序列比对Muscle和ClustalW的区别

在MEGA或其他软件中做序列比对时,往往会有align by muscle和align by clustal W两种方法,那它们有什么区别,使用时怎么选择呢?

在MEGA或其他软件中做序列比对时,往往会有align by muscle和align by clustalW两种方法,那它们有什么区别,使用时怎么选择呢?

ClustalW的基本原理是首先做序列的两两比对,根据该两两比对计算两两距离矩阵,是一种经典的比对方法,使用范围也比较广泛。Muscle功能仅限于多序列比对,它的最大优势是速度,比ClustalW的速度快几个数量级,而且序列数越多速度的差别越大。方法可以通过点击图标「W」和「Muscle」来选择。如果你的序列是DNA编码序列,就一定要选择Align Codons,因为序列通过密码子比对比DNA序列的比对会更加真实,避免间隙对比对结果产生的影响(但是该选项会因为序列中含有终止密码而报错)。


比对之后要去检查一下比对的情况,有的差异很大的或许是因为序列方向反了,这个时候要把它反转回来,反转后一定要再次点击比对,检查是否大部分都对齐了。


参考回答https://www.jianshu.com/p/1112693391ca

  • 发表于 2022-08-25 16:17
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星莓
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