在MEGA或其他软件中做序列比对时，往往会有align by muscle和align by clustal W两种方法，那它们有什么区别，使用时怎么选择呢？
在MEGA或其他软件中做序列比对时，往往会有align by muscle和align by clustalW两种方法，那它们有什么区别，使用时怎么选择呢？
ClustalW的基本原理是首先做序列的两两比对，根据该两两比对计算两两距离矩阵，是一种经典的比对方法，使用范围也比较广泛。Muscle的功能仅限于多序列比对，它的最大优势是速度，比ClustalW的速度快几个数量级，而且序列数越多速度的差别越大。方法可以通过点击图标「W」和「Muscle」来选择。如果你的序列是DNA编码序列，就一定要选择Align Codons，因为序列通过密码子比对比DNA序列的比对会更加真实，避免间隙对比对结果产生的影响（但是该选项会因为序列中含有终止密码而报错）。
比对之后要去检查一下比对的情况，有的差异很大的或许是因为序列方向反了，这个时候要把它反转回来，反转后一定要再次点击比对，检查是否大部分都对齐了。
参考回答https://www.jianshu.com/p/1112693391ca
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发表于 2022-08-25 16:17
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