文章 序列比对Muscle和ClustalW的区别

...scle和align by clustalW两种方法，那它们有什么区别，使用时怎么选择呢？ClustalW的基本原理是首先做序列的两两比对，根据该两两比对计算两两距离矩阵，是一种经典的比对方法，使用范围也比较广泛。Muscle的功能仅限于多序列比...

文章 ggplot2控制百分比坐标

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

问题 猪单细胞测序数据拟时序分析时已知细胞分化起源，怎么修改代码？

...分析时，已经知道分化的起源，想请教老师这个代码应该怎么修改？Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle2.r -g mycelltype \   -i subset.T.rds -p monocle2 \   --order.gene.select.method monocle  --heatmap.gene 20 \   --heatmap.clusters 4

文章 直方图---ggplot2（每组内添加对应的count 或者density文本标签）

...学习链接：WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据怎么挖掘？学习链接：转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5. 微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门...

问题 老师您好，做基因家族鉴定分析时如何将网站上筛选的基因家族与自己的转录组鉴定得到的基因家族融合在一起？

文章 在凤蝶属基因组中的基因进化分析和水平基因转运(HGT)模式

...蝶物种的134个RNA-seq数据集，针对物种基因组的重复序列和基因结构进行重新注释，结果表明11个凤蝶属基因组之间存在显著差异，并且基因组的大小不一定与基因数量变化相关。 从SilkDB数据库获取家蚕的蛋白序列和cds序列、从...

文章 barplot()R语言绘制状图

数据： OTU IDCRWMembrane Transport0.1232550610.1314609080.136381709Carbohydrate Metabolism0.1185871220.1152349450.101467081Amino Acid Metabolism0.0990784610.1023070980.098133001Replication and Repair0.0640276080.081496790.077107142Energy Metabolism0.0630605790.0669996830.055660175Translation0....

文章 CORNERSTONE对话腾讯&华为敏捷专家

...弧线，加上距离感应器在四厘米以内触发，两个条件加在一起，大大降低误触的可能。所谓研发的本质，一是好用，二是自然。   运营如何借力 好的产品是没有用户教育成本的，所以我们在设计产品的时候，应该考虑产品的...

文章 Cox生存分析与KM生存分析介绍 生存分析（Survival Analysis） Cox proportional hazards model

...iable analysis)，在做单变量分析时，模型只描述了该单变量和生存之间的关系而忽略其他变量的影响。（为什么要考虑multi-variables？比如在比较两组病人拥有和不拥有某种基因型对生存率的影响，但是其中一组的患者年龄较大，所...

问题 老师，请教您一个关于RNAseq数据分析的问题，如果我有1个对照组、3-5个实验组（每个实验组有两个重复），我可以对1-5组一起进行RNA-seq差异基因表达分析吗？可以用什么方法呢？ 我目前只接触过两组间（1个对照组、1个实验组）基因表达数据的差异分析，未接触过多个实验组数据的分析，所以想请教下老师，希望得到您的帮助，先谢谢您啦！

请问多个处理组分别和对照组比对，比如处理组1和对照组比对，在命令中是怎么输入啊？老师，教程上是一个处理组一个对照组，-r指定对照组就行，但是如果还要指定对照组，怎么输入呢?谢谢！

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 数据纠错软件-proovread

proovread 是在2014年发表在Bioinformatics 上的一款Pacbio序列纠错软件，其基本的原理是利用高准确度的二代短序列，不停的迭代比对，对pacbio的序列进行纠正。 目前该软件已经在github 上公开,并不断的更新。 1. 软件的安装 安装方...

文章 微生物多样性分类柱状图按照分组进行排序脚本升级；tax_bar_plot.r

#!/usr/bin/Rscript#############################################################################北京组学生物科技有限公司#author huangls#date 2020.07.29#version 1.1  增加样本按照fastmap的分组排序功能#学习R课程：#R 语言入门与基础绘图：# https://bdtcd.xet...

文章 IF=5.6|GBM单细胞数据挖掘实践

...8025个标记基因。根据标记基因的表达量，我们使用singleR和CellMarker对各个亚群进行细胞类型注释. 使用Monocle 2算法进行时序及轨迹分析并确定GBM分化相关基因（ GBM cell differentiation-related genes GDRG ）. 拟时序分析结果发现肿瘤干...

文章 Perl正则表达式

...串$': 还没有匹配的剩余字符串 如果将这三个变量放在一起,你将得到原始字符串。 实例如下： 实例 #!/usr/bin/perl   $string = "welcome to runoob site."; $string =~ m/run/; print "匹配前的字符串:$`\n"; print "匹配的字符串:$&\n"; print "...

问题 老师您好，我购买了扩增子的课程，在做分析时遇到如下问题：我是混样后侧的序列，结果只有一个fasta格式的序列结果。但是跑课程中的代码是把每个fasta文件加序列号改成符合qiime的格式再合并。而我一开始就是合并在一起的文件，想问有什么办法把合在一起的文件拆分成多个fasta文件吗？或是直接在合并好的文件里直接加序列号从而符合qiime格式吗？谢谢