA-BR-7715-11A-01R-2055-13 TCGA-EQ-8122-01A-11R-2343-13 TCGA-BR-7704-11A-01R-20...